| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,915,319 | G→A | 7.2% | Y72Y (TAC→TAT) | proQ ← | RNA chaperone, putative ProP translation regulator |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,915,319 | 0 | G | A | 7.2% | 157.4 / 2.3 | 56 | Y72Y (TAC→TAT) | proQ | RNA chaperone, putative ProP translation regulator |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (23/28); new base A (2/2); total (26/30) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 3.20e-01 | |||||||||||
CGTTTTTTCGCTTGCTGTTCAGCACGCTGTGCCTGAACACGCGCTTTCGCTTCTTCAAGCTGCTTGCGAGCATGCTCTACATGTTGCTCGTCCAGCTCACCGCATGGGTTGCCGTCAAGATCGACACGCGTTGCGCCGGGTTTAACACCGTAAAGATAACGCCAGCTCGAAGTGTAGAGACGTAAAGCGGATCGCAATTGCGTTTTGCTCAGGTTCATTTCCCCAGCAACACGATCGACCAAATCCTGAAAAATACCGATTTTCAGCGGACGCGCTTCACCTTCCGCACTGAAACAGTG > NC_000913/1915170‑1915468 | cgTTTTTTCGCTTGCTGTTCAGCACGCTGTGCCTGAACACGCGCTTTCGCTTCTTCAAGCTGCTTGCGAGCATGCTCTACATGTTGCTCGTCCAGCTCACCGCATGGGTTGCCGTCAAGATCGACACGCGTTGCGCCGGGTTTAACACCg > 2:171796/1‑150 (MQ=255) ttttttCGCTTGCTGTTCAGCACGCTGTGCCTGAACACGCGCTTTCGCTTCTTCAAGCTGCTTGCGAGCATGCTCTACATGTTGCTCGTCCAGCTCACCGCATGGGTTGCCGTCAAGATCGACACGCGTTGCGCCGGGTTTAACACCGTa < 2:426636/150‑1 (MQ=255) ttttttCGCTTGCTGTTCAGCACGCTGTGCCTGAACACGCGCTTTCGCTTCTTCAAGCTGCTTGCGAGCATGCTCTACATGTTGCTCGTCCAGCTCACCGCATGGGTTGCCGTCAAGATCGACACGCGTTGCGCCGGGTTTAACACCGTa < 1:246079/150‑1 (MQ=255) tttCGCTTGCTGTTCAGCACGCTGTGCCTGAACACGCGCTTTCGCTTCTTCAAGCTGCTTGCGAGCATGCTCTACATGTTGCTCGTCCAGCTCACCGCATGGGTTGCCGTCAAGATCGACACGCGTTGCGCCGGGTTTAACACCGTAAAg < 1:1035388/150‑1 (MQ=255) tttCGCTTGCTGTTCAGCACGCTGTGCCTGAACACGCGCTTTCGCTTCTTCAAGCTGCTTGCGAGCATGCTCTACATGTTGCTCGTCCAGCTCACCGCATGGGTTGCCGTCAAGATCGACACGCGTTGCGCCGGGTTTAACACCGTAAAg < 1:504249/150‑1 (MQ=255) tGCTGTTCAGCACGCTGTGCCTGAACACGCGCTTTCGCTTCTTCAAGCTGCTTGCGAGCATGCTCTACATGTTGCTCGTCCAGCTCACCGCATGGGTTGCCGTCAAGATCGACACGCGTTGCGCCGGGTTTAACACCGTAAAGATAACGc < 1:1138299/150‑1 (MQ=255) gCTGTTCAGCACGCTGTGCCTGAACACGCGCTTTCGCTTCTTCAAGCTGCTTGCGAGCATGCTCTACATGTTGCTCGTCCAGCTCACCGCATGGGTTGCCGTCAAGATCGACACGCGTTGCGCCGGGTTTAACACCGTAAAGATAACGcc < 1:607501/150‑1 (MQ=255) tgtgCCTGAACACGCGCTTTCGCTTCGTCCAGCTGCTTGCGAGCCTGCTCGACATGTTGCTCGTCCAGCTCACCGCATGGGTTGCCGTCAAGATCGACCCGCGTTGCGCCGGGGGTACCACCGTAAAGAGAACGCCCGCGCGAAGTGTag > 2:909736/1‑150 (MQ=255) gCCTGAACACGCGCTTACGCTTCTTCAAGCTGCTTGCGAGCATGCTCTACATGTTGCTCGTCCAGCTCACCGCATGGGTTGCCGTCAACATCGCCACGCGTTGCGCCGGGTTTAACACCGTAAAGATAACGCCAGCTCGAAGTGTAgaga > 1:1278888/1‑150 (MQ=255) ccTGAACACGCGCTTTCGCTTCTTCAAGCTGCTTGCGAGCATGCTCTACATGTTGCTCGTCCAGCTCACCGCATGGGTTGCCGTCAAGATCGACACGCGTTGCGCCGGTATTAACGCCGTAAAGATAACGCCAGCTCGAAGTGTAGAGAc > 1:192512/1‑150 (MQ=255) cTGAACACTCGCTTTCGCCGCTTCAAGCTGCTTCCCAGCATGCTCTACATGATGCGCGCCCAGCGCACCGCATGGGTTGCCGACAAGATCGACACGCGGTGCGCCGGGTGTAACACCGTAAAGATAACGCCAGCTCGAAGTGTAGAGAcc < 2:59673/150‑2 (MQ=255) cTGAACACGCGCTTTCGCTTCTTCAAGCTGCTTGCGAGCATGCTCTACATGTTGCTCGTCCAGCTCACCGCATGGGTTGCCGTCAAGATCGACACGCGTTGCGCCGGGTTTAACACCGTAAAGATAACGCCAGCTCGAAGTGTAGAGACg < 1:301161/150‑1 (MQ=255) acGCGCTTTCGCTTCTTCAAGCTGCTTGCGAGCATGCTCTACATGTTGCTCGTCCAGCTCACCGCATGGGTTGCCGTCAAGATCGACACGCGTTGCGCCGGGTTTAACACCGTAAAGATAACGCCAGCTCGAAGTGTAGAGACGTAAAGc > 1:1253049/1‑150 (MQ=255) acGCGCTTTCGCTTCTTCAAGCTGCTTGCGAGCATGCTCTACATGTTGCTCGTCCAGCTCACCGCATGGGTTGCCGTCAAGATCGACACGCGTTGCGCCGGGTTTAACACCGTAAAGATAACGCCAGCTCGAAGTGTAGAGACGTAAAGc > 1:544662/1‑150 (MQ=255) gcgcTTTCGCTTCTTCAAGCTGCTTGCGAGCATGCTCTACATGTTGCTCGTCCAGCTCACCGCATGGGTTGCCGTCAAGATCGACACGCGTTGCGCCGGGTTTAACACCGTAAAGATAACGCCAGCTCGAAGTGTAGAGACGTAAAGCgg < 1:432899/150‑1 (MQ=255) cgcTTTCGCTTCTTCAAGCTGCTTGCGAGCATGCTCTACATGTTGCTCGTCCAGCTCACCGCATGGGTTGCCGTCAATATCGACACGAGTTGCGCCGGGTTTAACACCGTAAAGATAACGCCAGCTCGAAGTGTAGAGAAGTAAAGCGGa > 2:1016859/1‑150 (MQ=255) tCGCTTCTTCAAGCTGCTTGCGAGCATGCTCTACATGTTGCTCGTCCAGCTCACCGCATGGGTTGCCGTCAAGATCGACACGCGTTGCGCCGGGTTTAACACCGTAAAGATAACGCCAGCTCGAAGTGTAGAGACGTAAAGCGGATCGCa < 2:1234733/150‑1 (MQ=255) cGCTTCTTCAAGCTGCTTGCGAGCATGCTCTACATGTTGCTCGTCCATCTCACCGCATGGGTTGCCGTCAAGATCGACACGCGTTGCGCCGGGTTTAACACCGTAAAGATAACGCCAGCTCGAAGTGTAGAGCCGTAAAGCGGATCGCaa > 2:1123739/1‑150 (MQ=255) cGCTTCTTCAAGCTGCTTGCGAGCATGCTCTACATGTTGCTCGTCCAACTCACCGCATGGGTTGCCGTCAAGATCGACACGCGTTGCGCCGGGTTTAACACCGTAAAGATAACGCCAGCTCGAAGTGTAGAGACGTAAAGCGGATCGCaa > 2:610610/1‑150 (MQ=255) tcAAGCTGCTTGCGAGCATGCTCTACATGTTGCTCGTCCAGCTCACCGCATGGGTTGCCGTCAAGATCGACACGCGTTGCGCCGGGTTTAACACCGTAAAGATAACGCCAGCTCGAAGTGTAGAGACGTAAAGCGGATCGCAATTGCGtt < 1:620635/150‑1 (MQ=255) aGCTGCTTGCGAGCATGCTCTACATGTTGCTCGTCCAGCTCACCGCATGGGTTGCCGTCAAGATCGACCCGCGTTGCGCCGGGTTTAACACCGGAAAGATAACGCCAGCTCGAAGTGGAGAGACGTCAGGCGGATCGCTATTGCGGTTTg > 2:211737/1‑150 (MQ=255) gctTGCGAGCATGCTCTACATGTTGCTCGTCCAGCTCACCGCATGGGTTGCCGTCAAGATCGACACGCGTTGCGCCGGGTTTAACACCGTAAAGATAACGCCAGCTCGAAGTGTAGAGACGTAAAGCGGATCGCAATTGCGTTTTGCTCa < 2:154439/150‑1 (MQ=255) ttGCGAGCATGCTCTACATGTTGCTCGTCCAGCTCACCGCATGGGTTGCCGTCAAGATCGACACGCGTTGCGCCGGGTTTAACACCTTAAAGATAACGCCAGCTCGAAGTGTATAGACGTAAAGCGTATCGCAATAGCGTTTTGCTCAgg > 2:262545/1‑150 (MQ=255) gCGAGCATGCTCTACATGTTGCTCGTCCAGCTCACCGCATGGGTTGCCGGCAAGATCGACACGCGTTGCGCCGGGTTTAACACCGTAAAGATAACGCCAGCTCGAAGGGTAGAGACGTAAAGCGGATCGCAATTGCGTTTTGCTCAGGtt < 2:871410/150‑1 (MQ=255) gCATGCTCTACATGTTGCTCGTCCAGCTCACCGCATGGGTTGCCGTCAAGATCGACACGCGTTGCGCCGGGTTTAACACCGTAAAGATAACGCCAGCTCGAAGTGTAGAGACGTAAAGCGGATCGCAATTGCGTTTTGCTCAGGTTCAtt > 2:799970/1‑150 (MQ=255) aTGCTCTACATGTTGCTCGTCCAGCTCACCGCATGGGTTGCCGTCAAGATCGACACGCGTTGCGCCGGGTTTAACACCGTAAAGATAACGCCAGCTCGAAGTGTAGAGACGTAAAGCGGATCGCAATTGCGTTTTGCTCAGGTTCATTTc < 2:1230981/150‑1 (MQ=255) tGCTCTACATGTTGCTCGTCCAGCTCACCGGATGGGTTGCCGTCTAGATCGACACGCGTTGCGCCGGGTTTAACACCGTAAAGATAACGGCAGCTCGATGTGTAGAGACGTAAAGCGGATGGGAATTGCGTTTTGCTCAGGTTGATTTcc < 2:929396/150‑1 (MQ=255) tGCTCTACATGTTGCTCGTCCAGCTCACCGCATGGGTTGCCGTCAAGATCGACACGCGTTGCGCCGGGTTTAACACCGTAAAGATAACGCCAGCTCGAAGTGTAGAGACGTAAAGCGGATCGCAATTGCGTTTTGCTCAGGTTCATTTcc < 1:507543/150‑1 (MQ=255) tGCTCTACATGTTGCTCGTCCAGCTCACCGCATGGGTTGCCGTCAAGATCGACACGCGTTGCGCCGGGTTTAACACCGTAAAGATAACGCCAGCTCGAAGTGTAGAGACGTAAAGCGGATCGCAATTGCGTTTTGCTCAGGTTCATTTcc > 1:1142314/1‑150 (MQ=255) tGCTCTAAATGTTGCTCGTCCAGCTCACCGCATGGGTTGCCGTCAAGATCGACACGCGTTGCGCCGGGTTTAACACCGTAAAGATAACGCCAGCTCGAAGTGTAGAGACGTAAAGCGGATCGCAATTGCGTTTTGCTCAGGTTCATTTcc < 2:1079255/150‑1 (MQ=255) ctctACATGTTGCTCGTCCAGCTCACCGCATGGGTTGCCGTCAAGATCGACACGCGTTGCGCCGGGTTTAACACCATAAAGATAACGCCAGCTCGAAGTGTAGAGACGTAAAGCGGATCGCAATTGCGTTTTGCTCAGGTTCATTTcccc > 1:64195/1‑150 (MQ=255) ctctACATGTTGCTCGTCCAGCTCACCGCATGGGTTGCCGTCAAGATCGACACGCGTTGCGCCGGGTTTAACACCATAAAGATAACGCCAGCTCGAAGTGTAGAGACGTAAAGCGGATCGCAATTGCGTTTTGCTCAGGTTCATTTcccc > 1:67167/1‑150 (MQ=255) aCATGTTGCTCGTCCAGCTCACCGCATGGGTTGCCGTCAAGATCGACACGCGTTGCGCCGGGTTTAACACCGTAAAGATAACGCCAGCTCGAAGTGTAGAGACGTAAAGCGGATCGCAATTGCGTTTTGCTCAGGTTCATTTCCCCAGCa < 1:841193/150‑1 (MQ=255) cATGTTGCTCGTCCAGCTCACCGCATGGGTTGCCGTCAAGATCGACACGCGTTGCGCCGGGTTTAACACCGTAAAGATAACGCCAGCTCGAAGTGTAGAGACGTAAAGCGGATCGCAATTGCGTTTTGCTCAGGTTCATTTCCCCAGCaa > 1:612363/1‑150 (MQ=255) cATGTTGCTCGTCCAGCTCACCGCATGGGTTGCCGTCAAGATCGACACGCGTTGCGCCGGGTTTAACACCGTAAAGATAACGCCAGCTCGAAGTGTAGAGACGTAAAGCGGATCGCAATTGCGTTTTGCTCAGGTTCATTTCACCAGCaa > 1:653510/1‑150 (MQ=255) ctagTCCAGCTCACCGCATGGGTTGCCGTCAAGATCTACACGCGTTGCGCCGGGTTTAACACCGTAAAGATAACGCCAGCTCGAAGTGTAGAGACGTAAAGCGGATCGCAATTGCGTTTTGCGCAGGCTCATTTCCCCAGCAACACGATc < 2:190868/147‑1 (MQ=255) cTCGTCCAGCTCACCGCATGGGTTGCCGTCAAGATCGACACGCGTTGCGCCGGGTTTAACACAGTAAAGATAACGCCAGCTCGAAGTGTAGAGCCGTAAAGCGGATCGCAATTGCGTTTTGCTCAGGTTCATTTCCCCAGCAACACGATc > 2:775651/1‑150 (MQ=255) cGTCCAGCTCACCGCATGGGTTGCCGTCAAGATCGACACGCGTTGCGCCGGGTTTAACACCGTAAAGATAACGCCAGCTCGAAGTGTAGAGACGTAAAGCGGATCGCAATTGCGTTTTGCTCAGGTTCATTTCCCCAGCAacatgtagag > 1:719370/1‑143 (MQ=255) gTCCAGCTCACCGCATGGGTTGCCGTCAAGATCGACACGCGTTGCGCCGGGTTTAACACCGTAAAGATAACGCCAGCTCGAAGTGTAGAGACGTAAAGCGGATCGCAATTGCGTTTTGCTCAGGTTCATTTCCCCAGCAACACGATCGAc < 2:356258/150‑1 (MQ=255) tCCAGCTCACCGCATGGGTTGCCGGCAAGAGCGACCCGCGGTGCGCCGGGTTTACCACCGTAAAGATAACGCCAGCGCGAAGTGTAGAGACGTAAAGCGGATCGCAATTGCGTTTTGCTCAGGTTCATTTCCCCAGCAACACGATCGAcc < 2:122736/150‑1 (MQ=255) ccAGCTCACCGCATGGGTTGCCGTCAAGATCGACACGCGTTGCGCCGGGTTTAACACCGTAAAGATAACGCCAGCTCGAAGTGTAGAGACGTAAAGCGGATCGCAATTGCGTTTTGCTCAGGTTCATTTCCCCAGCAACACGATCGACCa < 1:687065/150‑1 (MQ=255) cAGCTCACCGCATGGGTTGCCGTCAAGATCGACACGCGTTGCGCCGGGTTTAACACCGTAAAGATAACGCCAGCTCGAAGTGTAGAGACGTAAAGCGGATCGCAATTGCGTTTTGCTCAGGTTCATTTCCCCAGCAACACGATCGACCaa > 1:812409/1‑150 (MQ=255) cACCGCATGGGTTGCCGTCAAGATCGACACGCGTTGCGCCGGGTTTAACACCGTAAAGATAACGCCAGCTCGAAGTGTAGAGACGTAAAGCGGATCGCAATTGCGTTTTGCTCAGGTTCATTTCCCCAGCAACACGATCGCCCAAATCCt > 2:521978/1‑150 (MQ=255) 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aGATCGACACGCGTTGCGCCGGGTTTAACACCGTAAAGATAACGCCAGCTCGAAGTGTAGAGACGTAAAGCGGATCGCAATTGCGTTTTGCTCAGGTTCATTTCCCCAGCAACACGATCGCCCAAATCCTGAATAATACCGATTTTCAGc > 1:398473/1‑150 (MQ=255) tCGACACGCGTTGCGCCGGGTTTAACACCGTAAAGATAACGCCAGCTCGAAGTGTAGAGACGTAAAGCGGATCGCAATTGCGTTTTGCTCAGGTTCATTTCCCCAGCAACACGATCGACCAAATCCTGAAAAATACCGATTTTCAGCGGa > 1:1209737/1‑150 (MQ=255) gcgcCGGGTTTAACACCGTAAAGATAACGCCAGCTCGAAGTGTAGAGACGTAAAGCGGATCGCAATTGCGTTTTGCTCAGGTTCATTTCCCCAGCAACACGATCGACCAAATCCTGAAAAATACCGATTTTCAGCGGACGCGCTTCACCt < 2:917440/150‑1 (MQ=255) gcgcCGGGTTTAACACAGTAAAGATAACGCCAGCTCGAATTGTAGAGACGTAAAGCGGATCGCAAATGCGTTTTGCTCAGGTTCATTTCCCCAGCAACACGATCGACCAAATCCTGAAAAATACCGATTTTCAGCGGACGCGCTTCACCt < 2:74298/150‑1 (MQ=255) gcCGGCTTTAACACCGTAAAGATAACGCCAGCTCGAAGTGTAGAGACGTAAAGCGGATCGCAATTGCGTTTTGCTCAGGTTCATTTACCCAGCAACACGATCGACCAAATCCTGAAAAATACCGATTTTCAGCGGACGCGCTTCCCCTTc > 2:634509/1‑150 (MQ=255) ggTTTAACACCGTAAAGATAACGCCAGCTCGAAGTGTAGAGACGTAAAGCGGATCGCAATTGCGTTTTGCTCAGGTTCATTTCCCCAGCAACACGATCGACCAAATCCTGAAAAATACCGATTTTCAGCGGACGCGCTTCACCTTCCGCa > 1:787890/1‑150 (MQ=255) aaCACCGTAAAGATAACGCCAGCTCGAAGTGTAGAGACGTAAAGCGGATCGCAATTGCGTTTTGCTCAGGTTCATTTCCCCAGCAACACGATCGACCAAATCCTGAAAAATACCGATTTTCAGCGGACGCGCTCCACCTTCCGCACTGaa > 2:130538/1‑150 (MQ=255) cacCGTAAAGATAACGCCAGCGCGAAGTGTAGAGACGTAAAGCGGATCGCAATTGCGTTTTGCTCAGGTTCATTTCCCCAGCAACACGATCGACCAAATCCTGAAAAATACCGATTTTCAGCGGACGCGCTTCACCTTCCGCACTGAAAc < 1:851637/150‑1 (MQ=255) acCGTAAAGATAACGCCAGCTCGAAGTGTAGAGACGTAAAGCGGATCGCAATTGCGTTTTGCTCAGGTTCATTTCCCCAGCAACACGATCGACCAAATCCTGAAAAATACCGATTTTCAGCGGACGCGCTTCACCTTCCGCACTGAAACa > 2:262598/1‑150 (MQ=255) gTAAAGATAACGCCAGCTCGAAGTGTAGAGACGTAAAGCGGATCGCAATTGCGTTTTGCTCAGGTTCATTTCCCCAGCAACACGATCGACCAAATCCTGAAAAATACCGATTTTCAGCGGACGCGCTTCACCTTCCGCACTGAAACAGTg > 1:902629/1‑150 (MQ=255) | CGTTTTTTCGCTTGCTGTTCAGCACGCTGTGCCTGAACACGCGCTTTCGCTTCTTCAAGCTGCTTGCGAGCATGCTCTACATGTTGCTCGTCCAGCTCACCGCATGGGTTGCCGTCAAGATCGACACGCGTTGCGCCGGGTTTAACACCGTAAAGATAACGCCAGCTCGAAGTGTAGAGACGTAAAGCGGATCGCAATTGCGTTTTGCTCAGGTTCATTTCCCCAGCAACACGATCGACCAAATCCTGAAAAATACCGATTTTCAGCGGACGCGCTTCACCTTCCGCACTGAAACAGTG > NC_000913/1915170‑1915468 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |