| New junction evidence | |||||||||||
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| ? | NC_000913 | = 3639299 | NA (NA) | noncoding (91/98 nt) | RIP261 (repetitive extragenic palindromic) element; contains 2 REP sequences and 1 IHF site | RIP261 (repetitive extragenic palindromic) element; contains 2 REP sequences and 1 IHF site | |||||
Only 100 of 445 total aligned reads displayed.
GTTTCCTCACGAAAATTAAATACTGCATTTGTCGGCAGCAACAACTGTTAAAAAAGTGCGCTTTGTTTATGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAAAATCGTGCTAATTCAATATATTGCAGAAACCTTGTAGGCCTGATAAGCGTAGCGCATCAGGCAGTTTTGCGTTTGTCATCAGTCTCCGATGCTATTAATCCTTAAATCCCCGCCCCCTGGCTAAAATGCTCTTCCCCAAACACCCCGGTAGAAAGGTAGCGATCGCCACGATCGCAGATGATCGCCACCACCA > NC_000913/2538465‑2538763 | tCACGAAAATTAAATACTGCATTTGTCGGCAGCAACAACTGTTAAAAAAGTGCGCTTTGTTTATGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAAAATCGTGCTAATTCAATATATTGCAGAAACCTTGTCGGCCTGATAAGCGt > 1:4115508/1‑150 (MQ=255) tCACGAAAATTAAATACTGCATTTGTCGGCAGCAACAACTGTTAAAAAAGTGCGCTTTGTTTATGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAAAATCGTGCTAATTCAATATATTGCAGAAACCTTGTAGGCCTGATAAGCGt > 2:3587795/1‑150 (MQ=255) tCACGAAAATTAAATACTGCATTTGTCGGCAGCAACAACTGTTAAAAAAGTGCGCTTTGTTTATGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAAAATCGTGCTAATTCAATATATTGCAGAAACCTTGTAGGCCTGATAAGCGt > 2:2552457/1‑150 (MQ=255) 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tatatTGCAGAAACCTTGTAGGCCTGATAAGCGTAGCGCATCAGGCAGTTTTGCGTTTGTCATCAGTCTCCGATGCTATTAATCCTTAAATCCCCGCCCCCTGGCTAAAATGCTCTTCCCCAAACACCCCGGTAGAAAGGTAGCGATCGc > 1:2394032/1‑150 (MQ=255) atTGCAGAAACCTTGTAGGCCTGATAAGCGTAGCGCATCAGGCAGTTTTGCGTTTGTCATCAGTCTCCGa > 2:5132311/1‑70 (MQ=255) tGCAGAAACCTTGTAGGCCTGATAAGCGTAGCGCATCAGGCAGTTTTGCGTTTGTCATCAGTCTCCGATGCTATTAATCCTTAAATCCCCGCCCCCTGGCTAAAATGCTCTTCCCCAAACACCCCGGTAGAAAGGTAGCGATCGCCACGa > 1:2829438/1‑150 (MQ=255) cAGAAACCTTGTAGGCCTGATAAGCGTAGCGCATCAGGCAGTTTTGCGTTTGTCATCAGTCTCCGATGCTATTAATCCTTAAATCCCCGCCCCCTGGCTAAACTGCTCTTCCCCAAACACCCCGGTAGAAAGGTAGCGATCGCCACGATc < 2:6619057/150‑1 (MQ=255) aGAAACCTTGAAGGCCTGATAAGCGTAGCGCATCAGGCAGTTTTGCGTTTGTCATCAGTCTACGATGCTATTAATCCTTAAATCCCCGCCCCCTGGCTAAAATGCTCTTCCCCAAACACCCCGGTAGAAAGGTAGCGATCGCCACGATCg > 1:5077590/1‑150 (MQ=255) gAAACCTTGTAGGCCTGATAAGCGTAGCGCATCAGGCAGTTTTGCGTTTGtcatca > 1:1000587/1‑56 (MQ=255) gAAACCTTGTAGGCCTGATAAGCGTAGCGCATCAGGCAGTTTTGCGTTTGtcatca < 2:1000587/56‑1 (MQ=255) gAAACCTTGTAGGCCTGATAAGCGTAGCGCATCAGGCAGTTTTGCGTTTGTCATCAGTCTCCGATGCTATTAATCCTTAAATCCCCGCCCCCTGGCTAAAATGCTCTTCCCCAAACACCCCGGTAGACAGGTAGCGAACGCCACGATCGc > 2:4444106/1‑150 (MQ=255) aaaCCTTGTAGGCCTGATAAGCGTAGCGCATCAGGCAGTTTTGCGTTTGTCATCAGTCTCCGATGCTATTAATCCTTAAATCCCCGCCCCCTGGCTAAAATGCTCTTc > 2:507490/1‑108 (MQ=255) aaaCCTTGTAGGCCTGATAAGCGTAGCGCATCAGGCAGTTTTGCGTTTGTCATCAGTCTCCGATGCTATTAATCCTTAAATCCCCGCCCCCTGGCTAAAATGCTCTTCCCCAAACACCCCGGTAGAAAGGTAGCGATCGCCACGATCGCa < 2:4832896/150‑1 (MQ=255) aaaCCTTGTAGGCCTGATAAGCGTAGCGCATCAGGCAGTTTTGCGTTTGTCATCAGTCTCCGATGCTATTAATCCTTAAATCCCCGCCCCCTGGCTAAAATGCTCTTCCCCAAACACCCCGGTAGAAAGGTAGCGATCGCCACGATCGCa > 2:2308326/1‑150 (MQ=255) ccTTGTAGGCCTGATAAGCGTAGCGCATCAGGCAGTTTTGCGTTTGTCATCAGTCTCCGATGCTATTAATCCTTAAATCCCCGCCCCCTGGCTAAAATGCTCTTCCCCAAACACCCCGGGAGAAAGGTAGCGATCGCCACGATCGCAgat > 2:1238788/1‑150 (MQ=255) cTTGTAGGCCTGATAAGCGTAGCGCATCAGGCAGTTTTGCGTTTGTCATCAGTCTCCGATGCTATTAATCCTTAAATCCCCGCCCCCTGGCTAAAATGCTCTTCCCCAAACACCCCGGTAGAAAGGTAGCGATCGCCACGATCGCAgatg < 2:4185142/150‑1 (MQ=255) ttGTAGGCCTGATAAGCGTAGCGCATCAGGCAGTTTTGCGTTTGTCATCAGTCTCCGATGCTATTAATCCTTAAATCCCCGCCCCCTGGCTAAAATGCTCTTCCCCAAACACCCCGGTAGAAAGGTAGCGATCGCCACGATCGCAgatga > 1:1585014/1‑150 (MQ=255) gTAGGCCTGATAAGCGTAGCGCATCAGGCAGTTTTGCGTTTGTCATCAGTCTCCGATGCTATTAATCCTTAAATCCCCGCCCCCTGGCTAAAATGCTCTTCCCCAAACACCCCGGTAGAAAGGTAGCGATCGCCACGATCGCAGATGATc > 2:6709589/1‑150 (MQ=255) gCCTGATAAGCGTAGCGCATCAGGCAGTTTTGCGTTTGTCATCAGTCTCCGATGCTATTAATCCTTAAATCCCCGCCCCCTGGCTAAAATGCTCTTCCCCAAACACCCCGGTAGAAAGGTAGCGATCGCCACGATCGCAGATGATCGcca > 1:5970720/1‑150 (MQ=255) ccTGATAAGCGTAGCGCATCAGGCAGTTTTGCGTTTGTCATCAGTCTCCGATGCTATTAATCCTTAAATCCCCGCCCCCTGGCTAAAATGCTCTTCCCCAAACACCCCGGTAGAAAGGTAGCGATCGCCACGATCGCAGATGATCGccac < 2:1529044/150‑1 (MQ=255) ccTGATAAGCGTAGCGCATCAGGCAGTTTTGCGTTTGTCATCAGTCTCCGATGCTATTAATCCTTAAATCCCCGCCCCCTGGCTAAAATGCTCTTCCCCAAACACCCCGGTAGAAAGGTAGCGATCGCCACGATCGCAGATGATCGccac < 2:343075/150‑1 (MQ=255) cTGATAAGCGTAGCGCATCAGGCAGTTTTGCGTTTGTCATCAGTCTCCGATGCTATTAATCCTTAAATCCCCGCCCCCTGGCTAAAATGCTCTTCCCCAAACACCCCGGTAGAAAGGTAGCGATCGCCACGATCGCAGATGATCGccacc > 1:6031312/1‑150 (MQ=255) gATAAGCGTAGCGCATCAGGCAGTTTTGCGTTTGTCATCAGTCTCCGATGCTATTAATCCTTAAATCCCCGCCCCCTGGCTAAAATGCTCTTCCCCAAACACCCCGGTAGAAAGGTAGCGATCGCCACGATCGCAGATGATCGccaccac < 1:3701263/150‑1 (MQ=255) aTAAGCGTAGCGCATCAGGCAGTTTTGCGTTTGTCATCAGTCTCCGATGCTATTAATCCTTAAATCCCCGCCCCCTGGCTAAAATGCTCTTCCCCAAACACCCCGGTAGAAAGGTAGCGATCGCCACGATCGCAGATGATCGccaccacc > 2:6577171/1‑150 (MQ=255) | GTTTCCTCACGAAAATTAAATACTGCATTTGTCGGCAGCAACAACTGTTAAAAAAGTGCGCTTTGTTTATGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAAAATCGTGCTAATTCAATATATTGCAGAAACCTTGTAGGCCTGATAAGCGTAGCGCATCAGGCAGTTTTGCGTTTGTCATCAGTCTCCGATGCTATTAATCCTTAAATCCCCGCCCCCTGGCTAAAATGCTCTTCCCCAAACACCCCGGTAGAAAGGTAGCGATCGCCACGATCGCAGATGATCGCCACCACCA > NC_000913/2538465‑2538763 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |