| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,448,678 | C→T | 6.3% | P387L (CCA→CTA) | feaB → | phenylacetaldehyde dehydrogenase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,448,678 | 0 | C | T | 6.3% | 182.0 / 2.2 | 63 | P387L (CCA→CTA) | feaB | phenylacetaldehyde dehydrogenase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (28/31); new base T (2/2); total (30/33) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
GGGGATGTCACCTGTTGCACAGATTAACCCTTTGGTTTCTCGTGCGCACTGCGACAAAGTGTGTTCATTCCTCGACGATGCGCAGGCACAGCAAGCAGAGCTGATTCGCGGGTCGAATGGACCAGCCGGAGAGGGGTATTATGTTGCGCCAACGCTGGTGGTAAATCCCGATGCTAAATTGCGCTTAACTCGTGAAGAGGTGTTTGGTCCGGTGGTAAACCTGGTGCGAGTAGCGGATGGAGAAGAGGCGTTACAACTGGCAAACGACACGGAATATGGCTTAACTGCCAGTGTCTGG > NC_000913/1448529‑1448826 | ggggATGTCACCTGTTGCACAGATTAACCCTTTGGTTTCTCGTGCGCACTGCGACAAAGTGTGTTCATTCCTCGACGATGCGCAGGCACAGCAAGCAGAGCTGATTCGCGGGTCGAATGGACCAGCCGGAGAGGGGTATTATGTTGCGcc > 1:351421/1‑150 (MQ=255)ggggATGTCACCTGTTGCACAGATTAACCCTTTGGTTTCTCGTGCGCACTGCGACAAAGTGTGTTCATTCCTCGACGATGCGCAGGCACAGCAAGCAGAGCTGATTCGCGGGTCGAATGGACCAGCCGGAGAGGGGTATTATGTTGCGcc < 2:1263982/150‑1 (MQ=255) tGTCACCTGTTGCACAGATTAACCCTTTGGTTTCTCGTGCGCACTGCGACAAAGTGTGTTCATTCCTCGACGATGCGCAGGCACAGCAAGCAGAGCTGATTCGCGGGTCGAATGGACCAGCCGGAGAGGGGTATTATGTTGCGCCAACGc > 1:806603/1‑150 (MQ=255) 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ccAGCCGGCGAGGGGGATTATGTTGCCCCAACGCTGGTGGTAAATCCCGATGCTAAACTGCGCTAAACTCGTGAAGAGGGGTTTGGTCCGGTGGTAAACCTGGTGCGAGTAGCGGATGGAGAAGAGGCGTTACAACTGGCAAACGACACg < 2:501733/150‑1 (MQ=255) ccGGAGAGGGGTATTATGTTGCGCCAACGCTGGTGGTAAATCCCGATGCTAAATTGCGCTTAACTCGTGAAGAGGTGTTTGGTCCGGTGGTAAACCTGGTGCGAGTAGCGGATGGAGAAGAGGCGTTACAACTGGCAAACGACACGGAat < 2:827386/150‑1 (MQ=255) gagGGGTATTATGTTGCGCCAACGCTGGTGGTAAATCCCGATGCTAAATTGCGCTTAACTCGTGAAGAGGTGTTTGGTCCGGTGGTAAACCTGGTGCGAGTAGCGGATGGAGAAGAGGCGTTACAACTGGCAAACGACACGGAATATGGc > 1:1327987/1‑150 (MQ=255) tggtgTATTATGTTGCGCTAACGCTGGTGGTAAATCCCGATGCTAAATTGCGCTTAACTCGTGAAGAGGTGTTTGGTCCGGTGGTAAACCTGGTGCGAGTAGCGGATGGAGAAGAGGCGTTACAACTGGCAAACGACACGGAATATGGCt < 1:1313474/146‑1 (MQ=255) agGGGTATTATGTTGCGCTAACGCTGGTGGTAAATCCCGATGCTAAATTGCGCTTAACTCGTGAAGAGGTGTTTGGTCCGGTGGTAAACCTGGTGCGAGTAGCGGATGGAGAAGAGGCGTTACAACTGGCAAACGACACGGAATATGGCt < 1:902671/150‑1 (MQ=255) ggggTATTATGTTGCGCCAACGCTGGTGGTAAATCCCGATGCTAAATTGCGCTTAACTCGTGAAGAGGTGTTTGGTCCGGTGGTAAACCTGGTGCGAGTAGCGGATGGAGAAGAGGCGTTACAACTGGCAAACGACACGGAATATGGCtt > 2:1189732/1‑150 (MQ=255) gggTATTATGTTGCGCCAACGCTGGTGGTAAATCCCGATGCTAAATTGCGCTTAACTCGTGAAGAGGTGTTTGGTCCGGTGGTAAACCTGGTGCGAGTAGCGGATGGAGAAGAGGCGTTACAACTGGCAAACGACACGGAATATGGCTTa > 2:558134/1‑150 (MQ=255) attatGTTGCGCCAACGCTGGTGGTAAATCCCGATGCTAAATTGCGCTTAACTCGTGAAGAGGTGTTTGGTCCGGTGGTAAACCTGGTGCGAGTAGCGGATGGAGAAGAGGCGTTACAACTGCCAAACGACACGGAATATGGCTTAACTg > 1:1242708/1‑150 (MQ=255) tatGGTGCGCCAACGCTGGTGGTAAATCCCGATCCTAAATTGCGCTTAACTCGTGACGAGGTGTTTGGTCCGGTGGTAAACCGGGTGCGAGTAGCGGATGGAGAAGAGGCGTTACAACTGGCAAACGACACGGAATATGGCTTAACTGcc < 2:207774/150‑1 (MQ=255) tGTTGCGCCAACGCTGGTGGTAAATCCCGATGCTAAATTGCGCTTAACTCGTGAAGAGGTGTTTGGTCCGGTGGTAAACCTGGTGCGAGTAGCGGATGGAGAAGAGGCGTTACAACTGGCAAACGACACGGAATATGGCTTAACTGCCAg > 1:76966/1‑150 (MQ=255) ttGCGCCAACGCTGGTGGTAAATCCCGATGCTAAATTGCGCTTAACTCGTGAAGAGGTGTTTGGGCCGGTGGTAAACCTGGTGCGAGTAGCGGATGGAGAAGAGGCGTTACAACTGGCAAACGACACGGAATATGGCTTAACTGCCAgtg < 2:617023/150‑1 (MQ=255) cgcCAACGCTGGTGGTAAATCCCGATGCTAAATTGCGCTTAACTCGTGAAGAGGTGTTTGGTCCGGTGGTAAACCTGGTGCGAGTAGCGGATGGAGAAGAGGCGTTACAACTGGCAAACGACACGGAATATGGCTTAACTGCCAGTGTCt < 2:1272543/150‑1 (MQ=255) ccAACGCTGGTGGTAAATCCCGATGCTAAATTGCGCTTAACTCGTGAAGAGGTGTTTGGTCCGGTGGTAAACCTGGTGCGAGTAGCGGATGGAGAAGAGGCGTTACAACTGGCAAACGACACGGAATATGGCTTAACTGCCAGTGTCTgg > 1:1150545/1‑150 (MQ=255) | GGGGATGTCACCTGTTGCACAGATTAACCCTTTGGTTTCTCGTGCGCACTGCGACAAAGTGTGTTCATTCCTCGACGATGCGCAGGCACAGCAAGCAGAGCTGATTCGCGGGTCGAATGGACCAGCCGGAGAGGGGTATTATGTTGCGCCAACGCTGGTGGTAAATCCCGATGCTAAATTGCGCTTAACTCGTGAAGAGGTGTTTGGTCCGGTGGTAAACCTGGTGCGAGTAGCGGATGGAGAAGAGGCGTTACAACTGGCAAACGACACGGAATATGGCTTAACTGCCAGTGTCTGG > NC_000913/1448529‑1448826 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |