Predicted mutation | |||||||
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RA | NC_000913 | 3,146,763 | T→C | 5.3% | intergenic (‑26/+93) | yghW ← / ← yghX | DUF2623 family protein/pseudogene, dienlactone hydrolase family |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | NC_000913 | 3,146,763 | 0 | T | C | 5.3% | 345.9 / 7.5 | 115 | intergenic (‑26/+93) | yghW/yghX | DUF2623 family protein/pseudogene, dienlactone hydrolase family |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (50/58); new base C (3/3); total (54/61) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.03e-01 |
Only 100 of 116 total aligned reads displayed.
GTGTGAGTAGCCTAATACAAAACCGCGTTTATAATCGGCACAGAATTTTGTCACATTAACCGCACTGTCGGCATGCGTTGCTTTTAATCCCGCCATTAAGCCTTTACCAAAATGGTTATTCATCGTTCACCTCATTCGCTATATATTGTCATATATAGCGATATTTTAGGCAAAGAACGACTTTTGCGCACGCTATTTTTTCATGCTTGTTTAAGACGTAATCCCGTAAGAGATAAACCTATCAGGAGAGATATTTATCGAACCATTTCAGTGTCCTTTGCCAGGCAAGATCGGCGGC > NC_000913/3146615‑3146912 | gtgtGAGTAGCCTAATACAAAACCGCGTTTATAATCGGAACAGAATTTTGTCACATTAACCGCACTGTCGGCATGCGTTGCTTTTAATCCCGCCATTAAGCCTTTACCAAAATGGTTATTCATCGTTCACCTCATTCGCTATATATTGTc < 1:804032/150‑1 (MQ=255) gAGTAGCCTAATACAAAACCGCGTTTATAATCGGCACAGAATTTTGTCACATTAACCGCACTGTCGGCATGCGTTGCTTTTAATCCCGCCATTAAGCCTTTACCAAAATGGTTATTAATCGTTCACCTCATTCGCTATATATTGTCatat > 2:695250/1‑150 (MQ=255) aGTAGCCTAATACAAAACCGCGTTTATAATCGGCACAGAATTTTGTCACATTAACCGCACTGTCGGCATGCGTTGCTTTTAATCCCGCCATTAAGCCTTTACCAAAATGGTTATTCATCGTTCACCTCATTCGCTATATATTGTCatata > 2:1051897/1‑150 (MQ=255) 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aCCTCATTCGCTATATATTGTCATATATAGCGATATTTTAGGCAAAGAACGACTTTTGCGCACGCTATTTTTTCATGCATGTTTAAGACGTAATCCCGTAAGAGATAAACCTATCAGGAGAGATATTTATCGAACAATTTCAGTGTCCtt > 1:106595/1‑150 (MQ=255) ccTCATTCGCTATATATTGTCATATATAGCGATATTTTAGGCAAAGAACGACTTTTGCGCACGCTATTTTTTCATGCTTGTTTAAGACGTAATCCCGTAAGAGATAAACCTATCAGGAGAGATATTTATCGAACCATTTCAGTGTCCttt > 1:711612/1‑150 (MQ=255) ccTCATTCGCTATATATTGTCATATATAGCGATATTTTAGGCAAAGAACGACTTTTGCGCACGCTATTTTTTCATGCTTGTTTAAGACGTAATCCCGTAAGAGATAAACCTATCAGGAGAGATATTTATCGAACCATTTCAGTGTCCttt > 2:477093/1‑150 (MQ=255) cTCATTCGCTATATATTGTCATATATAGCGATATTTTAGGCAAAGAACGACTTTTGCGCACGCTATTTTTTCATGCTTGTTTAAGACGTAATCCCGTAAGAGATAAACCTATCAGGAGAGATATTTATCGAACCATTTCAGTGTCCTTTg > 2:1012261/1‑150 (MQ=255) cATTCGCTATATATTGTCATATATAGCGATATTTTAGGCAAAGAACGACTTTTGCGCACGCTATTTTTTCATGCTTGTTTAAGACGTAATCCCGTAAGAGATAAACCTATCAGGAGAGATATTTATCGAACCATTTCAGTGTCCTTTGcc < 1:563072/150‑1 (MQ=255) aTTCGCTATATATTGTCATATATAGCGATATTTTAGTCAAAGAACGACTTTTGCGCACGCTATTTTTTCATGCTTGTTTAAGACGTAATCCCGTAAGAGATAAACCTATCAGGAGAGATTTTTATCGAACCATTTCAGTGTCGTTTGCCa < 2:979728/150‑1 (MQ=255) aTTCGCTATATATTGTCATATATAGCGATATTTTAGGCAAAGAACGACTTTTGCGCACGCTATTTTTTCATGCTTGTTTAAGACGTAATCCCGTAAGAGATAAACCTATCAGGAGAGATATTTATCGAACCATTTCAGTGTCCTTTGCCa < 2:1227494/150‑1 (MQ=255) tCGCTATATATTGTCATATATAGCGATATTTTAGGCAAAGAACGACTTTTGCGCACGCTATTTTTTCATGCTTGTTTAAGACGTAATCCCGTAAGAGATAAACCTATCAGGAGAGATATTTATCGAACCATTTCAGTGTCCTTTGCCAgg < 1:392031/150‑1 (MQ=255) tCGCTATATATTGTCATATATAGCGATATTTTAGGCAAAGAACGACTTTTGCGCACGCTATTTTTTCATGCTTGTTTAAGACGTAATCCCGTAAGAGATAAACCTATCAGGAGAGATATTTATCGAACCATTTCAGTGTCCTTTGCCAgg < 2:1158773/150‑1 (MQ=255) cGCTATATATGACAATATATAGCGATATTTTAGGCAAAGAACTACTATTGCGCAAGCTATTTTTTCATGCTTTTTTAAGACGTAATCCCGTAAGATATAAACCTATCAGTAGAGATATTTATCGAACAATTTCAGTCTCCTTAGCCAGGc > 2:816378/1‑150 (MQ=255) gCTATATATGACAATATATAGCGATATTTTAGGCAAAGAACGACTTTTGCGCACGCTATTTTTTCATGCTTGTTTAAGACGTAATCCCGTAAGAGATAAACCTATCAGGAGAGATATTTATCGAACCATTTCAGTGTCCTTTGCCAGGCa > 1:1013589/1‑150 (MQ=255) gCTATATATGACAATATATAGAGATATTTTAGGCAAAGAACGACTTTTGCGCACGCTATTTTTTCATGGTTGTTTAAGACGTAATACCGTAAGAGAAAAACCTATAAGGAGTGATATTTATAGAACCATTTCAGTGTCCTTTGCCAGGCa > 2:790909/1‑150 (MQ=255) cTATATATTGTCATATATAGCGATATTTTAGGCAAAGAACGACTTATGCGAACGCTATTTTTTCATGCTTGTTTAAGACGTAATCCCGTAAGAGATAAACCTATCAGGAGAGATATTTATCGAACCATTTCAGTGTCCTTTGCCAGGCaa > 1:185782/1‑150 (MQ=255) atTGTCATATATAGCGATATTTTAGGCAAAGAACGACTTTTGCGCACGCTATTTTTTCATGCTTGTTAAAGACGTAATCACGTAAGAGATAAACCTATCAGGAGAGATATTTATCGAACCATTTCAGTGTCCTTTGGCAGGCAAGATcgg > 1:524187/1‑150 (MQ=255) gTCATATATAGCGATATTTTAGGCAAAGAACGACTTTTGCGCACGCTATTTTTTCATGCTTGTTTAAGACGTAATCCCGTAAGAGATAACCCTATCAGGAGAGATATTTATCGAACCATTTCAGTGTCCTTTGCCAGGCAAGATcggcgg > 2:393299/1‑150 (MQ=255) gTCATATATAGCGATATTTTAGGCAAAGAACGACTTTTGCGCACGCTATTTTTTCATGCTTGTTTAAGACGTAATCCCGTAAGAGATAAACCTATCAGGAGAGATATTTATCGAACCATTTCAGTGTCCTTTGCCAGGCAAGATcggcgg < 1:707656/150‑1 (MQ=255) tCATATATAGCGATATTTTAGGCAAAGAACGACTTTTGCGCACGCTATTTTTTCATGCTTGTTTAAGACGTAATCCCGTAAGAGATAAACCTATCAGGAGAGATATTTATCGAACCATTTCAGTGTCCTTTGCCAGGCAAGATCggcggc > 2:1119386/1‑150 (MQ=255) | GTGTGAGTAGCCTAATACAAAACCGCGTTTATAATCGGCACAGAATTTTGTCACATTAACCGCACTGTCGGCATGCGTTGCTTTTAATCCCGCCATTAAGCCTTTACCAAAATGGTTATTCATCGTTCACCTCATTCGCTATATATTGTCATATATAGCGATATTTTAGGCAAAGAACGACTTTTGCGCACGCTATTTTTTCATGCTTGTTTAAGACGTAATCCCGTAAGAGATAAACCTATCAGGAGAGATATTTATCGAACCATTTCAGTGTCCTTTGCCAGGCAAGATCGGCGGC > NC_000913/3146615‑3146912 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |