| Predicted mutation | |||||||
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| RA | NC_000913 | 1,457,532 | A→C | 5.0% | V12V (GTA→GTC) | paaF → | 2,3‑dehydroadipyl‑CoA hydratase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,457,532 | 0 | A | C | 5.0% | 394.0 / 5.8 | 116 | V12V (GTA→GTC) | paaF | 2,3‑dehydroadipyl‑CoA hydratase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (57/52); new base C (2/5); total (59/57) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.68e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 118 total aligned reads displayed.
GAAACCAATTACAGTCTGGAACCGGATGAACTGGCCGCAGGTTATGTGTTGAGTTGCCAGGCACTGCCGCTGACCAGCGATGTGGTGGTTGACTTTGACGCGAAGGGGATGGCATGAGCGAACTGATCGTCAGCCGTCAGCAACGAGTATTGTTGCTGACCCTTAACCGTCCCGCCGCACGTAATGCGCTAAATAATGCCCTGCTGATGCAACTGGTAAATGAACTGGAAGCTGCGGCTACCGATACCAGCATTTCGGTCTGTGTGATTACCGGTAATGCACGCTTTTTTGCCGCTGG > NC_000913/1457384‑1457681 | gAAACCAATTACAGTCTGGAACCGGATGAACTGGCCGCAGGTTATGTGTTGAGTTGCCAGGCACTGCCGCTGACCAGCGATGTGGTGGTTGACTTTGACGCGAAGGGGATGGCATGAGCGAACTGATCGTCAGCCGTCAGCAACGAGTAt > 1:2276291/1‑150 (MQ=255) aaCCAATTACAGTCTGGAACCGGATGAACTGGCCGCAGGTTATGTGTTGAGTTGCCAGGCACTGCCGCTGACCAGCGATGTGGTGGTTGACTTTGACGCGAAGGGGATGGCATGAGCGAACTGATCGTCAGCCGTCAGCAACGAGTAttg > 2:781366/1‑150 (MQ=255) aaCCAATTACAGTCTGGAACCGGATGAACTGGCCGCAGGTTATGTGTTGAGTTGCCAGGCACTGCCGCTGACCAGCGATGTGGTGGTTGACTTTGACGCGAAGGGGATGGCATGAGCGAACTGATCGTCAGCCGTCAGCAACGAGTAttg > 2:81158/1‑150 (MQ=255) 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gagcAACGAGTATTGTTGCTGACCCTTAACCGTCCCGCCGCACGTAATGCGCTAAATAATGCCCTTCTGATGCAACTGGTAAATGAACTTGAATCTGCGGCTACCGATACCAGCATTTCGGTCTGTGTGATTACCGGTAATGCACGCttt < 2:1764917/149‑1 (MQ=255) cagcAACGAGTATTGTTGCTGACCCTTAACCGTCCCGCCGCACGTAATGCGCTAAATAATGCCCTGCTGATGCAACTGGTAAATGAACTGGAAGCTGCGGCTACCGATACCAGCATTTCGGTCTGTGTGATTACCGGTAATGCACGCttt < 1:1490472/150‑1 (MQ=255) agcAACGAGTATTGTTGCTGACCCTTAACCGTCCCGCCGCACGTAATGCGCTAAATAATGCCCTGCTGATGCAACTGGTAAATGAACTGGAAGCTGCGGCTACCGATACCAGCATTTCGGTCTGTGTGATTACCGGTAATGCACGCtttt > 1:1118135/1‑150 (MQ=255) agcAACGAGTATTGTTGCTGACCCTTAACCGTCCCGCCGCACGTAATGCGCTAAATAATGCCCTGCTGATGCAACTGGTAAATGAACTGGAAGCTGCGGCTACCGATACCAGCATTTCGGTCTGTGTGATTACCGGTAATGCACGCtttt > 1:74107/1‑150 (MQ=255) gcAACGAGTATTGTTGCTGACCCTTAACCGTCCCGCCGCACGTAATGCGCTAAATAATGCCCTGCTGATGCAACTGGTAAATGAACTGGAAGCTGCGGCTACCGATACCAGCATTTCGGTCTGTGTGATTACCGGTAATGCACGCttttt < 1:1299316/150‑1 (MQ=255) gcAACGAGTATTGTTGCTGACCCTTAACCGTCCCGCCGCACGTAATGCGCTAAATAATGCCCTGCTGATGCAACTGGTAAATGAACTGGAAGCTGCGGCTACCGATACCAGCATTTCGGTCTGTGTGATTACCGGTAATGCACGCttttt < 1:1299297/150‑1 (MQ=255) gcAACGAGTATTGTTGCTGACCCTTAACCGTCCCGCCGCACGTAATGCGCTAAATAATGCCCTGCTGATGCAACTGGTAAATGAACTGGAAGCTGCGGCTACCGATACCAGCAGTTCGGTCTGTGTGATTACCGGTAATGCACGCttttt > 1:1888518/1‑150 (MQ=255) cGAGTATTGTTGCTGACCCTTAACCGTCCCGCCGCACGTAATGCGCTAAATAATGCCCTGCTGATGCAACTGGTAAATGAACTGGAAGCTGCGGCTACCGATACCAGCATTTCGGTCTGTGTGATTACCGGTAATGCACGCTTTTTTGcc < 2:225413/150‑1 (MQ=255) cGAGTATTGTTGCTGACCCTTAACCGTCCCGCCGCACGTAATGCGCTAAATAATGCCCTGCTGATGCAACTGGTAAATGAACTGGAAGCTGCGGCTACCGATACCAGCATTTCGGTCTGTGTGATTACCGGTAATGCACGCTTTTTTGcc < 2:1690647/150‑1 (MQ=255) cGAGTATTGTTGCTGACCCTTAACCGTCCCGCCGCACGTAATGCGCTAAATAATGCCCTGCTGATGCAACTGGTAAATGAACTGGAAGCTGCGGCTACCGATACCAGCATTTCGGTCTGTGTGATTACCGGTAATGCACGCTTTTTTGcc > 2:872029/1‑150 (MQ=255) 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aTTGTTGCTGACCCTTAACCGTCCCGCCGCACGTAATGCGCTAAATAATGCCCTGCTGATGCAACTGGTAAATGAACTGGAAGCTGCGGCTACCGATACCAGCATTTCGGTCTGTGTGATTACCGGTAATGCACGCTTTTTTGCCGCTgg < 1:706781/150‑1 (MQ=255) aTTGTTGCTGACCCTTAACCGTCCCGCCGCACGTAATGCGCTAAATAATGCCCTGCTGATGCAACTGGTAAATGAACTGGAAGCTGCGGCTACCGATACCAGCATTTCGGTCTGTGTGATTACCGGTAATGCACGCTTTTTTGCCGCTgg < 1:706676/150‑1 (MQ=255) | GAAACCAATTACAGTCTGGAACCGGATGAACTGGCCGCAGGTTATGTGTTGAGTTGCCAGGCACTGCCGCTGACCAGCGATGTGGTGGTTGACTTTGACGCGAAGGGGATGGCATGAGCGAACTGATCGTCAGCCGTCAGCAACGAGTATTGTTGCTGACCCTTAACCGTCCCGCCGCACGTAATGCGCTAAATAATGCCCTGCTGATGCAACTGGTAAATGAACTGGAAGCTGCGGCTACCGATACCAGCATTTCGGTCTGTGTGATTACCGGTAATGCACGCTTTTTTGCCGCTGG > NC_000913/1457384‑1457681 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |