| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 3,239,609 | T→G | 11.9% | intergenic (+64/‑335) | alx → / → sstT | putative membrane‑bound redox modulator/sodium:serine/threonine symporter |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,239,609 | 0 | T | G | 11.9% | 246.0 / 20.5 | 96 | intergenic (+64/‑335) | alx/sstT | putative membrane‑bound redox modulator/sodium:serine/threonine symporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (51/28); new base G (3/8); total (55/41) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.39e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 102 total aligned reads displayed.
GGGCGTGGTGTTTGGCATTCTGGTGATGACGTTTATTATCAACGCCTGGGTGAATTATCGGCATGATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGT‑AATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTCCCCTCACCCTAACCCTCTCCCCAAACGGGGCGAGGGGACTGACCGAGTCCTTTTTTGATGTTGTCATCAGTCTGGAAGCCGCACGTTGGCTTTAT > NC_000913/3239461‑3239757 | gggCGTGGTGTTTGGCATTCTGGTGATGACGTTTATTATCAACGCCTGGGTGAATTATCGGCATGATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCCCTTc < 2:112893/150‑1 (MQ=255) gCGTGGTGTTTGGCATTCTGGTGATGACGTTTATTATCAACGCCTGGGTGAATTATCGGCATGATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCCCTTCCa < 2:1774402/150‑1 (MQ=255) gCGTGGTGTTTGGCATTCTGGTGATGACGTTTATTATCAACGCCTGGGTGAATTATCGGCATGATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCCCTTCCa < 2:449104/150‑1 (MQ=255) 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tccctTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGATGGT‑AATATTAAGCACCGATTCTGGCCTGTTACCCTCACCCTAAACCTCACCCCAAACGGGGCGAGGGGACTGACCGAGTACTTTTTTTATGTTGTCAAAAGTCTGGAAACCGCACGTAGGCt > 2:25558/1‑150 (MQ=255) tccctTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGT‑AATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTCCCCTCACCCTAACCCTCTCCCCAAACGGGGCGAGGGGACTGGCCGAGTCCATTTTTGATGTTGTCATCAGTCTGGAAGCCGCACGTTGGCt > 1:1136961/1‑150 (MQ=255) tccctTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGT‑AATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTCCCCTCACCCAAACCCTCTCCCCCAACGGGGCGAGGGGACTGACCGAGTCCTTGTTTGTTGTTGTCATCAGTCTGGAAGCCGCACGGTGGCt > 2:2036879/1‑150 (MQ=255) gccctTCCGGGGTGTGGGTCGGGGTGAGGGT‑AATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTCCCCTCACCCTAACCCTCTCCCCAACCGGGGCGAGGGGACTGACCGAGTCCTTTTTTGATGTTGTCATCAGTCTGGAAGCCGCACGTTGGCt < 2:2155586/149‑1 (MQ=255) ccctTCCTGGGTGTGGGTCGGGTTGTGGGT‑AATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTCCCCTCACCCTAACCCTCTCCCCAAACGGGGCGAGGGGACTGACCGAGTCCTTTTTTGATGTTGTCATCAGTCTGGAAGCCGCACGTTGGCtt < 1:1536650/150‑1 (MQ=38) ccctTCCCGGGTGAGGGTCGGGGTGAGGGT‑AATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTCCCCTCACCCTAACCCTCTCCCCAAACGGGGCGAGGGGACTGACCGAGTCCTTTTTTGATGTTGTCATCAGTCTGGAAGCCGCACGTTGGCtt < 2:1986708/150‑1 (MQ=255) ccctTCCCGGGAGTGGGTCGGGGTGTGGGT‑AATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTCCCCTCACCCTAACCCTCTCCCCAAACGGGGCGAGGGGACTGACCGAGTCCTTTTTTGATGTTGTCATCAGTCTGGAAGCCGCACGTTGGCtt < 1:1003685/150‑1 (MQ=255) ttCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGT‑AATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTCCCCTCACCCTAACCCTCTCCCCAAACGGGGCGAGGGGACTGACCGAGTCCTTTTTTGTTGTTGTCATCAGTCTGGAAGCCGCACGTTGGCTTTAt > 1:517060/1‑150 (MQ=255) ttCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGT‑AATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTCCCCTCACCCTAACCCTCTCCCCAAACGGGGCGAGGGGACTGACCGAGTCCTTTTTTGATGTTGTCATCAGTCTGGAAGCCGCACGTTGGCTTTAt > 1:186973/1‑150 (MQ=255) ttCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGT‑AATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTCCCCTCACCCTAACCCTCTCCCCAAACGGGGCGAGGGGACTGACCGAGTCCTTTTTTGATGTTGTCATCAGTCTGGAAGCCGCACGTTGGCTTTAt > 1:226961/1‑150 (MQ=255) ttCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGT‑AATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTCCCCTCACCCTAACCCTCTCCCCAAACGGGGCGAGGGGACTGACCGAGTCCTTTTTTGATGTTGTCATCAGTCTGGAAGCCGCACGTTGGCTTTAt > 1:975857/1‑150 (MQ=255) ttCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGT‑AATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTCCCCTCACCCTAACCCACTCCCCAAACGGGGCGAGGGGACTGACCGAGTCCTTTTTTGATGTTGTCATCAGTCTGGAAGCCGCACGTTGGCTTTAt > 1:186982/1‑150 (MQ=255) | GGGCGTGGTGTTTGGCATTCTGGTGATGACGTTTATTATCAACGCCTGGGTGAATTATCGGCATGATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGT‑AATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTCCCCTCACCCTAACCCTCTCCCCAAACGGGGCGAGGGGACTGACCGAGTCCTTTTTTGATGTTGTCATCAGTCTGGAAGCCGCACGTTGGCTTTAT > NC_000913/3239461‑3239757 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |