| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 2,679,430 | Δ1 bp | 8.6% | intergenic (‑63/+34) | yphF ← / ← yphG | putative sugar ABC transporter periplasmic binding protein/DUF4380 domain‑containing TPR repeat protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,679,430 | 0 | G | . | 8.6% | 363.7 / 27.9 | 116 | intergenic (‑63/+34) | yphF/yphG | putative sugar ABC transporter periplasmic binding protein/DUF4380 domain‑containing TPR repeat protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (51/55); new base . (3/7); total (54/62) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.34e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 2.31e-01 | |||||||||||
Only 100 of 117 total aligned reads displayed.
TTTTCCGCAGCCCTGGCAAATAGTGCGCTACCTAATAGCGTAGCCATTAATAATAGATTACGGGTTGTTCTCATTTTTGTAGGCATAGAGCCTCCTGTAGGG‑TTTTTATTAACAACGGCTTATTCTAATTATTTTGTGATGAGCGGCAGCGCG‑TGCCGCTCAAATATTACAGTTAATAGGGTTTAGTGAACGCGGTTAAAAATAAAAGGCATCACGGTGGTGAATAATGCCGCTTTCGGCCAAGCCGGATTAATCGCCGTCAATTCAGCGCGAGCAGACTCATATTGCGCAACCTC > NC_000913/2679282‑2679577 | ttttCCGAAGCCCTGGCAAATAGAGCGCAACCTAATAGCTTAGCCAATAATAATAGATTTCGGGTTGTTCTCATTTTTGTAGTCATAGAGCCTCCTGTAGGG‑TTTTTATTAACAACGGCTTATTCTAATTATTTTGTGATGAGCGGCAgc < 1:218612/150‑1 (MQ=255) aacGCAGCCCTGGCAAATAGTGCGCGACCTCATAGCGTAGCCATTAAAAATAGATTACGGGTTGATCTCATATTTGTAGGCATAGAGCCTCCTGTAGGG‑TTTTTATTAACAACGGCTTATTCTAATTATTTTGTGATGAGCGGCAGcgcg < 1:292770/148‑1 (MQ=255) ccGCAGCCCTGGCAAATAGTGCGCTACCTAATAGCGTAGCCATTAATAATAGATTACGGGTTGTTCTCATATTTGTAGGCATAGAGCCTCCTGTAGGG‑TTTTTATTAACAACGGCTTATAATAATTATTTTGTCATGAGCGGCAGCGCG‑t > 1:1607573/1‑150 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |