| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 963,763 | C→T | 5.2% | intergenic (+95/‑65) | rpsA → / → ihfB | 30S ribosomal subunit protein S1/integration host factor (IHF), DNA‑binding protein, beta subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 963,763 | 0 | C | T | 5.2% | 596.8 / 13.9 | 173 | intergenic (+95/‑65) | rpsA/ihfB | 30S ribosomal subunit protein S1/integration host factor (IHF), DNA‑binding protein, beta subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (83/81); new base T (6/3); total (89/84) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.98e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.13e-01 | |||||||||||
Only 100 of 173 total aligned reads displayed.
ACTTCTCCAACAACGCAATGGCTGAAGCTTTCAAAGCAGCTAAAGGCGAGTAATTCTCTGACTCTTCGGGATTTTTATTCCGAAGTTTGTTGAGTTTACTTGACAGATTGCAGGTTTCGTCCTGTAATCAAGCACTAAGGGCGGCTACGGCCGCCCTTAATCAATGCAGCAACAGCAGCCGCTTAATTTGCCTTTAAGGAACCGGAGGAATCATGACCAAGTCAGAATTGATAGAAAGACTTGCCACCCAGCAATCGCACATTCCCGCCAAGACGGTTGAAGATGCAGTAAAAGA > NC_000913/963616‑963910 | aCTTCTCCAACAACGCAATGGCTGAAGCTTTCAAAGCAGCTAAAGGCGAGTAATTCTCTGACTCTTCGGGATTTTTATTCCGAAGTTTGTTGAGTTTACTTGACAGATTGCAGGTTTCGTCCTGTAATCAAGCACTAAGGGCGGCTACgg < 1:657631/150‑1 (MQ=255) tctcCAACAACGCAATGGCTGAAGCTTTCAAAGCAGCTAAAGGCGAGTAATTCTCTGACTCTTCGGGATTTTTATTCCGAAGTTTGTTGAGTTTACTTGACAGATTGCAGGTTTCGTCCTGTAATCAAGCACTAAGGGCGGCTACGgccg < 1:2621318/150‑1 (MQ=255) tctcCAACAACGCAATGGCTGAAGCTTTCAAAGCAGCTAAAGGCGAGTAATTCTCTGACTCTTCGGGATTTTTATTCCGAAGTTTGTTGAGTTTACTTGACAGATTGCAGGTTTCGTCCTGTAATCAAGCACTAAGGGCGGCTACGgccg < 1:43055/150‑1 (MQ=255) 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tACGGCCGCCCTTAATCAATGCAGCAACAGCAGCCGCTTAATTTGCCTTTAAGGAACCGGAGGAATCATGACCAAGTCAGAATTGATAGAAAGACTTGCCACCCAGCAATCGCACATTCCCGCCAAGACGGTTGAAGATGCAGTAAAaga < 2:1912466/150‑1 (MQ=255) | ACTTCTCCAACAACGCAATGGCTGAAGCTTTCAAAGCAGCTAAAGGCGAGTAATTCTCTGACTCTTCGGGATTTTTATTCCGAAGTTTGTTGAGTTTACTTGACAGATTGCAGGTTTCGTCCTGTAATCAAGCACTAAGGGCGGCTACGGCCGCCCTTAATCAATGCAGCAACAGCAGCCGCTTAATTTGCCTTTAAGGAACCGGAGGAATCATGACCAAGTCAGAATTGATAGAAAGACTTGCCACCCAGCAATCGCACATTCCCGCCAAGACGGTTGAAGATGCAGTAAAAGA > NC_000913/963616‑963910 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |