Predicted mutation | |||||||
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RA | NC_000913 | 4,070,410 | C→A | 6.5% | intergenic (‑9/+105) | yihR ← / ← yihS | putative sulphoquinovose mutarotase/sulphoquinovose isomerase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | NC_000913 | 4,070,410 | 0 | C | A | 6.5% | 501.7 / 17.2 | 139 | intergenic (‑9/+105) | yihR/yihS | putative sulphoquinovose mutarotase/sulphoquinovose isomerase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (90/40); new base A (7/2); total (97/42) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.23e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.65e-01 |
Only 100 of 143 total aligned reads displayed.
CCTGAAAGGTTAATTCAGCCAGACCAGCACCGACGGTCACAATGGTCGCGTGATAATCCCCCGCGGCAAGTGAAACGGTCTGTCCACTGCAATGCATATTGGTGATTTGCATACAAGGCACCTTAATTAACGACATACAGCCTCCCGTGAGGCTG‑ATGTCAAACCCAAAAACTGCACCGGACGGTCCCCTCGCCCCTT‑TGGGGAGAGGGTTAGGGAGAGGGGAAAACCCGCACCCTATTTTCAGATCAGTTATTTCGCATTAATATCCAGCAGACCCGCTGCAACCGCTGGAGC > NC_000913/4070266‑4070559 | ccTGAAAGGTTAATTCAGCCAGACCAGCACCGACGGTCACAATGGTCGCGTGATAATCCCCCGCGGCAAGTGAAACGGTCTGTCCACTGCAATGCATATTGGTGATTTGCATACAAGGCACCTTAATTAACGACATACAGCCTCCCGTGa < 1:288597/150‑1 (MQ=255) cTGAAAGGTTAATTCAGCCAGACCAGCACCGACGGTCACAATGGTCGCGTGATAATCCCCCGCGGCAAGTGAAACGGTCTGTCCACTGCAATGCATATTGGTGATTTGCATACAAGGCACCTTAATTAACGACATACAGCCTCCCGTGAg < 2:1891615/150‑1 (MQ=255) aGGTTAATTCAGCCAGACCAGCACCGACGGTCACAATGGTCGCGTGATAATCCCCCGCGGCAAGTGAAACGGTCTGTCCACTGCAATGCATATTGGTGATTTGCATACAAGGCACCTTAATTAACGACATACAGCCTCCCGTGAGGCTG‑a > 1:414069/1‑150 (MQ=255) 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ttaattaaCGACATACAGCCTCCCGTGAGGCTG‑ATGTCAAACCCAAAAACTGCACCGGACGGTCCCCTCGCCCCTT‑TGGGGAGAGGGTTAGGGAGAGGGGAAAACCCGCACCCTATTTTCCGAGCAGTTATTTCGCATTAATATCcagca > 2:1723251/1‑150 (MQ=255) ttaattaaCGACATACAGCCTCCCGTGAGGCTG‑ATGTCAAACCCAAAAACTGCACCGGACGGTCCCCTCGCCCCTT‑TGGGGAGAGGGTTAGGGAGAGGGGAAAACCCGCACCCTATTTTCAGATCAGTTATTTCGCATTAATATCcagca > 2:1448641/1‑150 (MQ=255) ttaattaaCGACATACAGCCTCCCGTGAGGCTG‑ATGTCAAACCCAAAAACTGCACCGGACGGTCCCCTCGCCCCTT‑TGGGGAGAGGGTTAGGGAGAGGGGAAAACCCGCACCCTATTTTCAGATCAGTTATTTCGCATTAATATCcagca > 2:1439818/1‑150 (MQ=255) attaaCGACATACAGCCTCCCGTGAGGCTG‑ATGTCAAACCCAAAAACTGCACCGGACGGTCCCCTCGCCCCTT‑TGGGGAGAGGGTTAGGGAGAGGGGAAAACCCGCACCCTATTTTCAGATCAGTTATTTCGCATTAATATCCAGCAGAc > 2:2124132/1‑150 (MQ=255) ttaaCGACATACAGCCTCCCGTGAGGCTG‑ATGTCAAACCCAAAAACTGCACCGGACGGTCCCCTCGCCCCTT‑TGGGGAGAGGGTTAGGGAGAGGGGAAAACCCGCACCCTATTTTCAGATCAGTTATTTCGCATTAATATCCAGCAGAcc > 2:1853776/1‑150 (MQ=255) taaCGACATACAGCCTCCCGTGAGGCTG‑ATGTCAAACCCAAAAACTGCACCGGACGGTCCCCTCGCCCCTG‑TGGGGAGAGGGTTAGGGAGAGGGGAAAACCCGCACCCTATTTTCAGATCAGTTATTTCGCATTAATATCCAGCAGAccc > 1:132859/1‑150 (MQ=255) aCGACATACAGCCTCCCGTGAGGCTG‑ATGTCAAACCCAAAAACTGCACCGGACGGTCCCCTCGCCCCTT‑TGGGGAGAGGGTTAGGGAGAGGGGAAAACCCGCACCCTATTTTCAGATCAGTTATTTCGCATTAATATCCAGCAGACCCGc > 2:8289/1‑150 (MQ=255) aCGACATACAGCCTCCCGTGAGGCTG‑ATGTCAAACCCAAAAACTGCACCGGACGGTCCCCTCGCCCCTT‑TGGGGAGAGGGTTAGGGAGAGGGGAAAACCCGCACCCTATTTTCAGATCAGTTATTTCGCATTAATATCCAGCAGACCCGc > 2:8284/1‑150 (MQ=255) atcAGCCTCACGGGAGGCTG‑ATGTCAAACCCAAAAACTGCACCGGACGGTCCCCTCGCCCCTT‑TGGGGAGAGGGTTAGGGAGCGGGGAAAACCCGCACCCTCGTTTCCGAGCAGGTATTTCGCATTAATATCCCGCAGACCCGCTGCAAc > 2:86370/3‑150 (MQ=38) atcAGCCTCACGGGAGGCTG‑ATGTCAAACCCAAAAACTGCACCGGACGGTCCCCTCGCCCCGT‑TGGGGAGAGGGTTAGGGAGAGGGGAAAACCCGCACCCTATTTTCAGATCAGTTATTTCGCATTAATATCCAGCAGACCCGCTGCAAc > 2:2108398/3‑150 (MQ=255) 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cccGTGCGGCTT‑TTGAAAAACCAAAAAACGCCCCCGGCGGGCCCCCCCGCCCTTT‑GGGGGTGTGGGTTGGGGCGCGGGCAAAACCCGCACCCTATTTTCAGATCAGTTATTTCGCATTAATATCCAGCAGACCCGCTGCAACCGCTGGAg < 1:573308/150‑1 (MQ=255) ccGTGAGGCTG‑ATGTCAAACCCAAAAACTGCACCGGACGGTCCCCTCGCCCCTT‑TGGGGAGAGGGTTAGGGAGAGGGGAAAACCCGCACCCTATTTTCAGATCAGTTATTTCGCATTAATATCCAGCAGACCCGCTGCAACCGCTGGAGc > 1:115397/1‑150 (MQ=255) | CCTGAAAGGTTAATTCAGCCAGACCAGCACCGACGGTCACAATGGTCGCGTGATAATCCCCCGCGGCAAGTGAAACGGTCTGTCCACTGCAATGCATATTGGTGATTTGCATACAAGGCACCTTAATTAACGACATACAGCCTCCCGTGAGGCTG‑ATGTCAAACCCAAAAACTGCACCGGACGGTCCCCTCGCCCCTT‑TGGGGAGAGGGTTAGGGAGAGGGGAAAACCCGCACCCTATTTTCAGATCAGTTATTTCGCATTAATATCCAGCAGACCCGCTGCAACCGCTGGAGC > NC_000913/4070266‑4070559 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |