| Predicted mutation | |||||||
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| RA | NC_000913 | 2,363,453 | C→T | 6.2% | A61T (GCC→ACC) ‡ | yfaY ← | inactive PncC family protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,363,453 | 0 | C | T | 6.2% | 321.5 / 6.1 | 99 | A61T (GCC→ACC) ‡ | yfaY | inactive PncC family protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (40/52); new base T (3/3); total (44/55) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.80e-01 | |||||||||||
Only 100 of 101 total aligned reads displayed.
TACTCGTCCACGTTCGTGGAAATAGCGTTCCATCTCTTTGAGCCAGGCTTCATGCAGCACCAGGCCTTCACCTTTTGCTGTCGCAGCGGCGAGTGCGCTTAAATCATCGCTGGTCGGTCCCAGCCCGCCGTTAACGATCAGCACATCGGCGTGCTGACTACGTTCGCGAAGAATGGTGACTAAGTCATCAAGGTTATCCCCCACCGTATTGCGGCGAGATAATGGCAACCCCTGATGAAAGAAAAAATCGGCCAGCCAGGCAGCGTTAGTGTCAACGATTTGCCCGTGTAACACTTCAT > NC_000913/2363304‑2363602 | gctatttCCACGAACGTGGAAATAGCGTTCCATCTCTTTGAGCCAGGCTTCATGCAGCACACGGCCTTCACCTTTTGCTGTCGCAGCGGCGAGTGCGCTTAAATCATCGCTGGGCGGTCCCAGCCCGCCGTTAACGATCAGCACATCGGc > 1:333007/7‑150 (MQ=255) cTCGTCCACGTTCGTGGAAATAGCGTTCAATCTCTTTGAGCCAGGCTTCATGCAGCACCAGGCCTTCACCTTTTGCTGTCGCAGCGGCGAGTGCGCTTAAATCATCGCTGGTCGGTCCCAGCCCGCCGTTAACGATCAGCACATCTGCGt > 1:468053/1‑150 (MQ=255) tCGGCCACGATCGTGGAAATAGCGTTCCATCTCTTTGAGCCAGGCTTCATGCAGCACCAGGCCTTCACCTTTTGCTGTCGCAGCGGCGAGTGCGCTTAAATCATCGCTGGTCGGTCCCAGCCCGCCGTTAACGATCAGCACATCGGCGTg < 1:1149470/150‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |