| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,194,657 | Δ1 bp | 8.3% | coding (295/654 nt) | rluE ← | 23S rRNA pseudouridine(2457) synthase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,194,657 | 0 | T | . | 8.3% | 350.6 / 25.6 | 120 | coding (295/654 nt) | rluE | 23S rRNA pseudouridine(2457) synthase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (59/49); new base . (4/6); total (63/57) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.11e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 2.00e-01 | |||||||||||
Only 100 of 127 total aligned reads displayed.
CGCGGGTTCGTCAACCAGCTCCGCGCCGGCGGGCAGGGTAGGGCCATCATTTAAGGTTACGCCATTGCGCAAGGCTTCAAGTGCGTCTTGTGTGGGAATACCTTCCACCTGCACATAATAGATTTTTCCGGTGCGTTT‑ACCCGGCTGGGTTAAACGCGCCTGCAACGCGCCGTTATTGGTCAGCACCAGCAACCCTTCGCTATCGCGGTCAAGGCGACCTGCTGCATAAACACCCTGAACCGGGATGAATTCTTTTAATGTTTTGCGTCCGGCTTCATCGGTGAACTGCGGAAGAACAT > NC_000913/1194508‑1194806 | cgcgGGTTCGTCAACCAGCTCCGCGCCGGCGGGCAGGGTAGGGCCATCATTTAAGGTTACGCCATTGCGCAAGGCTTCAAGTGCGTCTTGTGTGGGAATACCTTCCACCTGCACATAATAGATTTTTCCGGTGCGTTT‑ACCCGGCTGGGt < 1:1412003/150‑1 (MQ=255)cgcgGGTTCGTCAACCAGCTCCGCGCCGGCGGGCAGGGTAGGGCCATCATTTAAGGTTACGCCATTGCGCAAGGCTTCAAGTGCGTCTTGTGGGGGAATACCTTCCACCTGCACATAATAGATTTTTCCGGTGCGTTT‑ACCCGGCTGGGt < 1:834942/150‑1 (MQ=255)cgcgGGTTCGGCAACCAGCTCCGCGCCGGCGGGCAGGGTAGGGCCATCATTTAAGGTTACGCCATTGCGCAAGGCTTCAAGTGCGTCTTGTGTGGGAATACCTTCCACCTGCACATAATAGATTTTTCCGGTGCGTTT‑ACTCGGCTGGGt < 2:375696/150‑1 (MQ=255) 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cGGTGCGTTT‑ACCCGGCTGGGTTAAACGCGCCTGCAACGCGCCGTTATTGGTCAGCACCAGCAACCCTTCGCTATCGCGGTCAAGGCGACCTGCTGCATAAACACCCTGAACCGGGATGAATTCTTTTAATGTTTTGCGTCCGGCTTCAt > 1:1403728/1‑150 (MQ=255) ggTGCGTTT‑ACCCGGCTGGGTTAAACGCGCCTGCAACGCGCCGTTATTGGTCAGCACCAGCAACCCTTCGCTATCGCGGTCAAGGCGACCTGCTGCATAAACACCCTGAACCGGGATGAATTCTTTTAATGTTTTGCGTCCGGCTTCATc < 1:328800/150‑1 (MQ=255) ggTGCGTTT‑ACCCGGCTGGGTTAAACGCGCCTGCAACGCGCCGTTATTGGTCAGCACCAGCAACCCTTCGCTATCGCGGTCAAGGCGACCTGCTGCATAAACACCCTGAACCGGGATGAATTCTTTTAATGTTTTGCGTCCGGCTTCATc > 1:496960/1‑150 (MQ=255) ggTGCGATT‑ACCCGGCTCGGTTAAACGAGCCTGCAACGCGCCGTTATTGGTCAGCACCACCAACCCTACGCAAACGCGGTCAAGGCGACCAGCTGCATAAACACCCAGAACCCGGATGAATTCTTTTAATGTATTGCGTCCGGCTTCATc > 2:48865/1‑150 (MQ=255) tGCGTTT‑ACCCGGCTGGGTTAAACGCGCCTGCAACGCGCCGTTATTGGGCAGCACCAGCAACCCTTCGCTATCGCGGTCAAGGCGACCTGCTGCATAAACACCCTGAACCGGGATGAATTCTTTTAATGTTTTGCGTCCGGCTGCATCgg < 2:221721/150‑1 (MQ=255) 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ggTTAAACGCGCCTGCAACGCGCCGTTATTGGTCAGCACCAGCAACCCTTCGCAATCCCGGTCAAGGCGACATCCTGCATAAACACCCTGAACCGGGATGAATTCTTTTAATGTTTTGCGACCGGCTTCATCGGTGAACTGAGTAAGAAc > 2:403068/1‑150 (MQ=255) ttAAACGCGCCTGCAACGCGCCGTTATTGTTCAGCAACAGCAACCCTTCGCTATCGCGGTCAAGGCGACCTGCTGCATAAACAACCTGAACCGCGATGACTTCTTTTAATGTTTTGCGTCAGGCTACATCGGTGAACTGCGGAAGAACAt > 2:732006/1‑150 (MQ=255) | CGCGGGTTCGTCAACCAGCTCCGCGCCGGCGGGCAGGGTAGGGCCATCATTTAAGGTTACGCCATTGCGCAAGGCTTCAAGTGCGTCTTGTGTGGGAATACCTTCCACCTGCACATAATAGATTTTTCCGGTGCGTTT‑ACCCGGCTGGGTTAAACGCGCCTGCAACGCGCCGTTATTGGTCAGCACCAGCAACCCTTCGCTATCGCGGTCAAGGCGACCTGCTGCATAAACACCCTGAACCGGGATGAATTCTTTTAATGTTTTGCGTCCGGCTTCATCGGTGAACTGCGGAAGAACAT > NC_000913/1194508‑1194806 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |