| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 3,239,611 | C→A | 7.6% | intergenic (+66/‑333) | alx → / → sstT | putative membrane‑bound redox modulator/sodium:serine/threonine symporter |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,239,611 | 0 | C | A | 7.6% | 329.4 / 14.2 | 100 | intergenic (+66/‑333) | alx/sstT | putative membrane‑bound redox modulator/sodium:serine/threonine symporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (57/35); new base A (3/5); total (60/40) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.61e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.49e-01 | |||||||||||
Only 100 of 101 total aligned reads displayed.
GCGTGGTGTTTGGCATTCTGGTGATGACGTTTATTATCAACGCCTGGGTGAATTATCGGCATGATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGT‑AATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTCCCCTCACCCTAACCCTCTCCCCAAACGGGGCGAGGGGACTGACCGAGTCCTTTTTTGATGTTGTCATCAGTCTGGAAGCCGCACGTTGGCTTTAT > NC_000913/3239463‑3239757 | gCGTGGTGTTTGGCATTCTGGTGATGACGTTTATTATCAACGCCTGGGTGAATTATCGGCATGATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCCCTTCCa < 2:1774402/150‑1 (MQ=255)gCGTGGTGTTTGGCATTCTGGTGATGACGTTTATTATCAACGCCTGGGTGAATTATCGGCATGATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCCCTTCCa < 2:449104/150‑1 (MQ=255)gCGTGGTGTTTGGCATTCTGGTGATGACGTTTATTATCAACGCCTGGGTGAATTATCGGCATGATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCCCTTCCa < 2:2085784/150‑1 (MQ=255) 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tccctTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGATGGT‑AATATTAAGCACCGATTCTGGCCTGTTACCCTCACCCTAAACCTCACCCCAAACGGGGCGAGGGGACTGACCGAGTACTTTTTTTATGTTGTCAAAAGTCTGGAAACCGCACGTAGGCt > 2:25558/1‑150 (MQ=255) tccctTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGT‑AATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTCCCCTCACCCTAACCCTCTCCCCAAACGGGGCGAGGGGACTGGCCGAGTCCATTTTTGATGTTGTCATCAGTCTGGAAGCCGCACGTTGGCt > 1:1136961/1‑150 (MQ=255) tccctTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGT‑AATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTCCCCTCACCCAAACCCTCTCCCCCAACGGGGCGAGGGGACTGACCGAGTCCTTGTTTGTTGTTGTCATCAGTCTGGAAGCCGCACGGTGGCt > 2:2036879/1‑150 (MQ=255) gccctTCCGGGGTGTGGGTCGGGGTGAGGGT‑AATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTCCCCTCACCCTAACCCTCTCCCCAACCGGGGCGAGGGGACTGACCGAGTCCTTTTTTGATGTTGTCATCAGTCTGGAAGCCGCACGTTGGCt < 2:2155586/149‑1 (MQ=255) ccctTCCTGGGTGTGGGTCGGGTTGTGGGT‑AATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTCCCCTCACCCTAACCCTCTCCCCAAACGGGGCGAGGGGACTGACCGAGTCCTTTTTTGATGTTGTCATCAGTCTGGAAGCCGCACGTTGGCtt < 1:1536650/150‑1 (MQ=38) ccctTCCCGGGTGAGGGTCGGGGTGAGGGT‑AATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTCCCCTCACCCTAACCCTCTCCCCAAACGGGGCGAGGGGACTGACCGAGTCCTTTTTTGATGTTGTCATCAGTCTGGAAGCCGCACGTTGGCtt < 2:1986708/150‑1 (MQ=255) ccctTCCCGGGAGTGGGTCGGGGTGTGGGT‑AATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTCCCCTCACCCTAACCCTCTCCCCAAACGGGGCGAGGGGACTGACCGAGTCCTTTTTTGATGTTGTCATCAGTCTGGAAGCCGCACGTTGGCtt < 1:1003685/150‑1 (MQ=255) ttCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGT‑AATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTCCCCTCACCCTAACCCTCTCCCCAAACGGGGCGAGGGGACTGACCGAGTCCTTTTTTGTTGTTGTCATCAGTCTGGAAGCCGCACGTTGGCTTTAt > 1:517060/1‑150 (MQ=255) ttCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGT‑AATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTCCCCTCACCCTAACCCTCTCCCCAAACGGGGCGAGGGGACTGACCGAGTCCTTTTTTGATGTTGTCATCAGTCTGGAAGCCGCACGTTGGCTTTAt > 1:226961/1‑150 (MQ=255) ttCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGT‑AATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTCCCCTCACCCTAACCCTCTCCCCAAACGGGGCGAGGGGACTGACCGAGTCCTTTTTTGATGTTGTCATCAGTCTGGAAGCCGCACGTTGGCTTTAt > 1:186973/1‑150 (MQ=255) ttCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGT‑AATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTCCCCTCACCCTAACCCTCTCCCCAAACGGGGCGAGGGGACTGACCGAGTCCTTTTTTGATGTTGTCATCAGTCTGGAAGCCGCACGTTGGCTTTAt > 1:975857/1‑150 (MQ=255) ttCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGT‑AATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTCCCCTCACCCTAACCCACTCCCCAAACGGGGCGAGGGGACTGACCGAGTCCTTTTTTGATGTTGTCATCAGTCTGGAAGCCGCACGTTGGCTTTAt > 1:186982/1‑150 (MQ=255) | GCGTGGTGTTTGGCATTCTGGTGATGACGTTTATTATCAACGCCTGGGTGAATTATCGGCATGATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGT‑AATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTCCCCTCACCCTAACCCTCTCCCCAAACGGGGCGAGGGGACTGACCGAGTCCTTTTTTGATGTTGTCATCAGTCTGGAAGCCGCACGTTGGCTTTAT > NC_000913/3239463‑3239757 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |