| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 2,538,557 | T→C | 5.8% | intergenic (+74/+115) | yfeS → / ← cysM | WGR domain protein/cysteine synthase B (O‑acetylserine sulfhydrolase B) |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,538,557 | 0 | T | C | 5.8% | 360.5 / 8.0 | 119 | intergenic (+74/+115) | yfeS/cysM | WGR domain protein/cysteine synthase B (O‑acetylserine sulfhydrolase B) |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (49/63); new base C (4/3); total (53/66) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.99e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.64e-01 | |||||||||||
Only 100 of 121 total aligned reads displayed.
ATGGGGTGACGGTCAGGACTCACCAATACTTCAAAAAATGATTGATGACCTTACGGCGTTTCCTCACGAAAATTAAATACTGCATTTGTCGGCAGCAACAACTGTTAAAAAAGTGCGCTTTGTTTATGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAAAATCGTGCTAATTCAATATATTGCAGAAACCTTGTAGGCCTGATAAGCGTAGCGCATCAGGCAGTTTTGCGTTTGTCATCAGTCTCCGATGCTATTAATCCTTAAATCCCCGCCCCCTGGCTAAAATGCTCTTCCC > NC_000913/2538408‑2538706 | aTGGGGTGACGGTCAGGACTCACCAATACTTCAAAAAATGATTGATGACCTTACGGCGTTTCCTCACGAAAATTAAATACTGCATTTGTCGGCAGCAACAACTGTTAAAAAAGTGCGCTTTGTTTATGCCGGATGCGGCGTAAACGCCtt > 1:511757/1‑150 (MQ=255) tGACGGTCAGGACTCACCAATTCTTCAAAAAATGATTGATGACCTTACGGCGTTTCCTCTCGAATATTAAATAGTGCATTAGTCGGCAGAAACAACTGTTAAAAAAGTGCGCTTTGTTTATGCCGGATGCGGCGTTTACGCCGCATCCgg < 2:1059594/150‑1 (MQ=38) aCGGTCAGGACTCACCAATACTTCAAAAAATGATTGATGACCTTACGGCGTTTCCTCACGAAAATTAAATACTGCATTTGTCGGCAGCAACAACTGTTAAAAAAGTGCGCTTTGTTTATGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCg > 1:265967/1‑147 (MQ=255) aCGGTCAGGACTCACCAATACATCAAAAAATGATTGATGACCTTACGGCGTTTCCTCACGAAAATTAAATACTGCATTTGTCGGCAGCAACAACTGTTAAAAAAGTGCGCTTTGTTTATGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGcc < 2:1193291/150‑1 (MQ=255) ggTCAGGACTCACCAATACTTCAAAAAATGATTGATGACCTTACGGCGTTTCCTCACGAAAATTAAATACTGCATTTGTCGGCAGCAACAACTGTTAAAAAAGTGCGCTTTGTTTATGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTa > 2:1099988/1‑150 (MQ=255) ggTCAGGACTCACCAATACTTCAAAAAATGATTGATGACCTTACGGCGTTTCCTCACGAAAATTAAATACTGCATTTGTCGGCAGCAACAACTGTTAAAAAAGTGCGCTTTGTTTATGCCGGATGAGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTa > 2:1328208/1‑150 (MQ=255) gTCACGACTCACCAATACATCAAAAACTGATTGATGACCTTACGGCGTTTCCTCACGAAAATTAAATACTGCATTTGTCCGCAGCAACAACTGTTAAAAAAGTGCGCTTTGTTTATGCCGGATAAGGCGTTTACGCCGCATCCGGCATaa < 1:305066/150‑2 (MQ=255) gACTCACCAATACTTCAAAAAATGATTGATGACCTTACGGCGTTTCCTCACGAAAATTAAATACTGCATTTGTCGGCAGCAACAACTGTTAAAAAAGTGCGCTTTGTTTATGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAAAAt < 1:572643/150‑1 (MQ=255) 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cgTAAACGCCTTATCCGGCCTACAAAATCGTGCTAATTCAATATATTGCAGAAACCTTGTAGGCCTGATAAGCGTAGCGCATCAGGCAGTTTTGCGTTTGTCATCAGTCTCCGATGCTATTAATCCTTAAATCCCCGCCCCCTGGCTaaa < 2:1223109/150‑1 (MQ=255) tttaCGCCGCATCCGGCCTACAAAATCGTGCTAATTCAATATATTGCAGAAACCTTGTAGGCCTGATAAGCGTAGCGCATCAGGCAGTTTTGCGTTTGTCATCAGTCTCCGATGCTATTAATCCTTAAATCCCCGc > 1:1550120/4‑136 (MQ=255) tttaCGCCGCATCCGGCCTACAAAATCGTGCTAATTCAATATATTGCAGAAACCTTGTAGGCCTGATAAGCGTAGCGCATCAGGCAGTTTTGCGTTTGTCATCAGTCTCCGATGCTATTAATCCTTAAATCCCCGc < 2:1550120/133‑1 (MQ=255) aaCGCCTTATCCGGCCTACAAAATCGTGCTAATTCAATATATTGCAGAAACCTTGTAGGCCTGATAAGCGTAGCGCATCAGGCAGTTTTGCGTTTGTCATCAGTCTCCGATGCTATTAATCCTTAAATCCCCGCCCCCTGGCTAAAATGc < 2:195942/150‑1 (MQ=255) aaCGCCTTATCCGGCCTACAAAATCGTGCTAATTCAATATATTGCAGAAACCTTGTAGGCCTGATAAGCGTAGCGCATCAGGCAGTTTTGCGTTTGTCATCAGTCTCCGATGCTATTAATCCTTAAATCCCCGCCCCCTGGCTAAAATGc < 1:1581985/150‑1 (MQ=255) aaCGCCTTATCCGGCCTACAAAATCGTGCTAATTCAATATATTGCAGAAACCTTGTAGGCCTGATAAGCGTAGCGCATCAGGCAGTTTTGCGTTTGTCATCAGTCTCCGATGCTATTAATCCTTAAATCCCCGCCCCCTGGCTAAAATGc > 1:1276771/1‑150 (MQ=255) cGCCTTATCCGGCCTACAAAATCGTGCTAATTCAATATATTGCAGAAACCTTGTAGGCCTGATAAGCGTAGCGCATCAGGCAGTTTTGCGTTTGTCATCAGTCTCCGATGCTATTAATCCTTAAATCCCCGCCCCCTGGCTAAAATGctc < 2:671266/150‑1 (MQ=255) cGCCTTATCCGGCCTACAAAATCGTGCTAATTCAATATATTGCAGAAACCTTGTAGGCCTGATAAGCGTAGCGCATCAGGCAGTTTTGCGTTTGTCATCAGTCTCCGATGCTATTAATCCTTAAATCCCCGCCCCCTGGCTAAAATGctc > 2:302628/1‑150 (MQ=255) ccTTATCCGGCCTACAAAATCGTGCTAATTCAATATATTGCAGAAACCTTGTAGGCCTGATAAGCGTAGCGCATCAGTCAGTTTTGCGTTTGTCATCAGTCTCCGATGCTATTAATCCTTAAATCCCCGCCACCTGGCTAAAATGATCtt > 2:180441/1‑150 (MQ=255) ccTTATCCGGCCTACAAAATCGTGCTAATTCAATATATTGCAGAAACCTTGTAGGCCTGATAAGCGTAGCGCATCAGGCAGTTTTGCGTTTGTCATCAGTCTCCGATGCTATTAATCCTTAAATCCCCGCCCCCTGGCTAAAATGCTCtt > 2:1677098/1‑150 (MQ=255) ccTTATCCGGCCTACAAAATCGTGCTAATTCAATATATTGCAGAAACCTTGTAGGCCTGATAAGCGTAGCGCATCAGGCAGTTTTGCGTTTGTCATCAGTCTCCGATGCTATTAATCCTTAAATCCCCGACCCCTGGCTAAAATGCTCtt > 2:294184/1‑150 (MQ=255) tATCCGGCCTACAAAATCGTGCTAATTCAATATATTGCAGAAACCTTGTAGGCCTGATAAGCGTAGCGCATCAGGCAGTTTTGCGTTTGTCATCAGTCTCCGATGCTATTAATCCTTAAATCCCCGCCCCCTGGCTAAAATGCTCTTccc > 2:1199122/1‑150 (MQ=255) | ATGGGGTGACGGTCAGGACTCACCAATACTTCAAAAAATGATTGATGACCTTACGGCGTTTCCTCACGAAAATTAAATACTGCATTTGTCGGCAGCAACAACTGTTAAAAAAGTGCGCTTTGTTTATGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAAAATCGTGCTAATTCAATATATTGCAGAAACCTTGTAGGCCTGATAAGCGTAGCGCATCAGGCAGTTTTGCGTTTGTCATCAGTCTCCGATGCTATTAATCCTTAAATCCCCGCCCCCTGGCTAAAATGCTCTTCCC > NC_000913/2538408‑2538706 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |