| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 2,325,042 | Δ1 bp | 5.9% | coding (287/1323 nt) | atoE → | short chain fatty acid transporter |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,325,042 | 0 | A | . | 5.9% | 255.9 / 9.3 | 85 | coding (287/1323 nt) | atoE | short chain fatty acid transporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (47/33); new base . (3/2); total (50/35) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.18e-01 | |||||||||||
GTGAAAATGTGGGGTGACGGTTTCTGGAACTTGCTGGCGTTTGGTATGCAGATGGCGCTTATCATCGTTACCGGTCATGCCCTTGCCAGCTCTGCTCCGGTGAAAAGTTTGCTGCGTACTGCCGCCTCCGCCGCAAAGACGCCC‑GTACAGGGCGTCATGCTGGTCACTTTCTTCGGTTCAGTCGCTTGTGTCATCAACTGGGGATTTGGTTTGGTTGTCGGCGCAATGTTTGCCCGTGAAGTCGCCCGGCGAGTCCCCGGTTCTGATTATCCGTTGCTCATTGCCTGCGCC > NC_000913/2324894‑2325184 | gTGAAAATGTGGGGTGACGGTTGCTGGAACTTGCTGGCGTTTGGTATGCAGATGGCGCTTATCATCGTTACCGGTCATGCCCTTGCCAGCTCTGCTCCGGTGAAAAGTTTGCTGCGTACTGCCGCCTCCGCCGCAAAGACGCCC‑GTACAg < 1:296144/150‑1 (MQ=255) tgtgGGGTGACGGTTTCTGGAACTTGCTGGCGTTTGGTATGCAGATGGCGCTTATCATCGTTACCGGTCATGCCCTTGCCAGCTCTGCTCCGGTGAAAAGTTTGCTGCGTACTGCCGCCTCCGCCGCAAAGACGCCC‑GTACAGGGCGTCa < 1:467334/150‑1 (MQ=255) tgGGGTGACGGTTTCTGGAACTTGCTGGCGTTTGGTATGCAGATGGCGCTTATCATCGTTACCGGTCATGCCCTTGCCAGCTCTGCTCCGGTGAAAAGTTTGCTGCGTACTGCCGCCTCCGCCGCAAAGACGCCCTGTAC‑GGGCGTcttt < 2:668596/150‑4 (MQ=255) gggTGACGGTTTCTGGAACTTGCTGGCGTTTGGTATGCAGATGGCGCTTATCATCGTTACCGGTCATGCCCTTGCCAGCTCTGCTCCGGTGAAAAGTTTGCTGCGTACTGCCGCCTCCGCCGCAAAGACGCCCTGTAC‑GGGCGTctttgc < 2:1093637/150‑6 (MQ=255) gTGACGGTTTCTGGAACTTGCTGGCGTTTGGTATGCAGATGGCGCTTATCATCGTTACCGGTCATGCCCTTGCCAGCTCTGCTCCGGTGAAAAGTTTGCTGCGTACTGCCGCCTCCGCCGCAAAGACGCCC‑GTACAGGGCGTCATGCTgg > 2:1302464/1‑150 (MQ=255) gACGGTTTCTGGAACTTGCTGGCGTTTGGTATGCAGATGGCGCTTATCATCGTTACCGGTCATGCCCTTGCCAGCTCTGCTCCGGTGAAAAGTTTGCTGCGTACTGCCGCCTCCGCCGCAAAGACGCCC‑GTACAGGGCGTCATGCTGGTc > 1:573668/1‑150 (MQ=255) ggTTTCTGGAACTTGCTGGCGTTTGGTATGCAGATGGCGCTTATCATCGTTACCGGTCATGCCCTTGCCAGCTCTGCTCCGGTGAAAAGTTTGCTGCGTACTGCCGCCTCCGTCGCAAAGACGCCC‑GTACAGGGCGTCATGCTGGTCACt > 1:1505992/1‑150 (MQ=255) ggTTTCTGGAACTTGCTGGCGTTTGGTATGCAGATGGCGCTTATCATCGTTACCGGTCATGCCCTTGCCAGCTCTGCTCCGGTGAAAAGTTTGCTGCGTACTGCCGCCTCCGCCGCAAAGACGCCC‑GTACAGGGCGTCATGCTGGTCACt > 1:517176/1‑150 (MQ=255) tGGAACTTGCTGGCGTTTGGTATGCAGATGGCGCTTATCATCGTTACCGGTCATGCCCTTGCCAGCTCTGCTCCGGTGAAAAGTTTGCTGCGTACTGCCGCCTCCGCCGCAAAGACGCCC‑GTACAGGGCGTCATGCTGGTCACTttcttc < 2:1695509/150‑1 (MQ=255) tGGAACTTGCTGGCGTTTGGTATGCAGATGGCGCTTATCATCGTTACCGGTCATGCCCTTGCCAGCTCTGCTCCGGTGAAAAGTTTGCTGCGTACTGCCGCCTCCGCCGCAAAGACGCCC‑GTACAGGGCGTCATGCTGGTCACTttcttc < 1:974398/150‑1 (MQ=255) ggAACTTGCTGGCGTTTGGTATGCAGATGGCGCTTATCATCGTTACCGGTCATGCCCTTGCCAGCTCTGCTCCGGTGAAAAGTTTGCTGCGTACTGCCGCCTCCGCAGCAAAGACGCCC‑GTACAGGGCGTCATGCTGGTCACTTTCTTCg > 1:336056/1‑150 (MQ=255) cTTGCTGGCGTTTGGTATGCAGATGGCGCTTATCATCGTTACCGGTCATGCCCTTGCCAGCTCTGCTCCGGTGAAAAGTTTGCTGCGTACTGCCGCCTCCGCCGCAAAGACGCCC‑GTACAGGGCGTCATGCTGGTCACTTTCTTCGGTTc < 1:996634/150‑1 (MQ=255) cTTGCTGGCGTTTGGTATGCAGATGGCGCTTATCATCGTTACCGGTCATGCCCTTGCCAGCTCTGCTCCGGTGAAAAGTTTGCTGCGTACTGCCGCCTCCGCCGCAAAGACGCCC‑GTACAGGGCGTCATGCTGGTCACTTTCTTCGGTTc < 1:410159/150‑1 (MQ=255) gCTGGCGTTTGGTATGCAGATGGCGCTTATCATCGTTACCGGTCATGCCCTTGCCAGCTCTGCTCCGGTGAAAAGTTTGCTGCGTACTGCCGCCTCCGCCGCAAAGACGCCC‑GTACAGGGCGTCATGCTGGTCACTTTCTTCGGTTCAGt < 1:67319/150‑1 (MQ=255) ggCGTTTGGTATGCAGATGGCGCTTATCATCGTTACCGGTCATGCCCTTGCCAGCTCTGCTCCGGTGAAAAGTTTGCTGCGTACTGCCGCCTCCGCCGCAAAGACGCCC‑GTACAGGGCGTCATGCTGGTCACTTTCTTCGGTTCAGTCGc > 1:1402866/1‑150 (MQ=255) gCGTTTGGTATGCAGATGGCGCTTATCATCGTTACCGGTCATGCCCTTGCCAGCTCTGCTCCGGTGAAAAGTTTGCTGCGTACTGCCTCCTCCGCCGCAAAGACGCCC‑GTACAGGGCGTCATGCTGGTCACTTTCTTCGGTTCAGTCGCt > 1:955143/1‑150 (MQ=255) ggTATGCTGATGGCGCTTATCATCGTTACCGGTCATGCCCTTGCCAGCTCTGCTCCGGTGAAAAGTTTGCTGCGTACTGCCGCCTCCGCCGCAAAGACGCCC‑GTACAGGGCGTCATGCTGGTCACTTTCTTCGGTTCAGTCGCTTGTGtc < 1:1666567/150‑1 (MQ=255) ggTATGCAGATGGCGCTTATCATCGTTACCGGTCATGCCCTTGCCCGCTCTGCTCCGGTGAAAAGTTTGCTGCGTACTGCCGCCTCCGCCGCAAAGACGCCC‑GTACAGGGCGTCATGCTGGTCACTTTCTTCGGTTCAGTCGCTTGTGtc > 1:1045392/1‑150 (MQ=255) 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gcgcTTATCATCGTTACCGGTCATGCCCTTGCCAGCTCTGCTCCGGTGAAAAGTTTGCTGCGTACTGCCGCCTCCGCCGCAAAGACGCCC‑GTACAGGGCGTCATGCTGGTCACTTTCTTCGGTTCAGTCGCTTGTGTCATCAACTGGGGa > 1:104302/1‑150 (MQ=255) ttATCATCGTTACCGGTCATGCCCTTGCCAGCTCTGCTCCGGTGAAAAGTTTGCTGCGTACTGCCGCCTCCGCCGCAAAGACGCCC‑GTACAGGGCGTCATGCTGGTCACTTTCTTCGGTTCAGTCGCTTGTGTCATCAACTGGGGAtttg < 2:647389/150‑1 (MQ=255) tATCATCGTTACCGGTCATGCCCTTGCCAGCTCTGCTCCGGTGAAAAGTTTGCTGCGTACTGCCGCCACCGCCGCAAAGACGCCC‑GGACAGGGCGTCCTGCTGGTCTCTTTCTTCGGTTCCGTCGCTTGTGTCATCAACTGGGGAtttgg > 1:246042/1‑150 (MQ=255) tcatcGTTACCGGTCATGCCCTTGCCAGCTCTGCTCCGGTGAAAAGTTTGCTGCGTACTGCCGCCTCCGCCGCAAAGACGCCA‑GTACAGGGCGTCATGCTGGTCACTTTCTTCGGTTCAGTCGCTTGTGTCATCAACTGGGGTtttggtt > 1:24544/1‑150 (MQ=255) catcGTTACCGGTCATGCCCTTGCCAGCTCTGCTCCGGTGAAAAGTTTGCTGCGTACTGCCGCCTCCGCCGCAAAGACGCCC‑GTTCAGGGCGTCATGCTGGTCACTTTCTTCGGTTCAGTCGCTTGTGTCATCAACTGGGGAtttggttt > 2:644540/1‑150 (MQ=255) catcGTTACCGGTCATGCCCTTGCCAGCTCTGCTCCGGTGAAAAGTTTGCTGCGTACTGCCGCCTCCGCCGCAAAGACGCCC‑GTACAGGGCGTCATGCTGGTCACTTTCTTCGGTTCAGTCGCTTGTGTCATCAACTGGGGAtttggttt > 2:561067/1‑150 (MQ=255) aatcGTTACCGGTCAGGCCCTTGCCAGCTCTGCTCGGGTGAAAAGTTTGCTGCGTACTGCCGCCTCCGCCGCAAAGACGCCC‑GTACAGGGCGTCATGCTGGTCACTTTCTTCGGTTCAGTCGCTTGTGTCATCAACTGGGGAtttggttt < 1:1293011/149‑1 (MQ=255) tcGTTACCGGTCATGCCCTTGCCAGCTCTGCTCCGGTGAAAAGTTTGCTGCGTACTGCCGCCTCCGCCGCAAAGACGCCC‑GTACAGGGCGTCATGCTGGTCACTTTCTTCGGTTCAGTCGCTTGTGTCATCAACTGGGGAtttggtttgg < 1:598298/150‑1 (MQ=255) cGTTACCGGTCATGCCCTTGCCAGCTCTGCTCCGGTGAAAAGTTTGCTGCGTACTGCCGCCTCCGCCGCAAAGACGCCC‑GTACAGGGCGTCATGCTGGTCACTTTCTTCGGTTCAGTCGCTTGTGTCATCAACTGGGGATttggtttggt < 2:1605719/150‑1 (MQ=255) tACCGGTCATGCCCTTGCCAGCTCTGCTCCGGTGAAAAGTTTGCTGCGTACTGCCGCCTCCGCCGCAAAGACGCCC‑GTACAGGGCGTCATGCTGGTCACTTTCTTCGGTTCAGTCGCTTGTGTCATCAACTGGGGATTTGGTTTGGTTGt > 2:1171912/1‑150 (MQ=255) aCCGGTCATGCCCTTGCCAGCTCTGCTCCGGTGAAAAGTTTGCTGCGTACTGCCGCCTCCGCCGCAAAGACGCCC‑GTACAGGGCGTCATGCTGGTCACTTTCTTCGGTTCAGTCGCTTGTGTCATCAACTGGGGATTTGGTTTGGTTGTc > 2:1012991/1‑150 (MQ=255) cGGTCATGCCCTTGCCAGCTCTGCTCCGGTGAAAAGTTTGCTGCGTACTGCCGCCTCCGCCGCAAAGACGCCC‑GTACAGGGCGTCATGCTGGTCACTTTCTTCGGTTCAGTCGCTTGTGTCATCAACTGGGGATTTGGTTTGGTTGTCgg > 1:252896/1‑150 (MQ=255) ggTCATGCCCTTGCCAGCTCTGCTCCGGTGAAAAGTTTGCTGCGTACTGCCGCCTCCGCCGCAAAGACGCCC‑GTACAGGGCGTCATGCTGGTCACTTTCTTCGGTTCAGTCGCTTGTGTCATCAACTGGGGATTTGGTTTGGTTGTCGgc > 1:1503144/1‑150 (MQ=255) ggTCATGCCCTTGCCAGCTCTGCTCCGGTGAAAAGTTTGCTGCGTACTGCCGCCGCCGCCGCAAAGACGCCC‑GTACAGGGCGTCATGCTGGTCACTTTCTTCGGTTCAGTCGCTTGTGTCATCAACTGGGGATTTGGTTTGGTTGTCGgc < 1:1692136/150‑1 (MQ=255) aTGCCCTTGCCAGCTCTGCTCCGGTGAAAAGGTGGCTGCGTACTGCCGCCTCCGCCGCAAAGACGCCC‑GTACAGGGCGTCATGCTGGTCACGAACTGCGCTTCAGTCGCTTGTGGCATCAACTGGGGATTTGGTTTGGTTGTCGGCGCaa < 1:1039345/150‑1 (MQ=255) gCCCTTGCCAGCTCTGCTCCGGTGAAAAGTTTGCTGCGTACTGCCGCCTCCGCCGCAAAGACGCCC‑GTACAGGGCGTCATGCTGGTCACTTTCTTCGGTTCAGTCGCTTGTGTCATCAACTGGGGATTTGGTTTGGTTGTCGGCGCAATg > 2:1579126/1‑150 (MQ=255) ccTTGCCAGCTCTGCTCCGGTGAAAAGTTTGCTGCGTACTGCCGCCTCCGCCGCAAAGACGCCC‑GTACAGGGCGTCATGCTGGTCACTTTCTTCGGTTCAGTCGCTTGTGTCATCAACTGGGGATTTGGTTTGGTTg > 1:981393/1‑137 (MQ=255) ccTTGCCAGCTCTGCTCCGGTGAAAAGTTTGCTGCGTACTGCCGCCTCCGCCGCAAAGACGCCC‑GTACAGGGCGTCATGCTGGTCACTTTCTTCGGTTCAGTCGCTTGTGTCATCAACTGGGGATTTGGTTTGGTTg < 2:981393/137‑1 (MQ=255) ccTTGCCAGCTCTGCTCCGGTGAAAAGTTTGCTGCGTACTGCCGCCTCCGCCGCAAAGACGCCC‑GTACAGGGCGTCATGCTGGTCACTTTCTTCGGTTCAGTCGCTTGTGTCATCAACTGGGGATTTGGTTTGGTTGTCGGCGCAATGtt < 2:252896/150‑1 (MQ=255) cTTGCCAGCTCTGCTCCGGTGAAAAGTTTGCTGCGTACTGCCGCCTCCGCCGCAAAGACGCCC‑GTACAGGGCGTCATGCTGGTCACTTTCTTCGGTTCAGTCGCTTGTGTCATCAACTGGGGATTTGGTTTGGTTGTCGGCGCAATGttt > 2:598577/1‑150 (MQ=255) 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ccGGTGAAAAGTTTGCTGCGTACTGCCGCCTCCGCCGCAAAGACGCCC‑GTACAGGGCGTCATGCTGGTCACTTTCTTCGGTTCAGTCGCTTGTGTCATCAACTGGGGATTTGGTTTGGTTGTCGGCGCAATGTTTGCCCGTGAAGTCGcc > 2:349144/1‑150 (MQ=255) ccGGTGAAAAGTTTGCTGCGTACTGCCGCCTCCGCCGCAAAGACGCCC‑GTACAGGGCGTCATGCTGGTCACTTTCTTCGGTTCAGTCGCTTGTGTCATCAACTGGGGATTTGGTTTGGTTGTCGGCGCAATGTTTGCCCGTGAAGTCGcc < 1:1008501/150‑1 (MQ=255) gTGAAAAGTTTGCTGCGTACTGCCGCCTCCGCCGCAAAGACGCCC‑GTACAGGGCGTCATGCTGGTCACTTTCTTCGGTTCAGTCGCTTGTGTCATCAACTGGGGATTTGGTTTGGTTGTCGGCGCAATGTTTGCCCGTGAAGTCGCCCgg > 2:542517/1‑150 (MQ=255) tGAAAAGTTTGCTGCGTACTGCCGCCTCCGCCGCAAAGACGCCC‑GTACAGGGCGTCATGCTGGTCACTTTCTTCGGTTCAGTCGCTTGTGTCATCAACTGGGGATTTGGTTTGGTTGTCGGCGCAATGTTTGCCCGTGAAGTCGCCCGGc > 1:1170893/1‑150 (MQ=255) gAAAAGTTTGCTGCGTACTGCCGCCTCCGCCGCAAAGACGCCC‑GTACAGGGCGTCATGCTGGTCACTTTCTTCGGTTCAGTCGCTTGTGTCATCAACTGGGGATTTGGTTTGGTTGTCGGCGCAATGTTTGCCCGTGAAGTCGCCCGGCg > 2:780686/1‑150 (MQ=255) gAAAAGTTTGCTGCGTACTGCCGCCTCCGCCGCAAAGACGCCC‑GTACAGGGCGTCATGCTGGTCACTTTCTTCGGTTCAGTCGCTTGTGTCATCAACTGGGGATTTGGTTTGGTTGTCGGCGCAATGTTTGCCCGTGAAGTCGCCCGGCg > 1:553465/1‑150 (MQ=255) aaaaGTTTGCTGCGTACTGCCGCCTCCGCCGCAAAGACGCCC‑GTACAGGGCGTCATGCTGGTCACTTTCTTCGGTTCAGTCGCTTGTGTCATCAACTGGGGATTTGGTTTGGTTGTCGGCGCAATGTTTGCCCGTGAAGTCGCCCGGCGa > 2:496261/1‑150 (MQ=255) aaaGTTTTCTGCTTACTGCCGCCTCCGCCGCAAAGAAGCCC‑GTACAGGGCGTCATGCTGGTCACTTTCTTCGGTTCAGTCGCTTGTGTCATCAACTGGGGATTTGGTTTGGTTGTCGGCGCAATGTTTGCCCGTGAAGTCGCCCGGCGAg < 2:1095662/150‑1 (MQ=255) aaaGTTTGCTGCGTACTGCCGCCTCCGCCGCAAAGACGCCC‑GTACAGGGCGTCATGCTGGTCACTTTCTTCGGTTCAGTCGCTTGTGTCATCAACTGGGGATTTGGTTTGGTTGTCGGCGCAATGTTTGCCCGTGAAGTCGCCCGGCGAg > 1:376637/1‑150 (MQ=255) aaaGTTTGCTGCGTACTGCCGCCTCCGCCGCAAAGACGCCC‑GTACAGGGCGTCATGCTGGTCACTTTCTTCGGTTCAGTCGCTTGTGTCATCAACTGGGGATTTGGTTTGGTTGTCGGCGCAATGTTTGCCCGTGAAGTCGCCCGGCGAg < 1:980607/150‑1 (MQ=255) aaaGTTTGCTGCGTACTGCCGCCTCCGCCGCAAAGACGCCC‑GTACAGGGCGTCATGCTGGTCACTTTCTTCGGTTCAGTCGCTTGTGTCATCAACTGGGGATTTGGTTTGGTTGTCGGCGCAATGTTTGCCCGTGAAGTCGCCCGGCGAg < 1:349144/150‑1 (MQ=255) aGTTTGCTGCGTACTGCCGCCTCCGCCGCAAAGACGCCC‑GTACAGGGCGTCATGCTGGTCACTTTCTGCGGTTCAGTCGCTTGGGTCAGCAGCTGGGGATTTGGTTTGGTGGTCGGCGCAATGTATGCCCGTGAAGTCGCCCGGCgcggc > 1:189710/1‑146 (MQ=255) tttGCTGCGTACTGCCGCCTCCGCCGCAAAGACGCCC‑GTACAGGGCGTCATGCTGGTCACTTTCTTCGGTTCAGTCGCTTGTGTCATCAACTGGGGATTTGGTTTGGTTGTCGGCGCAATGTTTGCCCGTGAAGTCGCCCGGCGAGTccc < 1:1565246/150‑1 (MQ=255) ctgcGTACTGCCGCCTCCGCCGCAAAGACGCCC‑GTACAGGGCGTCATGCTGGTCACTTTCTTCGGTTCAGTCGCTTGTGTCATCAACTGGGGATTTGGTTTGGTTGTCGGCGCAATGTTTGCCCGTGAAGTCGCCCGGCGAGTCCCCGGt > 1:658130/1‑150 (MQ=255) ctgcGTACTGCCGCCTCCGCCGCAAAGACGCCC‑GTACAGGGCGTCATGCTGGTCACTTTCTTCGGTTCAGTCGCTTGTGTCATCAACTGGGGATTTGGTTTGGTTGTCGGCGCAATGTTTGCCCGTGAAGTCGCCCGGCGAGTCCCCGGt > 2:1729391/1‑150 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |