| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 2,363,452 | G→A | 5.0% | A61V (GCC→GTC) ‡ | yfaY ← | inactive PncC family protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,363,452 | 0 | G | A | 5.0% | 309.7 / 3.4 | 99 | A61V (GCC→GTC) ‡ | yfaY | inactive PncC family protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (43/51); new base A (2/3); total (45/54) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.28e-01 | |||||||||||
TACTCGTCCACGTTCGTGGAAATAGCGTTCCATCTCTTTGAGCCAGGCTTCATGCAGCACCAGGCCTTCACCTTTTGCTGTCGCAGCGGCGAGTGCGCTTAAATCATCGCTGGTCGGTCCCAGCCCGCCGTTAACGATCAGCACATCGGCGTGCTGACTACGTTCGCGAAGAATGGTGACTAAGTCATCAAGGTTATCCCCCACCGTATTGCGGCGAGATAATGGCAACCCCTGATGAAAGAAAAAATCGGCCAGCCAGGCAGCGTTAGTGTCAACGATTTGCCCGTGTAACACTTC > NC_000913/2363304‑2363600 | gctatttCCACGAACGTGGAAATAGCGTTCCATCTCTTTGAGCCAGGCTTCATGCAGCACACGGCCTTCACCTTTTGCTGTCGCAGCGGCGAGTGCGCTTAAATCATCGCTGGGCGGTCCCAGCCCGCCGTTAACGATCAGCACATCGGc > 1:333007/7‑150 (MQ=255) cTCGTCCACGTTCGTGGAAATAGCGTTCAATCTCTTTGAGCCAGGCTTCATGCAGCACCAGGCCTTCACCTTTTGCTGTCGCAGCGGCGAGTGCGCTTAAATCATCGCTGGTCGGTCCCAGCCCGCCGTTAACGATCAGCACATCTGCGt > 1:468053/1‑150 (MQ=255) tCGGCCACGATCGTGGAAATAGCGTTCCATCTCTTTGAGCCAGGCTTCATGCAGCACCAGGCCTTCACCTTTTGCTGTCGCAGCGGCGAGTGCGCTTAAATCATCGCTGGTCGGTCCCAGCCCGCCGTTAACGATCAGCACATCGGCGTg < 1:1149470/150‑1 (MQ=255) 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ccTTTTGCTGTCGCAGCGGCGAGTGCGCTTAAATCATCGCTGGTCGGTCCCAGCCCGCCGTTAACGATCAGCACATCGGCGTGCTGACTACGTTCGCGAAGAATGGTGACTAAGTCATCAAGGTTATCCCCCACCGTATTGCGGCGAGAt > 1:565435/1‑150 (MQ=255) ttttGCTGTCGCAGCGGCGAGTGCGCTTAAATCATCGCTGGTCGGTCCCAGCCCGCCGTTAACGATCAGCACATCGGCGTGCTGACTACGTTCGCGAAGAATGGTGACTAAGTCATCAAGGTTATCCCCCACCGTATTGCGGCGAGATaa > 1:538468/1‑150 (MQ=255) tttGCTGGCGCAGCGGCGAGTGCGCTTAAATCATCGCTGGTCGGTCCCAGCCCGCCGTTAACGATCAGCACATCGGCGTGCTGACTACGTTCGCGAAGAATGGTGACTAAGTCATCAAGGTTATCCCCCACCGTATTGCGGCGAGATAAt < 1:1140378/150‑1 (MQ=255) ttGCTGTCGCAGCGGCGAGTGCGCTTAAATCATCGCTGGTCGGGCCCAGCCCGCCGTTAACGATCAGCACATCGGCGTGCTGACTACGATCGCGAAGAATGGTGACTAAGTCATCAAGGTTATCCCCCACCGTATTGCGGCGAGATAATg < 2:778924/150‑1 (MQ=255) tGCTGTCGCAGCGGCGAGTGCGCTTAAATCATCGCTGGTCGGTCCCAGCCCGCCGTTAACGATCAGCACATCGGCGTGCTGACTACGTTCGCGAAGAATGGTGACTAAGTCATCAAGGTTATCCCCCACCGTATTGCGGCGAGATAATgg < 2:436553/150‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |