Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_000913 | 2,725,844 | G→T | 6.4% | intergenic (‑98/+225) | kgtP ← / ← rrfG | alpha‑ketoglutarate transporter/5S ribosomal RNA of rrnG operon |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 2,725,844 | 0 | G | T | 6.4% | 1259.5 / 18.0 | 368 | intergenic (‑98/+225) | kgtP/rrfG | alpha‑ketoglutarate transporter/5S ribosomal RNA of rrnG operon |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (128/207); new base T (31/2); total (159/209) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.70e-10 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 371 total aligned reads displayed.
GAGTATCACTACTTGTCAGTTTGCTGTCTGCCGTTACAGTACTTTCAGCCATGCCATTATGTCTCCTGCCGTAATCCGATGCTTTTGTCGGTCGCTTTTGTTTATTTTTTTTGTAAAGGAAATATTATACATTTGTTGCATATCATTATGCAACCTTAACCATGAATTTAGTTAGCAGGAAAATGGTTATTGAGGAGCTTAAGGATAAATTTCTGGTAAGGAGGACACGTATGGAAGTGGGCAAGTTGGGGAAGCCGTATCCGTTGCTGAATCTGGCATATGTGGGAGTATAAGACGC > NC_000913/2725695‑2725992 | tCACTACTTGTCAGTTTGCTGTCTGCCGTTACAGTACTTTCAGCCATGCCATTATGTCTCCTGCCGTAATCCGATGCTTTTGTCGGTCGCTTTTGTTTATTTTTTTTGTAAAGGAAATATTATACATTTGTTGCATATCATTATGCAAcc < 1:651427/150‑1 (MQ=255) actactTGTCAGTTTGCTGTCTGCCGTTACAGTACTTTCAGCCATGCCATTATGTCTCCTGCCGTAATCCGATGCTTTTGTCGGTCGCTTTTGTTTATTTTTTTTGTAAAGGAAATATTATACATTTGTTGCATATCATTATGCAACCtt < 2:840843/150‑1 (MQ=255) actactTGTCAGTTTGCTGTCTGCCGTTACAGTACTTTCAGCCATGCCATTATGTCTCCTGCCGTAATCCGATGCTTTTGTCGGTCGCGTTTGTTTTTTTTTTTTTTAAAGGAAATATTATACATTTTTTTCATATAATTATTCAAccat > 1:1283353/1‑148 (MQ=255) ctactTGTCAGTTTGCTGTCTGCCGTTACAGTACTTTCAGCCATGCCATTATGTCTCCTGCCGTAATCCGATGCTTTTGTCGGTCGCTGTTGTTTATTTTTTTTTTAAAGGAAAAAATATAAAATTTTTTCATATCATTATTCaaacata > 1:1232201/1‑145 (MQ=255) actTTTCAGTTTGCTGTCTGCCGTTACAGTACTTTCATCCATGACATTATGTCTCCTGCCGTAATCCGATGCTTTTGTCGGTCGCTTTTGTTTATTTTTTTTGTAAAGGAAATATTATACATTTGTTGCATATCATTATGCAACCTTAAc < 2:6036469/150‑1 (MQ=255) actTGTCAGTTTGCTGTCTGCCGTTACAGTACTTTCAGCCATGCCATTATGTCTCCTGCCGTAATCCGATGCTTTTGTCGGTCGCTTTTGTTTATTTTTTTTGTAAAGGAAATATTATACATTTGTTGCATATCATTATGCAACCTTAAc < 1:2569689/150‑1 (MQ=255) actTGTCAGTTTGCTGTCTGCCGTTACAGTACTTTCAGCCATGCCATTATGTCTCCTGCCGTAATCCGATGCTTTTGTCGGTCGCTTTTGTTTATTTTTTTTGTAAAGGAAATATTATACATTTGTTGCATATCATTATGCAACCTTAAc < 1:2147828/150‑1 (MQ=255) ttGTCAGTTTGCTGTCTGCCGTTACAGTACTTTCAGCCATGCCATTATGTCTCCTGCCGTAATCCGATGCTTTTGTCGGTCGCTTTTTTTTATTTTTTTTTTAAATGAAATAATATAAATATGTTTCATATAAATATGCAAccaaaaaca > 2:6668968/1‑143 (MQ=255) tGTCAGTTTGCTGTCTGCCGTTACAGTACTTTCAGCCATGCCATTATGTCTCCTGCCGTAATCCGATGCTTTTGTCGGTCGCTTTTGTTTATTTTTTTTGTAAAGGAAATATTATACATTTGTTGCATATCATTATGCAACCTTAACCAt < 1:108677/150‑1 (MQ=255) tGTCAGTTTGCTGTCTGCCGTTACAGTACTTTCAGCCATGCCATTATGTCTCCTGCCGTAATCCGATGCTTTTGTCGGTCGCTTTTGTTTATTTTTTTTGTAAAGGAAATATTATACATTTGTTGCATATCATTATGCAACCTTAACCAt < 2:1661709/150‑1 (MQ=255) gTCAGTTTGCTGTCTGCCGTTACAGTACTTTCAGCCATGCCATTATGTCTCCTGCCGTAATCCGATGCTTTTGTCGGTCGCTTTTGTTTATTTTTTTTGTAAAGGAAATATTATACATTTGTTGCATATCATTATGCAACCTTAACCATg > 2:6213589/1‑150 (MQ=255) tCAGTTTGCTGTCTGCCGTTACAGTACTTTCAGCCATGCCATTATGTCTCCTGCCGTAATCCGATGCTTTTGTCGGTCGCTTTTGTTTATTTTTTTTGTAAAGGAAATATTATACATTTGTTGCATATCATTATGCAACCTTAACCATGa < 1:2037551/150‑1 (MQ=255) ttGCTGTCTGCCGTTACAGTACTTTCAGCCATGCCATTATGTCTCCTGCCGTAATCCGATGCTTTTGTCGGTCGCTTTTGTTTATTTTTTTTGTAAAGGAAATATTATACATTTGTTGCATATCATTATGCAACCTTAACCATGAATtta > 2:3777422/1‑150 (MQ=255) 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ataCATTTGTTGCATATCATTATGCAACCTTAACCATGAATTTAGTTAGCAGGAAAATGGTTATTGAGGAGCTTAAGGATAAATTTCTGGTAAGGAGGACACGTATGGAAGTGGGCAAGTTGGGGAAGCCGTATCCGTTGCTGAATCTgg < 1:2267011/150‑1 (MQ=255) taCATTTGTTGCATATCATTATGCAACCTTAACCATGAATTTAGTTAGCAGGAAAATGGTTATTgag > 2:2741985/1‑67 (MQ=255) taCATTTGTTGCATATCATTATGCAACCTTAACCATGAATTTAGTGAGCAGGAAAATGGTTATTGAGGAGCTTAAGGATAAATTTCTGGTAAGGAGGACACGTATGGAAGTGGGCAAGTTGGGGAAGCCGTATCCGTTGCTGAATCTGGc < 1:2398405/150‑1 (MQ=255) ttgCATATCATTATGCAACCTTAACCATGAATTTAGTTAGCAGGAAAATGGTTATTGAGGAGCTTAAGGATAAATTTCTGGTAAGGAGGACACGTATGGAAGTGGGCAAGTTgggg < 1:3753877/116‑1 (MQ=255) gCATATCATTATGCAACCTTAACCATGAATTTAGTTAGCAGGAAAATGGTTATTGAGGAGCTTAAGGATAAATTTCTGGTAAGGAGGACACGTATGGAAGTGGGCAAGTTGGGGAAGCCGTATCCGTTGCTGAATCTGGCATATGTGGGa > 2:570634/1‑150 (MQ=255) gCATATCATTATGCAACCTTAACCATGAATTTAGTTAGCAGGAAAATGGTTATTGAGGAGCTTAAGGATAAATTTCTGGTAAGGAGGACACGTATGGAAGTGGGCAAGTTGGGGAAGCCGTATCCGTTGCTGAATCTGGCATATGTGGGa < 1:6102495/150‑1 (MQ=255) tatCATTATGCAACCTTAACCATGAATTTAGTTAGCAGGAAAATGGTTATTGAGGAGCTTAAGGATAAATTTCTGGTAAGGAGGACACGTATGGAAGTGGGCAAGTTGGGGAAGCCGTATCCGTTGCTGAATCTGGCATATGTGGGAGta < 2:1912869/150‑1 (MQ=255) atCATTATGCAACCTTAACCATGAATTTAGTTAGCAGGAAAATGGTTATTGAGGAGCTTAAGGATAAATTTCTGGTAAGGAGGACACGTATGGAAGTGGGCAAGTTGGGGAAGCCGTATCCGTTGCTGAATCTGGCATATGTGGGAGtat > 1:5505230/1‑150 (MQ=255) cATTATGCAACCTTAACCATGAATTTAGTTAGCAGGAAAATGGTTATTGAGGAGCTTAAGGATAAATTTCTGGTAAGGAGGACACGTATGGAAGTGGGCAAGTTGGGGAAGCCGTATCCGTTGCTGAATCTGGCATATGTGGGAGTATaa < 2:541896/150‑1 (MQ=255) cATTATGCAACCTTAACCATGAATTTAGTTAGCAGGAAAATGGTTATTGAGGAGCTTAAGGATAAATTTCTGGTAAGGAGGACACGTATGGAAGTGGGCAAGTTGGGGAAGCCGTATCCGTTGCTGAATCTGGCATATGTGGGAGTATaa < 1:4532306/150‑1 (MQ=255) cATTATGCAACCTTAACCATGAATTTAGTTAGCAGGAAAATGGTTATTGAGGAGCTTAAGGATAAATTTCTGGTAAGGAGGACACGTATGGAAGTGGGCAAGTTGGGGAAGCCGTATCCGTTGCTGAATCTGGCATATGTGGGAGTATaa < 1:4706174/150‑1 (MQ=255) aTTATGCAACCTTAACCATGAATTTAGTTAGCAGGAAAATGGTTATTGAGGAGCTTAAGGATAAATTTCTGGTAAGGAGGACACGTATGGAAGTGGGCAAGTTGGGGAAGCCGTATCCGTTGCTGAATCTGGCATATGTGGGAGTATAAg > 1:3222761/1‑150 (MQ=255) aTTATGCAACCTTAACCATGAATTTAGTTAGCAGGAAAATGGTTATTGAGGAGCTTAAGGATAAATTTCTGGTAAGGAGGACACGTATGGAAGTGGGCAAGTTGGGGAAGCCGTATCCGTTGCTGAATCTGGCATATGTGGGAGTATAAg < 1:2118912/150‑1 (MQ=255) tGCAACCTTAACCATGAATTTAGTTAGCAGGAAAATGGTTATTGAGGAGCTTAAGGATAAATTTCTGGTAAGGAGGACACGTATGGAAGTGGGCAAGTTGGGGAAGCCGTATCCGTTGCTGAATCTGGCATATGTGGGAGTATAAGAcgc < 2:259034/150‑1 (MQ=255) tGCAACCTTAACCATGAATTTAGTTAGCAGGAAAATGGTTATTGAGGAGCTTAAGGATAAATTTCTGGTAAGGAGGACACGTATGGAAGTGGGCAAGTTGGGGAAGCCGTATCCGTTGCTGAATCTGGCATATGTGGGAGTATAAGAcgc > 2:4791242/1‑150 (MQ=255) | GAGTATCACTACTTGTCAGTTTGCTGTCTGCCGTTACAGTACTTTCAGCCATGCCATTATGTCTCCTGCCGTAATCCGATGCTTTTGTCGGTCGCTTTTGTTTATTTTTTTTGTAAAGGAAATATTATACATTTGTTGCATATCATTATGCAACCTTAACCATGAATTTAGTTAGCAGGAAAATGGTTATTGAGGAGCTTAAGGATAAATTTCTGGTAAGGAGGACACGTATGGAAGTGGGCAAGTTGGGGAAGCCGTATCCGTTGCTGAATCTGGCATATGTGGGAGTATAAGACGC > NC_000913/2725695‑2725992 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |