| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 2,679,434:1 | +C | 8.8% | intergenic (‑67/+30) | yphF ← / ← yphG | putative sugar ABC transporter periplasmic binding protein/DUF4380 domain‑containing TPR repeat protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,679,434 | 1 | . | C | 8.8% | 436.1 / 37.7 | 114 | intergenic (‑67/+30) | yphF/yphG | putative sugar ABC transporter periplasmic binding protein/DUF4380 domain‑containing TPR repeat protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (50/54); new base C (3/7); total (53/61) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.34e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.23e-01 | |||||||||||
Only 100 of 121 total aligned reads displayed.
TCCGCAGCCCTGGCAAATAGTGCGCTACCTAATAGCGTAGCCATTAATAATAGATTACGGGTTGTTCTCATTTTTGTAGGCATAGAGCCTCCTGTAGGGTTTTTATTAACAACGGCTTATTCTAATTATTTTGTGATGAGCGGCAGCGCG‑TGCCGCTCAAATATTACAGTTAATAGGGTTTAGTGAACGCGGTTAAAAATAAAAGGCATCACGGTGGTGAATAATGCCGCTTTCGGCCAAGCCGGATTAATCGCCGTCAATTCAGCGCGAGCAGACTCATATTGCGCAACCTCCCCGAG > NC_000913/2679285‑2679583 | aacGCAGCCCTGGCAAATAGTGCGCGACCTCATAGCGTAGCCATTAAAAATAGATTACGGGTTGATCTCATATTTGTAGGCATAGAGCCTCCTGTAGGGTTTTTATTAACAACGGCTTATTCTAATTATTTTGTGATGAGCGGCAGcgcg < 1:292770/148‑1 (MQ=255) ccGCAGCCCTGGCAAATAGTGCGCTACCTAATAGCGTAGCCATTAATAATAGATTACGGGTTGTTCTCATATTTGTAGGCATAGAGCCTCCTGTAGGGTTTTTATTAACAACGGCTTATAATAATTATTTTGTCATGAGCGGCAGCGCG‑t > 1:1607573/1‑150 (MQ=255) cGCAGCCCTGGCAAATAGTGCGCTACCTAATAGCGTAGCCATTAATAATAGATTACGGGTTGTTCTCATTTTTGTAGGCATAGAGCCTCCTGTAGGGTTTTTATTAACAACGGCTTATTCTAATTATTTTGTGATGAGCGGCAGCGCG‑Tg < 2:305261/150‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |