| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,625,304 | Δ1 bp | 7.3% | intergenic (+13/+31) | ydeJ → / ← dcp | inactive PncC family protein/dipeptidyl carboxypeptidase II |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,625,304 | 0 | G | . | 7.3% | 298.9 / 17.1 | 96 | intergenic (+13/+31) | ydeJ/dcp | inactive PncC family protein/dipeptidyl carboxypeptidase II |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (40/49); new base . (3/4); total (43/53) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.10e-01 | |||||||||||
Only 100 of 105 total aligned reads displayed.
CGGGTACCGTCTGGTTTGCGTGGCATATTAAAGGCCAGAACTACACTGCGGTTATGCATTTTGCTGGCGACTGCGAAACGGTATTAGCTTTAGCGGTGAGGTTTGCCCTCGCCCAGCTGCTGCAATTACTGCTATAACCAGGCTGGCCTGGCGATATC‑T‑CAGGCCAGCCATTGGTGGTGTTTATATGTTCAAGCCACGATGTTGCAGCATCGGCATAATCTTAGGTGCCTTACCGCGCCATTGTCGATACAGGCGTTCCAGATCTTCGCTGTTACCTCTGGAAAGGATCGCCTCGCGAA > NC_000913/1625155‑1625453 | cGGGTACCGGCTGGTTTGCGTGGCATATTAAAGGCCAGAACTACACTGCGGTTATGCATTTTGCTGGCGACTGCGAAACGGTATTAGCTTTAGCGGTGAGGTTTGCCCTCGCCCAGCTGCTGCAATTACTGCTATAACCAGGctggcctg < 1:356729/150‑1 (MQ=255) gTACCGTCTGGTTTGCGTGGCATATTCAAGGCCACACCTCCACTGCGGTTATGCAGTTTGCTGGCGACTGCGAACCGGTAGTAGCTTACGCGGTGAGGCTTGCCCTCGCCCAGCTGCTGCAATTACTGCTATAACCAGGCTGGCCTGGCg < 2:349109/150‑1 (MQ=255) gTACCGTCTGGTTTGCGTGGCATATTAAAGGCCAGAACTACACTGCGGTTATGCATTTTGCTGGCGACTGCGAAACGGTATTAGCTTTAGCGGTGAGGTTTGCCCTCGCCCAGCTGCTGCAATTACTGCTATAACCAGGctggcctgaga < 2:193505/150‑4 (MQ=255) 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ggTTTGCGTGGCATATTAAAGGCCAGAACTACACTGCGGTTATGCATTTTGCTGGCGACTGCGAAACGGTATTAGCTTTAGCGGTGAGGTTTGCCCTCGCCCAGCTGCTGCAATTACTGCTATAACCAGGCTGGCCTGGCGATATC‑T‑CAg > 2:1019796/1‑150 (MQ=255) ggTTTGCGTGGCATATTAAAGGCCAGAACTACACTGCGGTTATGCATTTTGCTGGCGACTGCGAAACGGTATTAGCTTTAGCGGTGAGGTTTGCCCTCGCCCAGCTGCTGCAATTACTGCTATAACCAGGCTGGCCTGGCGATATC‑T‑CAg > 2:1165453/1‑150 (MQ=255) tttGCGTGGCATATTAAAGGCCAGAACTACACTGCGGTTATGCATTTTGCTGGCGACTGCGAAACGGTATTAGCTTTAGCGGTGAGGTTTGCCCTCGCCCAGCTGCTGCAATTACTGCTATAACCAGGCTGGCCTGGCGATATC‑T‑CAGgc < 2:810613/150‑1 (MQ=255) gCGTGGCATATTAAAGGCCAGAACTACACTGCGGTTATGCATTTTGCTGGCGACTGCGAAACGGTATTAGCTTTAGCGGTGAGGTTTGACCTCGCCCAGCTGCTGCAATTACTGCTATAACCAGGCTGGCCT‑GAGATATCGc‑caggccag < 1:122446/150‑1 (MQ=255) gtttcATATATAAGGCCAGATCTACACTGCGGTTATGCATTTTGCTGGCGACTGCGATACGGTATTAGCTTTAGCGGTGAGGTTTGCCCTCGCCCAGCTGCTGCAATTACTGCTATAACCAGGCTGGCCT‑GAGATATCGC‑CAGgccagcc < 1:146488/146‑1 (MQ=255) 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atatTAAAGGCCAGAACTACACTGCGGTTATGCATTTTGCTGGCGACTGCGAAACGGTATTAGCTTTAGCGGTGAGGTTTGCCCTCGCCCAGCTGCTGCAATTACTGCTATAACCAGGCTGGCCTGGCGATATC‑T‑CAGGCCAGCCATtgg > 1:1525464/1‑150 (MQ=255) atatTAAAGGCCAGAACTACACTGCGGGTAGGCATTTTGCTGCCGACTGCGAAACGGTCTTAGCTTTAGCGGCGAGGTTTGCCCTCGCCCAGCTGCTGCAATTACTGCTATAACCAGGCTGGCCTGGCGATATC‑T‑CAGGCCAGCCATtgg < 2:1638979/150‑1 (MQ=255) atTAAAGGCCAGAACTACACTGCGGTTATGCATTTTGCTGGCGACTGCGAAACGGTATTAGCTTTAGCGGTGAGGTTTGCCCTCGCCCAGCTGCTGCAATTACTGCTATAACCAGGCTGGCCTGGCGATATC‑T‑CAGGCCAGCCATtggtg < 2:1182006/150‑1 (MQ=255) ttAAAGGCCAGAACTACACTGCGGTTATGCATTTTGCTGGCGACTGCGAAACGGTATTAGCTTTAGCGGTGAGGTTTGCCCTCGCCCAGCTGCTGCAATTACTGCTATAACCAGGCTGGCCTGGCGATATC‑T‑CAGGCCAGCCATtggtgg < 2:1064100/150‑1 (MQ=255) aaaGGCCAGAACTACACTGCGGTTATGCATTTTGCTGTCGACTGCGAAACGGTATTAGCTTTAGCGGTGAGGTTTGCCCTCGCCCAGCGGCTGCAATTACTGCTATATCACGGATGGCCTGGCGATATC‑T‑CAGGCCAGCCATTGgtggtg > 2:73358/1‑150 (MQ=255) aaaGGCCAGAACTACACTGCGGTTATGCATTTTGCTGGCGACTGCGAAACGGTATTAGCTTTAGCGGTGAGGTTTGCCCTCGCCCAGCTGCTGCAATTACTGCTATAACCAGTCTGGCCTGGCGATATC‑T‑CAGGCCAGCCATTggtggtt > 2:1579414/1‑149 (MQ=255) aaaGGCCAGAACTACACTGCGGTTATGCATTTTGCTGGCGACTGCGAAACGGTATTAGCTTTAGCGGTGAGGTTTGCCCTCGCCCAGCTGCTGCAATTACTGCTATAACCAGGCTGGCCTGGCGATATC‑T‑CAGGCCAGCCATTGgtggtg > 2:1411348/1‑150 (MQ=255) aaGGCCAGAACTACACTGCGGTTATGCATTTTGCTGGCGACTGCGAAACGGTATTAGCTTTAGTGTTTTTTTTTTATCTCGCCGAGCTGATGGATTTATTGATATAAAATGGCTGGCCTGGCGATATC‑T‑CAGGCCAGCCATTGGTGgtgt < 2:445778/150‑1 (MQ=255) aGGCCAGAACTACACTGCGGTTATGCATGTTGCTGGCGACTGCGAAACGGTATTAGCGTTAGCGGTGAGGTTTGCCCTCGCCCAGCTGCGGCAATTACTGCTATAACCAGGCGGGCCTGGCGATATC‑T‑CCGGCCAGCCATTGGTGGTGtt < 2:1624408/150‑1 (MQ=255) ggCCAGATCTACACTGCGGTTATGCATTTTGCTGGCGACTGCGAAACGGTATTAGCTTTAGCGGTGAGGTTTGCCCTCGCCCAGCTGCTGCAATTACTGCTATAACCAGGCTGGCCTGGCGATATC‑T‑CAGGCCAGCCATTGGTGGTGttt < 2:1162863/150‑1 (MQ=255) gCCAGAACTACACTGCGGTTATGCATTTTGCTGGCGACTGCGAAACGGTATTAGCTTTAGCGGTGAGGTTTGCCCTCGCCCAGCTGCTGCAATTACTGCTATAACCAGGCTGGCCTGGCGATATC‑T‑CAGGCCAGCCATTGGTGGTGTTta > 2:1546687/1‑150 (MQ=255) ccAGAACTACACTGCGGTTATGCATTTTGCTGGCGACTGCGAAACGGTATTAGCTTTAGCGGTGAGGTTTGCCCTCGCCCAGCTGCTGCAATTACTGCTATAACCAGGCTGGCCTGGCGATATC‑T‑CAGGCCAGCCATTGGTGGGGTTtat > 2:847168/1‑150 (MQ=255) gatcTACACTGCGGTTATGCATTTTGCTGGCGACTGCGAAACGGTATTAGCTTTAGCGGTGAGGTTTGCCCTCGCCCAGCTGCTGCAATTACTGCTATAACCAGGCTGGCCTGGCGATATC‑T‑CAGGCCAGCCATTGGTGGTGTTTATATg < 1:958219/147‑1 (MQ=255) cTACACTGCGGTTATGCATTTTGCTGGCGACTGCGAAACGGTATTAGCTTTAGCGGTGAGGTTTGCCCTCGCCCAGCTGCTGCAATTACTGCTATAACCAGGCTGGCCTGGCGATATC‑T‑CAGGCCAGCCATTGGTGGTGTTTATATGtta > 1:996121/1‑149 (MQ=255) cTACACTGCGGTTATGCATTTTGCTGGCGACTGCGAAACGGTATTAGCTTTAGCGGTGAGGTTTGCCCTCGCCCAGCTGCTGCAATTACTGCTATAACCAGGCTGGCCTGGCGATATC‑T‑CAGGCCAGCCATTGGTGGTGTTTATATGTTc < 2:1514993/150‑1 (MQ=255) 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tataACCAGGCTGGCCTGGCGATATC‑T‑CAGGCCAGCCATTGGTGGTGTTTATATGTTCAAGCCACGATGTTGCAGCATCGGCATAATCTTAGGTGCCTTACCGCGCCATTGTCGATACAGGCGTTCCAGATCTTCGCTGTTACCTCTGGa > 1:1666893/1‑150 (MQ=255) tataACCAGGCTGGCCTGGCGATATC‑T‑CAGGCCAGCCATTGGTGGTGTTTATATCTTCAAGCCACGATGTTGCAGCATCGGCATAATCTTAGGTGCCTTACCGCGCCATTGTCGATACAGGCGTTCCAGATCTTCTCTGTTACCTCTGGa > 2:741243/1‑150 (MQ=255) taACCAGGCTGGCCTGGCGATATC‑T‑CAGGCCAGCCATTGGTTGTGTTTATATGTTCAAGCCACGATGTTGCAGCATCGGCATAATCTTAGGTGCCTTACCGCGCCATTGTCGATACAGGCGTTCCAGATCTTCGCTGTTACCTCTGGaaa < 1:1455404/150‑1 (MQ=255) taACCAGGCTGGCCTGGCGATATC‑T‑CAGGCCAGCCATTGGTGGTGTTTATATGTTCAAGCCACGATGTTGCAGCATCGGCATAATCTTAGGTGCCTTACCGCGCCATTGTCGATACAGGCGTTCCAGATCTTCGCTGTTACCTCTGGaaa < 1:1474485/150‑1 (MQ=255) aCCAGGCTGGCCTGGCGATATC‑T‑CAGGCCAGCCATTGGTGGTGTTTATATGTTCAATCCACGATGTTGCAGCATCGGCATAATCTTAGGTGCCTTACCGCGCCATTGTCGATACAGGCGTTCCAGATCTTCGCTGTTACCTCTGGAAAgg < 2:907637/150‑1 (MQ=255) aatggCTGGCCT‑GAGATATCGC‑CAGGCCAGCCATTGGTGGTGTTTATATGTTCAAGCCACGATGTTGCAGCATCGGCATAATCTTAGGTGCCTTACCGCGCCATTGTCGATACAGGCGTTCCAGATCTTCGCTGTTACCTCTGGAAAGGa > 2:242814/4‑150 (MQ=255) aatggCTGGCCT‑GAGATATCGC‑CAGGCCAGCCATTGGTGGTGTTTATATGTTCAAGCCACGATGTTGCAGCATCGGCATAATCTTAGGTGCCTTACCGCGCCATTGTCGATACAGGCGTTCCAGATCTTCGCTGTTACCTCTGGAAAGGa > 2:756524/4‑150 (MQ=255) cAGGCTGGCCTGGCGATATC‑T‑CAGGCCAGCCATTGGTGGTGTTTATATGTTCAAGCCACGATGTTGCAGCATCGGCATAATCTTAGGTGCCTTACCGCGCCATTGTCGATACAGGCGTTCCAAATCGTCGCTGTTACCTCTGGAAAGGAt > 2:668967/1‑150 (MQ=255) aGGCTGGCCTGGCGATATC‑T‑CAGGCCAGCCATTGGTGGTGTTTATATGTTCAAGCCACGATGTTGCAGCATCGGCATAATCTTAGGTGCCTTACCGCGCCATTGTCGATACAGGCGTTCCAGATCTTCGCTGTTACCTCTGGAAAGGATc < 2:668348/150‑1 (MQ=255) aGGCTGGCCTGGCGATATC‑T‑CAGGCCAGCCATTGGTGGTGTTTATATGTTCAAGCCACGATGTTGCAGCATCGGCATAATCTTAGGTGCCTTACCGCGCCATTGTCGATACAGGCGTTCCAGATCTTCGCTGTTACCTCTGGAAAGGATc < 1:1546687/150‑1 (MQ=255) ggCTGGCCT‑GAGATATCGC‑CAGGCCAGCCATTGGTGGTGTTTATATGTTCAAGCCACGATGTTGCAGCATCGGCATAATCTTAGGTGCCTTACCGCGCCATTGTCGATACAGGCGTTCCAGATCTTCGCTGTTACCTCTGGAAAGGATCg > 2:145453/1‑150 (MQ=255) ctggcctggcGATATC‑T‑CAGGCCAGCCATTGGTGGTGTTTATATGTTCAAGCCACGATGTTGCAGCATCGGCATAATCTTAGGTGCCTTACCGCGCCATTGTCGATACAGGCGTTCCAGATCTTCGCTGTTACCTCTGGAAAGGATCGcc > 1:1414415/1‑150 (MQ=255) ctggcctggcGATATC‑T‑CAGGCCAGCCATTGGTGGTGTTTATATGTTCAAGCCACGATGTTGCAGCATCGGCATAATCTTAGGTGCCTTACCGCGCCATTGTCGATACAGGCGTTCCAGATCTTCGCTGTTACCTCTGGAAAGGATCGcc < 1:937437/150‑1 (MQ=255) ctggcct‑gagATATC‑GCCAGGCCAGCCATTGGTGGTGTTTATATGTTCAAGCCACGATGTTGCAGCGTCGGCGTAATCTTAGGTGCCTTACCGCTCCATTGTCGATACAGGCGTTCCTTATCGGCGCTGTTTGCTCTGGAAAGGATAGcc > 2:297071/1‑150 (MQ=255) tggcctggcGATATC‑T‑CAGGCCAGCCATTGGTGGTGTTTATATGTTCAAGCCACGATGTTGCAGCATCGGCATAATCTTAGGTGCCTTACCGCGCCATTGTCGATACAGGCGTTCCAGATCTTCGCTGTTACCTCTGGAAAGGATCGCCt > 2:442071/1‑150 (MQ=255) cctggcGATATC‑T‑CAGGCCAGCCATTGGTGGTGTTTATATGTTCAAGCCACGATGTTGCAGCATCGGCATAATCTTAGGTGCCTTACCGCGCCATTGTCGATACAGGCGTTCCAGATCTTCGCTGTTACCTCTGGAAAGGATCGCCTcgc > 1:998738/1‑150 (MQ=255) ggcGATATC‑T‑CAGGCCAGCCATTGGTGGTGTTTATATGTTCAAGCCACGATGTTGCAGCATCGGCATAATCTTAGGTGCCTTACCGCGCCATTGTCGATACAGGCGTTCCAGATCTTCGCTGTTACCTCTGGAAAGGATCGCCTCGCGaa > 1:1504184/1‑150 (MQ=255) | CGGGTACCGTCTGGTTTGCGTGGCATATTAAAGGCCAGAACTACACTGCGGTTATGCATTTTGCTGGCGACTGCGAAACGGTATTAGCTTTAGCGGTGAGGTTTGCCCTCGCCCAGCTGCTGCAATTACTGCTATAACCAGGCTGGCCTGGCGATATC‑T‑CAGGCCAGCCATTGGTGGTGTTTATATGTTCAAGCCACGATGTTGCAGCATCGGCATAATCTTAGGTGCCTTACCGCGCCATTGTCGATACAGGCGTTCCAGATCTTCGCTGTTACCTCTGGAAAGGATCGCCTCGCGAA > NC_000913/1625155‑1625453 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |