| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 2,449,203 | T→C | 5.9% | intergenic (+46/+25) | smrB → / ← yfcO | putative DNA endonuclease/DUF2544 family putative outer membrane protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,449,203 | 0 | T | C | 5.9% | 253.1 / 5.1 | 87 | intergenic (+46/+25) | smrB/yfcO | putative DNA endonuclease/DUF2544 family putative outer membrane protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (41/39); new base C (3/2); total (45/42) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 2.66e-01 | |||||||||||
GCATGTGATGGCCTTTCATCAGGCACCAAAAGAGTATGGCGGTGATGCGGCGTTGTTGGTGTTGATTGAAGTCGAAGAGTGGCTGCCGCCGGAGTTGCCCTGAGGAGTTGAGCGCGTTGCGCCAGGTACGGGTAATGGCAGGGGCGAATGCCCCTGCCTGGTGTATCTAAGGGCTACAACTCATTCAGTATGTACTGGAACCGGCAAGTAGAATCGATTGGCTGCATACTGCTGGTATCAACACGCACGACCATATCGTGTAACTGTTTGTCCGTTATAGGGTGTCGATTTGGCGTG > NC_000913/2449055‑2449351 | gCATGTGATGGCCTTTCATCAGGCACCAAAAGAGTATGGCGGTGATGCGGCGTTGTTGGTGTTGATTGAAGTCGAAGAGTGGCTGCCGCCGGAGTTGCCCTGAGGAGTTGAGCGCGTTGCGCCAGGTTCGGGTAATGGCAGGGGCGAATg > 2:1102411/1‑150 (MQ=255) gtgATGGCCTTTCATCAGTCACCAAAAGAGTATGGCGGTGATGCGGCGTTGTTGGTGTTGATTGAAGTCGAAGAGTGGCTGCCGCCGGAGTTGCCCTGAGGAGTTGAGCGCGTTGCGCCAGGTACGGGTAATGGCAGGGGCGAATGcccc < 1:380169/150‑1 (MQ=255) tgATGGCCTTTCATCAGGCACCAAAAGAGTATGGCGGTGATGCGGCGTTGTTGGTGTTGATTGAAGTCGAAGAGTGGCTGCCGCCGGAGTTGCCCTGAGGAGTTGAGCGCGTTGCGCCAGGTACGGGTAATGGCAGGGGCGAATGCCcct > 2:651684/1‑150 (MQ=255) ggCCTTTCATCAGGCACCAAAAGAGTATGGCGGTGATGCGGCGTTGTTGGTGTTGATTGAAGTCGAAGAGCGGCTGCCGCCGGAGTTGCCCTGAGGAGTTGAGCGCGTTGCGCCAGGTACGGGTAATGGCAGGGGCATTCGCCcctgcca < 2:1706288/150‑2 (MQ=255) gCCTTTCATCAGGCACCAAAAGAGTATGGCGGTGATGCGGCGTTGTTGGTGTTGATTGAAGTCGAAGAGTGGCTGCCGCCGGAGTTGCCCTGAGGAGTTGAGCGCGTTGCGCCAGGTACGGGTAATGGCAGGGGCATTCGCCcctgccat < 2:1439526/150‑3 (MQ=255) tttCATCAGGCACCAAATGAGTATGGCGGTGATGCGGCGTTGGTGGTGTTGATTGAAGTCGAAGAGTGGCCGCCGCCGGAGTTGCCCTGAGGAGTTGAGCGCGTTGCGCCAGGTACGGGTAATGGCAGGGGCGAATGCCCCTGCCTGgtg < 2:878820/150‑1 (MQ=255) tttCATCAGGCACCAAAAGAGTATGGCGGTGATGCGGCGTTGTTGGTGTTGATTGAAGTCGAAGAGTGGCTGCCGCCGGAGTTGCCCTGAGGAGTTGAGCGCGTTGCGCCAGGTACGGGTAATGGCAGGGGCGAATGCCCCTGCCTGgtg > 2:1373609/1‑150 (MQ=255) tttCATCAGGCACCAAAAGAGTATGGCGGTGATGCGGCGTTGGTGGTGTTGATTGAAGTCGAAGAGTGGCTGCCGCCGGAGTTGCCCTGAGGAGTTGAGCGCGTTGCGCCAGGTACGGGTAATGGCAGGGGCGAATGCCCCTGCCTGgtg < 1:1391844/150‑1 (MQ=255) ttCATCAGGCACCAAAAGAGTATGGCGGTGATGCGGCGTTGTTGGTGTTGATTGAAGTCGAAGAGAGGCTGCCGCCGGAGTTGCCCTGAGGAGTTGAGCGCGTTGCGCCAGGTACGGGTAATGGCAGGGGCGAATGCCCCTGCCTGgtgt > 1:1206605/1‑150 (MQ=255) cacaGGCACCAAACGAGTATGGCGGTGATGCGGCGCGGGTGGTGTTGATTGAAGTCGAAGAGTGGCTGCCGCCGGAGTTGCCCTGAGGAGGTGAGCGCGTTGCGCCAGGTACGGGTAATGGCAGGGGCGAATGCCCCTGCCTGGTGTATc < 1:1210783/148‑1 (MQ=255) atcaGGCACCAAAAGAGTATGGCGGTGATGCGGCGGTGTTGGTGTTGATTGAAGTCGAAGTGTGGCTGCCGCCGGAGTTGCCCTGAGGAGTTGAGCGCGTTGCGCCAGGTACGGGTAATGGCAGGGGCGAATGCCCCTGCCTGGTGTATc < 2:660005/150‑1 (MQ=255) tcaGGCACCAAAAGAGTATGGCGGTGATGCGGCGTTGTTGGTGTTGATTGAAGTCGAAGAGTGGCTGCCGCCGGAGTTGCCCTGAGGAGTTGAGCGCGTTGCGCCAGGTACGGGTAATGGCAGGGGCGAATGCCCCTGCCTGGTGTATCt > 1:323266/1‑150 (MQ=255) caGGCACCAAAAGAGGATGGCGGTGATGCGGCGTTGTTGGTGTTGAGTGAAGTCGAAGAGTGGCTGCCGCCGGAGTTGCAATTAGGAGTTGAGCGCGTTGCGCCAGGTACGGGGAATGGCAGGGGCGAATGACCCTGCCTTgtgtttggt > 2:1044729/1‑145 (MQ=255) 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aaTGGCAGGGGCGAATTCCCCTGCCTGGTGTATCTAAGGGCTACAACTCATTCAGTATGTACTGGAACCGGCAAGTAGAATCGATTGGCTGCATAATGCTGGTATCAACAAGCACGACCATATCGTGTTACTTTTTGTCCGTTATAGGgt > 2:1146675/1‑150 (MQ=255) aTGGCAGGGGTGAATGCCCCTGCCTGGTGTATCTAAGGGCTACAACTCATTCAGTATGTACTGGAACCGGCAAGTAGAATCGATTGGCTGCATACTGCTGGTATCAACACGCACGACCATATCGTGTAACTGTTTGTCCGTTATAGGgtg < 1:472023/150‑1 (MQ=255) ggCAGGGGCATTCGCCCCTGCCTGGTGTATCTAAGGGCTACAACTCATTCAGTATGTACTGGAACCGGCAAGTAGAATCGATTGGCTGCATACTGCTGGTATCAACACGCACGACCATATCGTGTAACTGTTTGTCCGTTATAGGgtgta > 1:228057/1‑149 (MQ=255) ggCAGGGGCATTCGCCCCTGCCTGGTGTATCTAAGGGCTACAACTCATTCAGTATGTACTGGAACCGGCAAGTAGAATCGATTGGCTGCATACTGCTGGTATCAACACGCACGACCATATCGTGTAACTGTTTGTCCGTTATAGGGTGTc > 1:590357/1‑150 (MQ=255) gCAGGGGCGAATGCCCCTGCCTGGTGTATCTAAGGGCTACAACTCATTCAGTATGTACTGGAACCGGCAAGTAGAATCGATTGGCTGCATACTGCTGGTATCAACACGCACGACCATATCGTGTAACTGTTTGTCCGTTATAGGGTGTCg < 2:1134323/150‑1 (MQ=255) cGAATGCCCCTTCCTGGTGTATCTAAGGGCTACAACTCATTCTGTTTGTACTGGAACCTGCATGTTGATTGGATTGGCTGCATAGTGCTGGTATCAACACGCACGACCATATCGTGTAACTGTTTGTCCGTTATAGGGTGTCGATTTGGc < 2:1417120/150‑1 (MQ=255) gAATGCCCCTGCCTGGTGTATCTAAGGGCTACAACTCATTCAGTATGTACTGGAACCGGCAAGTAGAATCGATTGGCTGCATACTGCTGGTATCAACACGCACGACCATATCGTGTAACTGTTTGTCCGTTATAGGGTGTCGATTTGGCg < 1:649237/150‑1 (MQ=255) aaTGCCCCTGCCTGGTGTATCTAAGGGCTACAACTCATTCAGTATGTACTGGAACCGGCAAGTAGAATCGATTGGCTGCATACTGCTGGTATCAACACGCACGACCATATCGTGTAACTGTTTGTCCGTTATAGGGTGTCGATTTGGCGt > 1:239050/1‑150 (MQ=255) aTGCCCCTGCCTGGTGTATCTAAGGGCTACAACTCATTCAGTATGTACTGGAACCGGCAAGTAGAATCGATTGGCTGCATACTGCTGGTATCAACACGCACGACCATATCGTGTAACTGTTTGTCCGTTATAGGGTGTCGATTTGGCGTg < 1:1573004/150‑1 (MQ=255) | GCATGTGATGGCCTTTCATCAGGCACCAAAAGAGTATGGCGGTGATGCGGCGTTGTTGGTGTTGATTGAAGTCGAAGAGTGGCTGCCGCCGGAGTTGCCCTGAGGAGTTGAGCGCGTTGCGCCAGGTACGGGTAATGGCAGGGGCGAATGCCCCTGCCTGGTGTATCTAAGGGCTACAACTCATTCAGTATGTACTGGAACCGGCAAGTAGAATCGATTGGCTGCATACTGCTGGTATCAACACGCACGACCATATCGTGTAACTGTTTGTCCGTTATAGGGTGTCGATTTGGCGTG > NC_000913/2449055‑2449351 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |