| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 2,725,844 | G→T | 6.6% | intergenic (‑98/+225) | kgtP ← / ← rrfG | alpha‑ketoglutarate transporter/5S ribosomal RNA of rrnG operon |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,725,844 | 0 | G | T | 6.6% | 1193.1 / 4.5 | 353 | intergenic (‑98/+225) | kgtP/rrfG | alpha‑ketoglutarate transporter/5S ribosomal RNA of rrnG operon |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (122/194); new base T (35/2); total (157/196) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.19e-11 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 362 total aligned reads displayed.
GAGTATCACTACTTGTCAGTTTGCTGTCTGCCGTTACAGTACTTTCAGCCATGCCATTATGTCTCCTGCCGTAATCCGATGCTTTTGTCGGTCGCTTTTGTTTA‑TTTTTTTTGTAAAGGAAATATTATACATTTGTTGCATATCATTATGCAACCTTAACCATGAATTTAGTTAGCAGGAAAATGGTTATTGAGGAGCTTAAGGATAAATTTCTGGTAAGGAGGACACGTATGGAAGTGGGCAAGTTGGGGAAGCCGTATCCGTTGCTGAATCTGGCATATGTGGGAGTATAAGACGCG > NC_000913/2725695‑2725993 | tATCACTACTTGTCAGTTTGCTGTCTGCCGTTACAGTACTTTCAGCCATGCCATTATGTCTCCTGCCGTAATCCGATGCTTTTGTCGGTCGCTTTTGTTTA‑TTTTTTTTGTAAAGGAAATATTATACATTTGTTTCATATCATTATTCaa > 2:784254/1‑150 (MQ=255) actactTGTCAGTTTGCTGTCTGCCGTTACAGTACTTTCAGCCATGCCATTATGTCTCCTGCCGTAATCCGATGCTTTTGTCGGTCGCTTTTGTTTA‑TTTTTTTTGTAAAGGAAATAATATACATTTGTTTCATATAATTATTCAACCtt > 2:6133143/1‑150 (MQ=255) actactTGTCAGTTTGCTGTCTGCCGTTACAGTACTTTCAGCCATGCCATTATGTCTCCTGCCGTAATCCGATGCTTTTGTCGGTCGCTGTTGTTTA‑TTTTTTTTGTAAAGGAAATATTATAAATTTGTTGCATATCATTTTTCAACCtt > 1:3700946/1‑150 (MQ=255) 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tatCATTATGCAACCTTAACCATGAATTTAGTTAGCAGGAAAATGGTTATTGAGGAGCTTAAGGATAAATTTCTGGTAAGGAGGACACGTATGGAAGTGGGCAAGTTGGGGAAGCCGTATCCGTTGCTGAATCTGGCATATGTGGGAGta > 2:4420914/1‑150 (MQ=255) tatCATTATGCAACCTTAACCATGAATTTAGTTAGCAGGAAAATGGTTATTGAGGAGCTTAAGGATAAATTTCTGGTAAGGAGGACACGTATGGAAGTGGGCAAGTTGGGGAAGCCGTATCCGTTGCTGAATCTGGCATATGTGGGAGta < 1:5843350/150‑1 (MQ=255) atCATTATGCAACCTTAACCATGAATTTAGTTAGCAGGAAAATGGTTATTGAGGAGCTTAAGGATAAATTTCTGGTAAGGAGGACACGTATGGAAGTGGGCAAGTTGGGGAAGCCGTATCCGTTGCTGAATCTGGCATATGTGGGAGtat > 1:5396794/1‑150 (MQ=255) tCATTATGCAACCTTAACCATGAATTTAGTTAGCAGGAAAATGGTTATTGAGGAGCTTAAGGATAAATTTCTGGTAAGGAGGACACGTATGGAAGTGGGCAAGTTGGGGAAGCCGTATCCGTTGCTGAATCTGGCATATGTGGGAGtata > 2:1510964/1‑150 (MQ=255) tCATTATGCAACCTTAACCATGAATTTAGTTAGCAGGAAAATGGTTATTGAGGAGCTTAAGGATAAATTTCTGGTAAGGAGGACACGTATGGAAGTGGGCAAGTTGGGGAAGCCGTATCCGTTGCTGAATCTGGCATATGTGGGAGtata < 2:2888316/150‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |