| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 2,538,556 | T→G | 6.4% | intergenic (+73/+116) | yfeS → / ← cysM | WGR domain protein/cysteine synthase B (O‑acetylserine sulfhydrolase B) |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,538,556 | 0 | T | G | 6.4% | 359.7 / 9.4 | 119 | intergenic (+73/+116) | yfeS/cysM | WGR domain protein/cysteine synthase B (O‑acetylserine sulfhydrolase B) |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (49/62); new base G (4/4); total (53/66) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 120 total aligned reads displayed.
ATGGGGTGACGGTCAGGACTCACCAATACTTCAAAAAATGATTGATGACCTTACGGCGTTTCCTCACGAAAATTAAATACTGCATTTGTCGGCAGCAACAACTGTTAAAAAAGTGCGCTTTGTTTATGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAAAATCGTGCTAATTCAATATATTGCAGAAACCTTGTAGGCCTGATAAGCGTAGCGCATCAGGCAGTTTTGCGTTTGTCATCAGTCTCCGATGCTATTAATCCTTAAATCCCCGCCCCCTGGCTAAAATGCTCTT > NC_000913/2538408‑2538703 | ggggTGACGGTCAGGACTCACCAATACTTCAAAAAATGATTGATGACCTTACGGCGTTTCCTCACGAAAATTAAATACTGCATTTGTCGGCAGCAACAACTGTTAAAAAAGTGCGCTTTGTTTATGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTAt > 1:45046/1‑150 (MQ=255) tGACGGTCAGGACTCACCAATTCTTCAAAAAATGATTGATGACCTTACGGCGTTTCCTCTCGAATATTAAATAGTGCATTAGTCGGCAGAAACAACTGTTAAAAAAGTGCGCTTTGTTTATGCCGGATGCGGCGTTTACGCCGCATCCgg < 2:1059594/150‑1 (MQ=38) aCGGTCAGGACTCACCAATACTTCAAAAAATGCTTGATGACCTTACGGCGTTTCCTCACGAAACTTAAATACTGCATTTGTCGGCAGCAACAACTGTTAAAAAAGTGCGCTTTGTTTATGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGcc < 1:813791/150‑1 (MQ=255) 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gcgTAAACGCCTTATCCGGCCTACAAAATCGTGCTAATTCAATATATTGCAGAAACCTTGTAGGCCTGATAAGCGTAGCGCATCAGGCAGTTTTGCGTTTGTCATCAGTCTCCGATGCTATTAATCCTTAAATCCCCGCCCCCTGGCTaa < 1:1499350/150‑1 (MQ=255) gcgTAAACGCCTTATCCGGCCTACAAAATCGGGCTAATTCAATATATTGCAGACACCTTGTAGGCCTGATAAGCGTAGCGCATCAGGCAGTTTTGCGTTTGTCAGCAGTCTCCGATGCTATTAATCCTTAAATCCCCGCCCCCTGGCtca > 1:136812/1‑148 (MQ=255) cgTAAACGCCTTATCCGGCCTACAAAATCGTGCTAATTCAATATATTGCAGAAACCTTGTAGGCCTGATAAGCGTAGCGCATCAGGCAGTTTTGCGTTTGTCATCAGTCTCCGATGCTATTAATCCTTAAATCCCCGCCCCCTGGCTaaa > 2:15515/1‑150 (MQ=255) cgTAAACGCCTTATCCGGCCTACAAAATCGTGCTAATTCAATATATTGCAGAAACCTTGTAGGCCTGATAAGCGTAGCGCATCAGGCAGTTTTGCGTTTGTCATCAGTCTCCGATGCTATTAATCCTTAAATCCCCGCCCCCTGGCTaaa < 2:1223109/150‑1 (MQ=255) tttaCGCCGCATCCGGCCTACAAAATCGTGCTAATTCAATATATTGCAGAAACCTTGTAGGCCTGATAAGCGTAGCGCATCAGGCAGTTTTGCGTTTGTCATCAGTCTCCGATGCTATTAATCCTTAAATCCCCGc > 1:1550120/4‑136 (MQ=255) 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ccTTATCCGGCCTACAAAATCGTGCTAATTCAATATATTGCAGAAACCTTGTAGGCCTGATAAGCGTAGCGCATCAGGCAGTTTTGCGTTTGTCATCAGTCTCCGATGCTATTAATCCTTAAATCCCCGCCCCCTGGCTAAAATGCTCtt > 2:1677098/1‑150 (MQ=255) ccTTATCCGGCCTACAAAATCGTGCTAATTCAATATATTGCAGAAACCTTGTAGGCCTGATAAGCGTAGCGCATCAGGCAGTTTTGCGTTTGTCATCAGTCTCCGATGCTATTAATCCTTAAATCCCCGACCCCTGGCTAAAATGCTCtt > 2:294184/1‑150 (MQ=255) | ATGGGGTGACGGTCAGGACTCACCAATACTTCAAAAAATGATTGATGACCTTACGGCGTTTCCTCACGAAAATTAAATACTGCATTTGTCGGCAGCAACAACTGTTAAAAAAGTGCGCTTTGTTTATGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAAAATCGTGCTAATTCAATATATTGCAGAAACCTTGTAGGCCTGATAAGCGTAGCGCATCAGGCAGTTTTGCGTTTGTCATCAGTCTCCGATGCTATTAATCCTTAAATCCCCGCCCCCTGGCTAAAATGCTCTT > NC_000913/2538408‑2538703 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |