| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 2,777,268 | T→A | 6.6% | F52I (TTT→ATT) | yfjZ → | CP4‑57 prophage; antitoxin of the YpjF‑YfjZ toxin‑antitoxin system |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,777,268 | 0 | T | A | 6.6% | 241.3 / 3.0 | 84 | F52I (TTT→ATT) | yfjZ | CP4‑57 prophage; antitoxin of the YpjF‑YfjZ toxin‑antitoxin system |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (36/42); new base A (4/2); total (40/44) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.18e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
CAACACCACATGGGGCCTGCAGCGAGATATCACGCCGCGCCTGGGAGCACGTCTGGTGCAGGAGGGCAACCAGCTGCACTATCTGGCTGACCGGGCCAGTATCACCGGTAAGTTTAGTGACGCCGAATGTCCTAAGCTGGATGTGGTATTTCCACATTTTATCAGCCAGATAGAGTCGATGCTGACCACTGGTGAACTGAATCCCCGCCATGCCCAATGCGTCACCCTGTACCACAACGGTTTTACCTGCGAAGCCGATACTCTTGGTAGTTGCGGCTACGTATACATCGCTGTTTA > NC_000913/2777120‑2777416 | cAACCCCACATGGGGCCTGCAGCGAGATATCACGCCGCGCCTGGGAGCACGTCTGGTGCAGGAGGGCAACCAGCTGCACTATCTGGCTGACCGGGCCAGTATCACCGGTAAGTTTAGTGACGCCGAATGTCCTAAGCTGGATGTGGTAtt < 1:903419/150‑1 (MQ=255)cAACACCACATGGGGCCTGCAGCGAGATATCACGCCGCGCCTGGGAGCACGTCTGGTGCAGGAGGGCAACCAGCTGCACTATCTGGCTGACCGGGCCAGTATCACCGGTAAGTTTAGTGACGCCGAATGTCCTAAGCTGGATGTGGTAtt > 1:1137782/1‑150 (MQ=255) acacCACATGGGGCCTGCAGCGAGATATCACGCCGCGCCTGGGAGCACGTCTGGTGCAGGAGGGCAACCAGCTGCACTATCTGGCTGACCGGGCCAGTATCACCGGTAAGTTTAGTGACGCCGAATGTCCTAAGCTGGATGTGGTATTTc < 2:1306859/150‑1 (MQ=255) acacCACATGGGGCCTGCAGCGAGATATCACGCCGCGCCTGGGAGCACGTCTGGTGCAGGAGGGCAACCAGCTGCACTATCGGGCAGACCGGGCCAGTATCACCGGTAAGTTTAGTGCAGCCGAATGTCCTAAGCTGGATGTGGTATTTc > 2:213658/1‑150 (MQ=255) cggCCTGCAGCGAGATATCACGCCGCGCCTGGGAGCACGTCTGGTGCAGGAGGGCAACCAGCTGCACTATCTGGCTGACCGGGCCAGTATCACCGGTAAGTTTAGTGACGCCGAATGTCCTAAGCTGGATGTGGTATTTCCACATTTTAt > 1:29806/2‑150 (MQ=255) ggCCTGCAGCGAGATATCACGCCGCGCCTGGGAGCACGTCTGGTGCAGGAGGGCAACCAGCTGCACTATCTGGCTGACCGGGCCAGTATCACCGGTAAGTTTAGTGACGCCGAATGTCCTAAGCTGGATGTGGTATTTCCACATTTTATc < 1:1296915/150‑1 (MQ=255) gCCTGCAGCGAGATATCACGCCGCGCCTGGGAGCACGTCTGGTGCAGGAGGGCAACCAGCTGCACTATCTGGCTGACCGGGCCAGTATCACCGGTAAGTTTAGTGACGCCGAATGTCCTAAGCTGGATGTGGTATTTCCACATTTTATCa < 1:1059699/150‑1 (MQ=255) ccTGCAGCGAGATATCACGCCGCGCCTGGGAGCACGTCTGGTGCAGGAGGGCAACCAGCTGCACTATCTGGCTGACCGGGCCAGTATCACCGGTAAGTTTAGTGACGCCGAATGTCCTAAGCTGGATGTGGTATTTCCACATTTTATCAg < 2:854836/150‑1 (MQ=255) ccTGCAGCGAGATATCACGCCGCGCCTGGGAGCACGTCTGGTGCAGGAGGGCAACCAGCTGCACTATCTGGCTGACCGGGCCAGTATCACCGGTAAGTTTAGTGACGCCGAATGTCCTAAGCTGGATGTGGTATTTCCACATTTTATCAg < 1:1188613/150‑1 (MQ=255) cTGCCGCGAGAAATCACGCCGCGCCTGGGAGCACGTCTGGTGCAGGAGGGCAACCAGCTGCACTATCTGGCTGACCGGGCCAGTATCACCGGTAAGTTTAGTGACGCCGAATGTCCTAAGCTGGATGTGGTATTTCCACATTTTATCAGc < 2:1084163/150‑1 (MQ=255) tGCAGCGAGATATCACGCCGCGCCTGGGAGCACGTCTGGTGCAGGAGGGCAACCAGCTGCACTATCTGGCTGACCGGGCCAGTATCACCGGTAAGTTTAGTGACGCCGAATGTCCTAAGCTGGATGTGGTATTTCCACATTTTATCAGcc < 2:35476/150‑1 (MQ=255) gCAGCGAGATATCACGCCGCGCCTGGGAGCACGTCTGGTGCAGGAGGGCAACCAGCTGCACTATCTGGCTGACCGGGCCAGTATCACCGGTAAGTTTAGTGACGCCGAATGTCCTAAGCTGGATGTGGTATTTCCACATTTTATCAGCCa < 1:697559/150‑1 (MQ=255) gCAGCGAGATATCACGCCGCGCCTGGGAGCACGTCGGGTGCAGGAGGGCAACCAGCTGCACTATCTGGCTGACCGGGCCAGTATCACCGGTAAGTTTAGTGACGCCGAATGTCCTAAGCTGGATGTGGTATTTCCACATTTTATCAGCCa < 1:519846/150‑1 (MQ=255) cAGCGAGATATCACGCCGCGCCTGGGAGCACGTCTGGTGCAGGAGGGCAACCAGCTGCACTATCTGGCTGACCGGGCCAGTATCAGCGGTAAGTTTAGTGACGCCGAATGTCCTAAGCTGGATGTGGTATTTCCACATTTTATCAGCCAg < 2:703788/150‑1 (MQ=255) gCGAGATATCACGCCGCGCCTGGGAGCACGTCTGGTGCAGGAGGGCAACCAGCTGCACTATCTGGCTGACCGGGCCAGTATCACCGGTAAGTTTAGTGACGCCGAATGTCCTAAGCTGGATGTGGTATTTCCACATTTTATCAGCCAGAt > 1:566804/1‑150 (MQ=255) gCGAGATATCACGCCGCGCCTGGGAGCACGTCTGGTGCAGGAGGGCAACCAGCTGCACTATCTGGCTGACCGGGCCAGGATCACCGGTAAGTTTAGTGACGCCGAAGGGCCTAAGCTGGATGGGGGATTGCCACAGGTTAGCAGCCAGAt > 2:786233/1‑150 (MQ=255) tatCACGCCGCGCCTGGGAGAACGTCTGGTGAAGGAGGGCAACCAGCTGCACTATCTGGCTGCCCGGGCCAGTATCACCGGTAAGTTTAGTGACGCCGAATGTCATAAGCTGGATGTGGTATTTCAACATTATATCAGCCAGATAGAGTc > 1:665011/1‑150 (MQ=255) atCACGCCGCGCCTGGGAGCACGTCTGGTGCAGGAGGGCACCCAGCTGCACTATCAGGCTGCCCGGGCCAGTATCACCGGTAAGGGTAGTGTCGCCGCCTGTCCTAAGCGGGATGTGGGATTTCCACATTTTATCAGCCAGATAGAGTCg > 1:823318/1‑150 (MQ=255) atCACGCCGCGCCTGGGAGCACGTCTGGTGCAGGAGGGCAACCAGCTGCACTATCTGGCTGACCGGGCCAGTATCACCGGTAAGTTTAGTGACGCCGAATGTCCTAAGCTGGATGTGGTATTTCCACATTTTATCAGCCAGATAGAGTCg < 2:401639/150‑1 (MQ=255) cACGCCGCGCCTGGGAGCACGTCTGGTGCAGGAGGGCAACCAGCTGCACTATCTGGCTGACCGGGCCAGTATCACCGGTAAGTTTAGTGACGCCGAATGTCCTAAGCTGGATGTGGTATTTCCACATTTTATCAGCCAGATAGAGTCGAt > 2:318305/1‑150 (MQ=255) cACGCCGCGCCTGGGAGCACGTCTGGTGCAGGAGGGCAACCAGCTGCACTATCTGGCTGACCGGGCCAGTATCACCGGTAAGTTTAGTGACGCCGAATGTCCTAAGCTGGATGTGGTATTTCCACATTTTATCAGCCAGATAGAGTCGAt > 1:1351783/1‑150 (MQ=255) cACGCCGCGCCTGGGAGCACGTCTGGTGCAGGAGGGCAACCAGCTGCACTATCTGGCTGACCGGGCCAGTATCACCGGTAAGTTTAGTGACGCCGAATGTCCTAAGCTGGATGTGGTATTTCCACATTTTATCAGCAAGATAGTGTCGAt > 2:81971/1‑150 (MQ=255) gccgaGCCTGGGAGCACGTCTGGTGCAGGAGTGCAACCAGCTGCACTATCTGGCTGACCGTGCCAGTATCACCGGTAAGTTTAGTGACGCCGAATGTCCTAAGCTGGATGTGGTATTTCCACATTTTATCAGCCAGATAGAGTCGATGCt < 1:1008941/150‑1 (MQ=255) ccgcGCCTGGGAGCACGTCTGGTGCAGGAGGGCAACCAGCTGCACTATCTGGCTGACCGGGCCAGTATCACCGGTAAGTTTAGTGACGCCGAATGTCCTAAGCTGGATGTGGTATTTCCACATTTTATCAGCCAGATAGAGTCGATGCTg < 2:560005/150‑1 (MQ=255) gcgcCTGGGAGCACGTCTGGTGCAGGAGGGCAACCAGCTGCACTATCTGGCAGACCGGGCCAGTATCACCGGTAAGTTTAGTGACGCCGAATGTCCTAAGCTGGATGTGGTAATTCCACATTTTATCAGCCAGATAGAGTCGATGCTGAc < 1:29966/150‑1 (MQ=255) gcCTGGGAGCACGTCTGGTGCAGGAGGGCAACCAGCTGCAATATCTGGCTGACCGGGCGAGTATCACCGGTAAGTTTTTTGACGCCGAATGTCCGAAGCTGGGTGTGGTATGTCCTCATTTTATCCGCCAGATAGCGGCGATGCTGACCa > 2:830538/1‑150 (MQ=255) cTGGGAGCACGTCTGGTGCAGGAGGGCAACCAGCTGCACTATCTGGCTGACCGGGCCAGTATCACCGGTAAGTTTAGTGACGCCGAATGTCCTAAGCTGGATGTGGTATTTCCACATTTTATCAGCCAGATAGAGTCGATGCTGACCACt < 2:1178378/150‑1 (MQ=255) ggAGCACGTCTGGTGCAGGAGGGCAACCAGCTGCACTATCTGGCTGACCGGGCCAGTATCACCGGTAAGTTTAGTGACGCCGAATGTCCTAAGCTGGATGTGGTATTTCCACATTTTATCAGCCAGATAGAGTCGATGCTGACCACTGGt < 2:155278/150‑1 (MQ=255) ggAGCACGTCTGGTGCAGGAGGGCAACCAGCTGCACTATCTGGCTGACCGGGCCAGTATCACCGGTAAGTTTAGTGACGCCGAATGTCCTAAGCTGGATGTGGTATTTCCACATTTTATCAGCCAGATAGAGTCGATGCTGACCACTGGt > 1:1283698/1‑150 (MQ=255) ggAGCACGTCTGGTGCAGGAGGGCAACCAGCTGCACTATCTGGCTGACCGGGCCAGTATCACCGGTAAGTTTAGTGACGCCGAATGTCCTAAGCTGGATGTGGAATTTCCACATTTTATCAGCCAGATAGAGTCGATGCTGACCACTGGt > 1:27993/1‑150 (MQ=255) ggAGCACGTCTGGTGCAGGAGGGCAACCAGCTACACTATCTGGCTGACCGGGCCAGTATCACCGGTAAGTTTAGTGACGCCGAATGTCCTAAGCTGGATGTGGTATTTCCACATTTTATCAGCCAGATAGAGTCGATGCTGACCACTGGt > 2:776889/1‑150 (MQ=255) gAGCACGTCTGGTGCAGGAGGGCAACCAGCTGCACTATCTGGCTGACCGGGCCAGTATCACCGGTAAGTTTAGTGACGCCGAATGTCCTAAGCTGGATGTGGTATTTCCACATTTTATCAGCCAGATAGAGTCGATGCTGACCACTGGTg < 2:1146816/150‑1 (MQ=255) tgCACGTCTGGGGCAGGAGGGGAACGAGCTGCACTATCTGGCTGACCGGGCCAGTATCACCGGTTAGTTTAGTGACGCCGAATGTCCTAAGCTGGATGTGGTATTTCCACATTTTATCAGCCAGATAGAGTCGATGCTGACCACTGGTGa < 2:995177/149‑1 (MQ=255) aGCACGTCTGGGGCAGGAGGGCAACCAGCTGCACTATCTGGCTGACCGGGCCAGTATCACCGGTAAGTTTAGTGACGCCGAATGTCCTAAGCTGGATGTGGTATTTCCACATTTTATCAGCCAGATAGAGTCGATGCTGACCACTGGTGa < 2:119616/150‑1 (MQ=255) cGTCTGGTGCAGGAGGGCAACCAGCTGCACTATCTGGCTGACCGGGCCAGTATCACCGGTAAGTTTAGTGACGCCGAATGTCCTAAGCTGGATGTGGTATTTCCACATTTTATCAGCCAGATAGAGTCGATGCTGACCACTGGTGAACTg < 1:1181367/150‑1 (MQ=255) cTGGTGCAGGAGGGCAACCAGCTGCACTATCTGGCTGACCGGGCCAGTATCACCGGTAAGTTTAGTGACGCCGAATGTCCTAAGCTGGATGTGGTATTTCCACATTTTATCAGCCAGATAGAGTCGATGCTGACCACTGGTGAACTGAAt > 2:1314573/1‑150 (MQ=255) ggTGCAGGAGGGCAACCAGCTGCACTATCTGGCTGACCGGGCCAGTATCACCGGTAAGTTTAGTGACGCCGAATGTCCTAAGCTGGATGTGGTATTTCCACATTTTATCAGCCAGATAGAGTCGATGCTGACCACTGGTGTACTGAATcc > 1:1235572/1‑150 (MQ=255) ggaggGCAACCAGCTGCACTATCTGGCTGACCGGGCCAGTATCACCGGTAAGTTTAGTGACGCCGAATGTCCTAAGCTGGATGTGGTATTTCCACATTTTATCAGCCAGATAGAGTCGATGCTGACCACTGGTGAACTGAATACCCGccc > 1:1317237/1‑149 (MQ=255) gggCAACCAGCTGCACTATCTGGCTGACCGGGCCAGTATCACCGGTAAGTTTAGTGACGCCGAATGTCCTAAGCTGGATGTGGTATTTCCACATTTTATCAGCCAGATAGAGTCGATGCTGACCACTGGTGAACTGCATCCCCGCCATGc > 1:760658/1‑150 (MQ=255) ggCAACCAGCTGCACTATCTGGCTGACCGGGCCAGTATCACCGGTAAGTTTAGTGACGCCGAATGTCCTAAGCTGGATGTGGTATTTCCACATTTTATCAGCCAGATAGAGTCGATGCTGACCACTGGTGAACTGAATCCCCGCCATGcc < 1:137132/150‑1 (MQ=255) gCAACCAGCTGCACTATCTGGCTGACCGGGCCAGTATCACCGGTAAGTTTAGTGACGCCGAATGTCCTAAGCTGGATGTGGTATTTCCACATTTTATCAGCCAGATAGAGTCGATGCTGACCACTGGTGAACTGAATCCCCGCCATGccc < 1:964236/150‑1 (MQ=255) cAACCAGCTGCACTATCTGGCTGACCGGGCCAGTTTCACCGGTAAGTTTAGTGAAGCCGAATGTCCTAAGCTGGATGTGGTATTTCCACATTTTATCAGCCAGATAGAGTCGATGCTGACCACTGGTGAACTGAATCCCAGCCATGCCCa > 1:661021/1‑150 (MQ=255) aCCAGCTGCACTATCTGGCTGACCGGGCCAGTATCACCGGTAAGTTTAGTGACGCCGAATGTCCTAAGCTGGATGTGGTATTTCCACATTTTATCAGCCAGATAGAGTCGATGCTGACCACTGGTGAACTGAATCCCCGCCATGCCCAAt < 1:1106482/150‑1 (MQ=255) 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ccGGTAAGTTTAGTGACGCCGAATGTCCTAAGCTGGATGTGGTATTTCCACATTTTATCAGCCAGATAGAGTCGATGCTTACCACTGGTGAACTGAATCCCCGCCATGCCCAATGCGTCACCCTGTACCACAACGGTTTTACCTGCGAAg < 2:49177/150‑1 (MQ=255) ccGGTAAGTTTAGTGACGCCGAATGTCCTAAGCTGGATGTGGTATTTCCACATTTTATCAGCCAGATAGAGTCGATGCTGACCACTGGTGAACTGAATCCCCGCCATGCCCAATGCGTCACCCTGTACCACAACGGTTTTACCTGCGAAg < 1:633452/150‑1 (MQ=255) aGTTTAGTGACGCCGAATGTCCTAAGCTGGATGTGGTATTTCCACATTTTATCAGCCAGATAGAGTCGATGCTGACCACTGGTGAACTGAATCCCCGCCATGCCCAATGCGTCACCCTGTACCACAACGGTTTTACCTGCGAAGCCGATa > 2:1342382/1‑150 (MQ=255) gTTTAGTGACGCCGAATGTCCTAAGCTGGATGTGGTATTTCCACATTTTATCAGCCAGATAGAGTCGATGCTGCCCACTGGTGAACTGAATCCCCGCCATGCCCAATGCGTCACCCTGTACCACAACGGTTTTACCTGCGAAGCCGATAc > 1:1154415/1‑150 (MQ=255) tAGTGACGCCGAATGTCCTAAGCTGGATGTGGTATTTCCACATTTTATCAGCCAGATAGAGTCGATGCTGACCACTGGTGAACTGAATCCCCGCCATGCCCAATGCGTCACCCTGTACCACAACGGTTTTACCTGCGAAGCCGATActct > 2:374330/1‑150 (MQ=255) 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cTGGATGTGGTATTTCCACATTTTATCAGCCAGATAGAGTCGATGCTGACCACTGGTGAACTGAATCCCCGCCATGCCCAATGCGTCACCCTGTACCACAACGGTTTTACCTGCGAAGCCGATACTCTTGGTAGTTGCGGCTACGTATAc < 2:1351783/150‑1 (MQ=255) gggATGTGGTATTTCCACATTTTATCAGCCAGATAGAGTCGATGCTGACCACTGGTGAACTGAATCCCCGCCATGCCCAATGCGTCACCCTGTACCACAACGGTTTTACCTGCGAAGCCGATACTCTTGGTAGTTGCGGCTACGTATACa < 1:937984/149‑1 (MQ=255) ggATGTGGTATTTCCATATTTTATCAGCCAGATAGAGTCGATGCTGACCACTGGTGAACTGAATCCCCGCCATGCCCAATGCGTCACCCTGTACCACAACGGTTTTACCTGCGAAGCCGATACTCTTGGTAGTTGCGGCTACGTATACAt > 2:721102/1‑150 (MQ=255) ggATGTGGTATTTCCACATTTTATCAGCCAGATACAGTCGATGCTGACCACTGGAGAACTGAATCCCCGCCATGCACAATGCGACAACCTCTACCACAACGGGATTACCTGCGAAGCCGATACACTTGGTAGTTGCGGCTACGTATACaa > 1:708247/1‑149 (MQ=255) tgGTATTTCCACATTTTATCAGCCAGATAGAGTCGATGCTGCCCCCTGGTGAACTGAATCCCCGCCATGCCCAATGCGTCACCCTGTACCGCCACGGTTTTACCTGCGAAGCCGATACTCTTGGTAGTTGCGGCTACGTATACATCGCTg > 2:1265013/1‑150 (MQ=255) ggTATTTCCACATTTTATCAGCCAGATAGAGTCGATGCTGACCACTGGTGAACTGAATCCCCGCCCTGCCCAATGCGTCACCCTGTACCACAACGGTTTTACCTGCGAAGCCGAGACTCTTGGTAGTTGCGGCGACGTATACATCGCTgg > 2:853432/1‑149 (MQ=255) gTATTTCCACATTTTATCAGCCAGATAGAGTCGATGCTGACCACTGGGGAACTGAATCCCCGCGATGCCCAATGCGTCACCCTGTACCACAACGGTTTTACCTGCGAAGCCGATACTCTTGGTAGTTGCGGCTACGTATACATCGCTGtt < 1:213658/150‑1 (MQ=255) aTTTCCACATTTTATCAGCCAGATAGAGTCGATGCTGACCACTGGTGAACTGAATCCCCGCCATGCCCAATGCGTCACCCTGTTCCACAACGGTTTTACCTGCGAAGCCGATAGTCTTGGTAGTTGCGGCTACGTATACATCGCTGTTTa > 1:1319205/1‑150 (MQ=255) | CAACACCACATGGGGCCTGCAGCGAGATATCACGCCGCGCCTGGGAGCACGTCTGGTGCAGGAGGGCAACCAGCTGCACTATCTGGCTGACCGGGCCAGTATCACCGGTAAGTTTAGTGACGCCGAATGTCCTAAGCTGGATGTGGTATTTCCACATTTTATCAGCCAGATAGAGTCGATGCTGACCACTGGTGAACTGAATCCCCGCCATGCCCAATGCGTCACCCTGTACCACAACGGTTTTACCTGCGAAGCCGATACTCTTGGTAGTTGCGGCTACGTATACATCGCTGTTTA > NC_000913/2777120‑2777416 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |