| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,066,319 | Δ1 bp | 5.3% | coding (855/897 nt) | ygfI ← | putative DNA‑binding transcriptional regulator |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,066,319 | 0 | C | . | 5.3% | 403.9 / 16.5 | 131 | coding (855/897 nt) | ygfI | putative DNA‑binding transcriptional regulator |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (64/59); new base . (5/2); total (70/61) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.47e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.55e-02 | |||||||||||
Only 100 of 131 total aligned reads displayed.
CTGCATCGCTATCTGGAAAATGCGCCTGGCGGACATATTCACCACGATCTTAGCCACGTCTTCGACTTACACCGTAATTTAATTGCAACCGGCTCGATGCTGGGTTAATGACTCGTCCCGTCACGAT‑CTTCAGCAATATGCTGAAGCATCGTGGCGGTATAACGATGATTTCTGATTGAATAAAGATATTCCTGCATATACATCGGCCTGTGCGGTGCATCAAAATATTTCAGCGTTGCCGGATTCACCAGTCGCCAGGCAAAATGCGGGATCACCGTCAGAAAATGTCCGCGC > NC_000913/3066173‑3066466 | cTGCATCGCTATCTGGAAAATGCGCCTGGCGGACATATTCACCACGATCTTAGCCACGTCTTCGACTTACACCGTAATTTAATTGCAACCGGCTCGATGCTGGGTTAATGACTCGTCCCGTCACGAT‑CTTCAGCAATATGCTGAAGCATc < 2:334099/150‑1 (MQ=255) tGCATCGCTATCTGGAAAATGCGCCTTGCGGACATATTCACCACGATCTTAGCCACGTCTTCGACTTACACCGTAATTTAATTGCAACCGGCTCGATGCTGGGTTAATGACTCGTCCCGTCACGAT‑CTTCAGCAATATGCTGAAGCATCg < 1:393161/150‑1 (MQ=255) tGCATCGCTATCTGGAAAATGCGCCTGGCGGACATATTCACCACGATCTTAGCCACGTCTTCGACTTACACCGTAATTTAATTGCAACCGGCTCGATGCTGGGTTAATGACTCGTCCCGTCACGAT‑CTTCAGCAATATGCTGAAGCATCg > 1:1597084/1‑150 (MQ=255) 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acgatgcTTCAGCATATTGCTGAAG‑ATCGTGGCGGTATAACGATGATTTCTGATTGAATAAAGATATTCCTGCATATACATCGGCCTGTGCGGTGCATCAAAATATTTAAGCGTTGCCGGATTCACCAGTCGCCAGGCAAAATGCGGGAt > 2:672685/7‑150 (MQ=255) cgatgcTTCAGCATATTGCTGAAG‑ATCGTGGCGGTATAACGATGATTTCTGATTGAATAAAGATATTCCTGCATATACATCGGCCTGTGCGGTGCATCAAAATATTTCAGCGTTGCCGGATTCACCAGTCGCCAGGCAAAATGCGGGATc > 2:1426134/6‑150 (MQ=255) cgatgcTTCAGCATATTGCTGAAG‑ATCGTGACGGTATAACGATGATTTCTGATTGAATAAAGATATTCCTGCATATACATCGGCCTGTGCGGTGCATCAAAATATTTCAGCGTTGCCGGATTCACCAGTCGCCAGGCAAAATGCGGGATc > 1:338818/6‑150 (MQ=255) cGAT‑CTTCAGCAATATGCTGAAGCATCGTGGCGGTATAACGATGATTTCTGATTGAATAAAGATATTCCTGCATATACATCGGCCTGTGCGGTGCATCAAAATATTTCAGCGTTGCCGGATTCACCAGTCGCCAGGCAAAATGCGGGATc < 2:1161971/150‑1 (MQ=255) gatgcTTCAGCATATTGCTGAAG‑ATCGTGACGGTATAACGATGATTTCTGATTGAATAAAGATATTCCTGCATATACATCGGCCTGTGCGGTGCATCAAAATATTTCAGCGTTGCCGGATTCACCAGTCGCCCGGCAAAATGCGGGATCa > 2:475903/5‑150 (MQ=255) aT‑CTTCAGCAATATGATGAAGCATAGTGGCGGTATAACGATGATTTCTGATTGAATAAAGATATTACTGCATATACATCGGCATGTGCGGTGAATCAAAATATTTCAGCGTTGCCGGATTCAACAGTCGCCAGCCAAAATGAGGGATCAc > 1:772389/1‑150 (MQ=255) cTTCAGCATATTGCTGAAGCATCGTGGCGGTATAACGATGATTTCTGATTGAATAAAGATATTCCTGCATATACATCTGCCTGTGCGGTGCATCAAAATATTTCAGCGTTGCCGGATTCACAAGTCGCCAGGCAAAATGCGGGATCACCg > 1:884583/1‑150 (MQ=255) tCAGCAATATGCTGAAGCATCGTGGCGGTATAACGATGATTTCTGATTGAATAAAGATATTCCTGCATATACATCGGCCTGTGCGGTGCATCAAAATATTTCAGCGTTGCCGGATTCACCAGTCGCCAGGCAAAATGCGGGATCACCGTc < 1:984260/150‑1 (MQ=255) cAGCAATATGCTGAAGCATCGTGGCGGTATAACGATGATTTCTGATTGAATAAAGATATTCCTGCATATACATCGGCCTGTGCGGTGCATCAAAATATTTCAGCGTTGACGGATTCACCAGTCGCCAGCCAAAATGCGGGATCACCGTCa > 1:142016/1‑150 (MQ=255) aaGCAATATGCTGAAGCATCGTGGCGGTATAACGATGATTTCTGATTGAATAAAGATATTCCTGCATATACATCGGCCTGTGCGGTGCATCAAAATATTTCAGCGTTGCCGGATTCACCAGTCGCCAGGCAAAATGCGGGATCACCGTCa < 1:981439/149‑1 (MQ=255) 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aGCATCGTGGCGGTATAACGATGATTTCTGATTGAATAAAGATATTCCTGCATATACATCGGCCTGTGCGGTGCATCAAAATATTTCAGCGTTGCCGGATTCACCAGTCGCCAGGCAAAATGCGGGATCACCGTCAGAAAATGTCCgcgc > 1:1510807/1‑150 (MQ=255) aGCATCGTGGCGGTATAACGATGATTTCTGATTGAATAAAGATATTCCTGCATATACATCGGCCTGTGCGGTGCATCAAAATATTTCAGCGTTGCCGGATTCACCAGTCGCCAGGCAAAATGCGGGATCACCGTCAGAAAATGTCCgcgc > 2:435245/1‑150 (MQ=255) | CTGCATCGCTATCTGGAAAATGCGCCTGGCGGACATATTCACCACGATCTTAGCCACGTCTTCGACTTACACCGTAATTTAATTGCAACCGGCTCGATGCTGGGTTAATGACTCGTCCCGTCACGAT‑CTTCAGCAATATGCTGAAGCATCGTGGCGGTATAACGATGATTTCTGATTGAATAAAGATATTCCTGCATATACATCGGCCTGTGCGGTGCATCAAAATATTTCAGCGTTGCCGGATTCACCAGTCGCCAGGCAAAATGCGGGATCACCGTCAGAAAATGTCCGCGC > NC_000913/3066173‑3066466 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |