| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 1,901,029 | Δ1 bp | 6.2% | coding (557/1557 nt) | yoaE ← | putative membrane protein/conserved protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,901,029 | 0 | A | . | 6.2% | 281.2 / 12.4 | 97 | coding (557/1557 nt) | yoaE | putative membrane protein/conserved protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (54/36); new base . (2/4); total (57/40) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.31e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.15e-01 | |||||||||||
AAAGTTGCGACGCGCAATCTGGTTAAACACTTCGATGATGATCGAGAAGCCAATCGCGGCATACAGGTAACCTTTCGGAATGTGGAAACCGAAACCTTCTGCCACCAGACTCAGACCAATCATTAACAGGAAGCTCAGACAGAGCACCACCACCGTGG‑GGTGCTGGTTAACGAATCGCGTCAGCGGTTTGGATGCCAGCAACATAACCGCCATCGCAATCACTACCGCCGCCATCATCACCGGCAGATGGTTAACCATCCCTACTGCAGTAATTACCGCATCCAACGAGAAGACGG > NC_000913/1900881‑1901176 | aaaGTTGCGACGCGCAATCTGGTTAAACACTTCGATGATGATCGAGAAGCCAATCGCGGCATACAGGTAACCTTTCGGAATGTGGAAACCGAAACCTTCTGCCACCAGACTCAGACCAATCATTAACAGGAAGCTCAGACAGAGcaccac > 2:1226017/1‑150 (MQ=255) gTTGCGACGCGCAATCTGGTTAAACACTTCGATGATGATCGAGAAGCCAATCGCGGCATACAGGTAACCTTTCGGAATGTGGAAACCGAAACCTTCTGCCACCAGACTCAGACCAATCATTAACAGGAAGCTCAGACAGAGcaccaccac > 2:1620165/1‑150 (MQ=255) cGACGCGAAATCTGGTTAAACACTTCGATGATGATCTAGAAGCAAATCGCGGGATACAGGTAAGCTTTAGGAATGTGGAAACCGAAACCTTCTGGCCCCAGACTCAGACCAATCAATAACAGGTAGCTCAGACAGAGGACCACCACCGTg < 1:84699/150‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |