| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 2,538,737 | C→G | 5.3% | G283R (GGC→CGC) | cysM ← | cysteine synthase B (O‑acetylserine sulfhydrolase B) |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,538,737 | 0 | C | G | 5.3% | 299.1 / 4.4 | 90 | G283R (GGC→CGC) | cysM | cysteine synthase B (O‑acetylserine sulfhydrolase B) |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (41/44); new base G (2/3); total (43/47) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.38e-01 | |||||||||||
TTGCAGAAACCTTGTAGGCCTGATAAGCGTAGCGCATCAGGCAGTTTTGCGTTTGTCATCAGTCTCCGATGCTATTAATCCTTAAATCCCCGCCCCCTGGCTAAAATGCTCTTCCCCAAACACCCCGGTAGAAAGGTAGCGATCGCCACGATCGCAGATGATCGCCACCACCACCGCGTCAGGGTTAGCTTTTGCCACCCGCAGTGCTCCGGCAACCGCGCCGCCGGAGCTGACGCCACAGAATATTCCTTCCCGCACCGCCAGTTCGCGCATGGTGTTTTCCGCATCGCGCTG > NC_000913/2538591‑2538884 | ttGCAGAAACCTTGTAGGCCGGATAAGCGTAGCGCATCAGGCAGTTTTGCGTTTGTCATCAGTCTCCGATGCTATTAATCCTTAAATCCCCGCCCCCTGGCTAAAATGCTCTTCCCCAATCACCCCGGTAGAAAGGTAGCGATCGCCACg < 2:51949/150‑1 (MQ=255) aGAAACCATGTAGGCCTGATAAGCGTAGCGCATCAGGCAGTTTTGCGTTTGTCATCAGTCTCCGATGCTATAAATCATTAAATCCCCGCCCCATGGATAAAATGCTCTTCCCCAAACACCCCGGTAGAAATGTAGCGATAGACACGAtag > 2:1020066/1‑148 (MQ=25) gAAACCTTGTAGGCCTGATAAGCGTAGCGCATCAGGCAGTTTTGCGTTTGTCATCAGTCTCCGATGCTATTAATCCTTAAATCCCCGCCCCCTGGCTAAAATGCTCTTCCCCAAACACCCCGGTAGAAAGGTAGCGATCGCCACGATCGc > 2:1515937/1‑150 (MQ=255) aaCCTTGTAGGCCTGATAAGCGTAGCGCATCAGGCAGTTTTGCGTTTGTCATCAGTCTCCGATGCTATTAATCCTTAAATCCCCGCCCCCTGGCTAAAATGCTCTTCCCCAAACACCCCGGTAGAAAGGTAGCGATCGCCACGATCGCAg > 2:383254/1‑150 (MQ=255) aCCTTGTAGGCCTGATAAGCGTAGCGCATCAGGCAGTTTTGCGTTTGTCATCAGTCTCCGATGCTATTAATCCTTAAATCCCCGCCCCCTGGCTAAAATGCTCTTCCCCAAACACCCCGGTAGAAAGGTAGCGATCGCCACGATCGCAga < 1:1143659/150‑1 (MQ=255) ccTTGTAGGCCTGATAAGCGTAGCGCATCAGGCAGTTTTGCGTTTGTCATCAGTCTCCGATGCTATTAATCCTTAAATCCCCGCCCCCTGGCTAAAATGCTCTTCCCCAACCACCCCGGTAGAAAGGTAGCGATCGCCACGATCGCAgat > 1:268432/1‑150 (MQ=255) ccTTGTAGGCCTGATAAGCGTAGCGCATCAGGCAGTTTTGCGTTTGTCATCAGTCTCCGATGCTATTAATCCTTAAATCCCCGCCCCCTGGCTAAAATGCTCTTCCCCAAACACCCCGGTAGAAAGGTAGCGATCGTGGCGATCGctacc < 1:984225/150‑5 (MQ=255) ccTTGTAGGCCTGATAAGCGTAGCGCATCAGGCAGTTTTGCGTTTGTCATCAGTCTCCGATGCTATTAATCCTTAAATCCCCGCCCCCTGGCTAAAATGCTCTTCCCCAAACACCCCGGTAGAAAGGTAGCGATCGTGGCGATCGctacc < 2:720115/150‑5 (MQ=255) cTTGTAGGCCTGATAAGCGTAGCGCATCAGGCAGTTTTGCGTTTGTCATCAGTCTCCGATGCTATTAATCCTTAAATCCCCGCCCCCTGGCTAAAATGCTCTTCCCCAAACACCCCGGTAGAAAGGTAGCGATCGCCACGATCGCAgatg < 2:696154/150‑1 (MQ=255) tAGGCCTGATAAGCGTAGCGCATCAGGCAGTTTTGCGTTTGTCATCAGTCTCCGATGCTATTAATCCTTAAATCCCCGCCCCCTGGCTAAAATGCTCTTCCCCAAACACCCCGGTAGAAAGGTAGCGATCGCCACGATCGCAGATGATCg < 2:65307/150‑1 (MQ=255) ggCCTGATAAGCGTAGCGCATCAGGCAGTTTTGCGTTTGTCATCAGTCTCCGTTGCTATTAATCCTTAAATCCCCGCCCCCTGGCTAAAATGCTCTTCCCCAAACACCCCGGTAGAAAGGTAGCGATCGCCACGATCGCAGATGATCGcc > 2:1010031/1‑150 (MQ=255) ggCCTGATAAGCGTAGCGCATCAGGCAGTTTTGCGTTTGTCATCAGTCTCCGTTGCTATTAATCCTTAAATCCCCGCCCCCTGGCTAAAATGCTCTTCCCCAAACACCCCGGTAGAAAGGTAGCGATCGCCACGATCGCAGATGATCGcc > 2:1016385/1‑150 (MQ=255) ggCCTGATAAGCGTAGCGCATCAGGCAGTTTTGCGTTTGTCATCAGTCTCCGATGCTATTAATCCTTAAATCCCCGCCCCCTGGCTAAAATGCTCTTCCCCAAACACCCCGGTAGAAAGGTAGCGATCGCCACGATCGCAGATGATCGcc > 2:1620881/1‑150 (MQ=255) ccTGATAAGCGTAGCGCATCAGGCAGTTTTGCGTTTGTCATCAGTCTCCGATGCTATTAATCCTTAAATCCCCGCCCCCTGGCTAAAATGCTCTTCCCCAAACACCCCGGTAGAAAGGTAGCGCTCGCCCCGATCGCAGATGATCGccac > 2:634573/1‑150 (MQ=255) ccTGATAAGCGTAGCGCATCAGGCAGTTTTGCGTTTGTCATCAGTCTCCGATGCTATTAATCCTTAAATCCCCGCCCCCTGGCTAAAATGCTCTTCCCCAAACACCCCGGTAGAAAGGTAGCGATCGCCCCGATCGCAGATGATCGccac > 2:207437/1‑150 (MQ=255) cTGATAAGCGTAGCGCATCAGGCAGTTTTGCGTTTGTCATCAGTCTCCGATGCTATTAATCCTTAAATCCCCGCCCCCTGGCTAAAATGCTCTTCCCCAAACACCCCGGTAGAAAGGTAGCGATCGCCACGATCGCAGATGATCGccacc < 2:672908/150‑1 (MQ=255) tGATAAGCGTAGCGCATCAGGCAGTTTTGCGTTTGTCATCAGTCTCCGATGCTATTAATCCTTAAATCCCCGCCCCCTGGCTAAAATGCTCTTCCCCAAACACCCCGGTAGAAAGGTAGCGATCGCCACGATCGCAGATGATCGccaccc > 2:1012176/1‑149 (MQ=255) aGCGTAGCGCATCAGGCAGTTTTGCGTTTGTCATCAGTCTCCGATGCTATTAATCCTTAAATCCCCGCCCCCTGGCTAAAATGCTCTTCCCCAAACACCCCGGTAGAAAGGTAGCGATCGCCACTATCGCAGATGATCGCCaccaccacc > 2:584194/1‑150 (MQ=255) 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gTTTTGCGTTTGTCATCAGTCTCCGATGCTATTAATCCTTAAATCCCCGCCCCCTGGCTAAAATGCTCTTCCCAAAACCCCCCGGTAGAAACGTAGCGATCGCCACGATCGCAGATGATCGCCACCACCACCGCGTCAGGGTTAGCtttt > 1:1627584/1‑150 (MQ=255) ttttGCGTTTGTCATCAGTCTCCGATGCTATTAATCCTTAAATCCCCGCCCCCTGGCTAAAATGCTCTTCCCCAAACACCCCGGTAGAAAGGTAGCGATCGCCACGATCGCAGATGATCGCCACCACCACCGCGTCAGGGTTAGCTTTTg < 1:887400/150‑1 (MQ=255) tttGCGTTTGTCATCAGTCTCCGATGCTATTAATCCTTAAATCCCCGCCCCCTGGCTAAAATGCTCTTCCCCAAACACCCCGGTAGAAAGGTAGCGATCGCCACGATCGCAGATGATCGCCACCACCACCGCGTCAGGGTTAGCTTTTGc > 1:561074/1‑150 (MQ=255) tttGCGTTTGGCATCAGTCTCCGATGCTAGTAATCCATAAATCCCCGCCCCCTGGCTAAAATGCTCTTCCCCAAACACCCCGGTAGAAAGGTAGCGAGAGCCACGATCGCAGATGATCGCCACCACCACCGCGTCAGGGTTAGCTTTTGc < 1:91804/150‑1 (MQ=255) cGTTTGTCATCAGTCTCCGATGCTATTGATCCTTAAATCCCCGCCCCCTGGCTAAAATGCTCTTCCCCAAACACCCCGGTAGAAAGGTAGCGCTCGCCACGATCGCAGATGATCGCCACCACCACCGCGTCAGGGTTAGCTTTTGCCAcc > 1:304778/1‑150 (MQ=255) 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atcaGTCTCCGATGCTATTAATCCTTACAACCCCGCCCCCTCGCTAAATTTCTCTTCCCCAAACACCCCGGTAGAAAGGTAGCGATCGCCACGAGCGCAGATGATCGCCACCACCACCGCGTCAGGGTTAGCTTTTGCCACCCGCAGTGc < 2:78097/150‑1 (MQ=255) tctcCGATGCTATTAATCCTTAAATCCCCGCCCCCTGGCTAAAATGCTCTTCCCCAAACACCCCGGTAGAAAGGTAGCGATCGCCACGATCGCAGATGATCGCCACCACCACCGCGTCAGGGTTAGCTTTTGCCACCCGCAGTGCTCCgg < 2:997597/150‑1 (MQ=255) tcCGATGCTATTAATCCTTAAATCCCCGCCCCCTGGCTAAAATGCTCTTCCCCAAACACCCCGGTAGAAAGGTAGCGATCGCCACGATCGCAGATGATCGCCACCACCACCGCGTCAGGGTTAGCTTTTGCCACCCGCAGTGCTCCGGCa < 1:405290/150‑1 (MQ=255) gATGCTATTAATCCTTAAATCCCCGCCCCCTGGCTAAAATGCTCTTCCCCAAACACCCCGGTAGAAAGGTAGCGATCGCCACGATCGCAGATGATCGCCACCACCACCGCGTCAGGGTTAGCTTTTGCCACCCGCAGTGCTCCGGCAAcc < 2:615137/150‑1 (MQ=255) gATGCGATTAATCCTTAAATCCCCGCCCCCTGGAGAAAATGCTCTTCCCCAAACACCCAGGTAGCAAGGTAGCGATCGCCACGCTCGCAGATGATCGCCACCACCACCGCGTCATGGTTAGCTTTTGCCACCCGAAGTGCTCCGGCAAcc > 2:1234251/1‑150 (MQ=255) 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ccTTAAATCCCCGCCCCCTGGCTAAAATGCTCTTCCCCAAACACCCCGGTAGAAAGGTAGCGATCGCCACGATCGCAGATGATCGCCACCACCACCGCGTCAGGGTTAGCTTTTGCCACCCGCAGTGCTCCGGCAACCGCGCCGCCGGAg < 2:1046364/150‑1 (MQ=255) ccTTAAATCCCCGCCCCCTGGCTAAAATGCTCTTCCCCAAACACCCCGGTAGAAAGGTAGCGATCGCCACGATCGCAGATGATCGCCACCACCACCGCGTCAGGGTTAGCTTTTGCCACCCGCAGTGCTCCGGCAACCGCGCCGCCGGAg < 2:556451/150‑1 (MQ=255) cTTAAATCCCCGCCCCCTGGCTAAAATGCTCTTCCCCAAACACCCCGGTAGAAAGGTAGCGATCGCCTCGATCGCAGATGATCGCCACCACCACCGCGTCAGGGTTAGCTTTTGCCACCCGCAGTGCTCCGGCAACCGCGCCGCCGGAGc < 2:1437611/150‑1 (MQ=255) cTTAAATCCCCGCCCCCTGGCTAAAATGCTCTTCCCCAAACACCCCGGTAGAAAGGTAGCGATCGCCACGATCGCAGATGATCGCCACCACCACCGCGTCAGGGTTAGCTTTTGCCACCCGCAGTGCTCCGGCAACCGCGCCGCCGGAGc < 2:230492/150‑1 (MQ=255) tAAATCCCCGCCCCCTGGCTAAAATGCTCTTCCCCAAACACCCCGGTAGAAAGGTAGCGATCGCCACGATCGCAGATGATCGCCACCACCACCGCGTCAGGGTTAGCTTTTGCCACCCGCAGTGCTCCGGCAACCGCGCCGCCGGAGCTg < 2:1317021/150‑1 (MQ=255) 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aaGGTAGCGATCGCCACGAGCGCAGATGATCGCCACCACCTCCTCGTCAGGGTTAGCTTTTGCCACCCGCAGTGCTCCGGCAACCGCGCCGCCGGAGCTGACGCCACAGAATATTCCTTCCCGCACCGCCAGTTCGCGCATTGGGTTTTc < 1:852551/150‑1 (MQ=255) aGGTAGCGATCGCCACGATCGCAGATGATCGCCACCACCACCGCGTCAGGGTTAGCTTTTGCCACCCGCAGTGCTCCGGCAACCGCGCCGCCGGAGCTGACGCCACAGAATATTCCTTCCCGCACCGCCAGTTCGCGCATGGTGTTTTcc < 1:383254/150‑1 (MQ=255) ggTAGCGATCGCCACGATCGCAGATGATCGCCACCACCACCGCGTCAGGGTTAGCTTTTGCCACCCGCAGTGCTCCGGCAACCGCGCCGCCGGAGCTGACGCCACAGAATATTCCTTCCCGCACCGCCAGTTCGCGCATGGTGTTTTCCg > 1:1659923/1‑150 (MQ=255) ggTAGCGATCGCCACGATCGCAGATGATCGCCACCACCACCGCGGCAGGGTTAGCTTTTGCCACCCGCAGTGCTCCGGCAACCGCGCCGCCGGAGCTGACGCCACAGAATATTCCTTCCCGCACCGCCAGTTCGCGCATGGTGTTTTCCg < 1:67515/150‑1 (MQ=255) tAGCGATCGCCACGATCGCAGATGATCGCCACCACCACCGCGTCAGGGTTAGCTTTTGCCACCCGCAGTGCTCCGGCACCCGCGCCGCCGGCGCTGCCGCCACAGAAGATTCCTTCCCGCACCGCCAGTTCGCGCATGGTGTTTTCCGcc > 2:1270410/1‑149 (MQ=255) tAGCGATCGCCACGATCGCAGATGATCGCCACCACCACCGCGTCAGGGTTAGCTTTTGCCACCCGCAGTGCTCCGGCAACCGCGCCGCCGGAGCTGACGCCACAGAATATTCCTTCCCGCACCGCCAGTTCGCGCATGGTGTTTTCCGCa > 1:1439585/1‑150 (MQ=255) tAGCGATCGCCACGATCGCAGATGATCGCCACCACCACCGCGTCAGGGTTAGCTTTTGCCACCCGCAGTGCTCCGGCAACCGCGCCGCCGGAGCTGACGCCACAGAATATTCCTTCCCGCACCGCCAGTTCGCGCATGGTGTTTTCCGCa < 2:1495029/150‑1 (MQ=255) ctgCGATCGTGGCGATCGCAGATGATCGCCACCACCACCGCGTCAGGGTTAGCTTTTGCCCCCCGCAGTGCTCCGGCCACCGCGCCGCCGGAGCGGCCGCCACAGAATATTCCTTCCCGCCCCGCCCGTTCGCGCATGGGGGTTTCCGcc > 1:1550664/3‑149 (MQ=255) ctgCGATCGTGGCGATCGCAGATGATCGCCACCACCACCGCGTCAGGGTTAGCTTTTGCCACCCGCAGTGCTCCGGCAACCGCGCCGCCGGCGCTGACGCCACAGAATATTCCTTCCCGCACCGCCAGTTCGCGCAAGGTGTTTTCCGCa > 1:1733752/3‑150 (MQ=255) gATCGCCACGATCGCAGATGATCGCCACCACCACCGCGTCAGGGTTAGCTTTTGCCACCCGCAGTGCTCCGGCAACCGCGCCGCCGGAGCTGACGCCACAGAATATTCCTTCCCGCACCGCCAGTTCGCGCATGGAGTTTTCCGCATcgc > 1:178417/1‑150 (MQ=255) gCCACGATCGCAGATGATCGCCACCACCACCGCGTCAGGGTTAGCTTTTGCCACCCGCAGTGCTCCGGCAACCGCGCCGCCGGAGCTGACGCCACAGAATATTCCTTCCCGCACCGCCAGTTCGCGCATGGTGTTTTCCGCATCGCGCtg > 2:903467/1‑150 (MQ=255) gCCACGATCGCAGATGATCGCCACCACCACCGCGTCAGGGTTAGCTTTTGCCACCCGCAGTGCTCCGGCAACCGCGCCGCCGGAGCTGACGCCACAGAATATTCCTTCCCGCACCGCCAGTTCGCGCATGGTGTTTTCCGCATCGCGCtg > 1:415515/1‑150 (MQ=255) | TTGCAGAAACCTTGTAGGCCTGATAAGCGTAGCGCATCAGGCAGTTTTGCGTTTGTCATCAGTCTCCGATGCTATTAATCCTTAAATCCCCGCCCCCTGGCTAAAATGCTCTTCCCCAAACACCCCGGTAGAAAGGTAGCGATCGCCACGATCGCAGATGATCGCCACCACCACCGCGTCAGGGTTAGCTTTTGCCACCCGCAGTGCTCCGGCAACCGCGCCGCCGGAGCTGACGCCACAGAATATTCCTTCCCGCACCGCCAGTTCGCGCATGGTGTTTTCCGCATCGCGCTG > NC_000913/2538591‑2538884 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |