Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_000913 | 2,581,678 | A→C | 6.4% | intergenic (+39/+56) | tktB → / ← ypfG | transketolase 2, thiamine triphosphate‑binding/DUF1176 family protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 2,581,678 | 0 | A | C | 6.4% | 253.1 / 4.3 | 94 | intergenic (+39/+56) | tktB/ypfG | transketolase 2, thiamine triphosphate‑binding/DUF1176 family protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (49/38); new base C (3/4); total (52/42) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.96e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
CGGGTTACGGGGAATCTGCTCCGGCGGATAAGCTGTTCCCGTTCTTTGGCTTTACCGCCGAGAATATTGTGGCAAAAGCGCATAAGGTGCTGGGAGTGAAAGGTGCCTGATGGTGATTGCCGGATGCTGATTGCCGGATGCGACGCTGACGCGTCTTATCCGGCCTACAGCGTCTTATCCGGCCTACATGTCCCGCCATTTTGTTTAACGGGTGATCCACAACGTGGGCCAGGCGTCTGGCCCATGCCAGTTATCGCAGGTGGGTTCTGCGGCGTAACGCACCAGGCGAAAACGCTGA > NC_000913/2581530‑2581827 | cGGGTTACGGGGAATCTGCTCCGGCGGATATGCTGTTCCCGTTCTTTGGCTTTACCGCCGAGAATATTGTGGCAAAAGCGCATAAGGTGCTGGGAGTGAAAGGTGCCTGATGGTGATTGCCGGATGCTGATTGCCGGATGCGACGCTGAc > 1:1523753/1‑150 (MQ=255) gTTACGGGGAATCTGCTCCGGCGGATAAGCTGTTCCCGTTCTTTGGCTTTACCGCCGAGAATATTGTGGCAAAAGCGCATAAGGTGCTGGGAGTGAAAGGTGCCTGATGGTGATTGCCGGATGCTGATTGCCGGATGCGACGCTGAcgcg > 1:1451658/1‑150 (MQ=255) aCGGGGAATCTGCTCCGGCGGATAAGCTGTTCCCGTTCTTTGGCTTTACCGCCGAGAATATTGTGGCAAAAGCGCATAAGGTGCTGGGAGTGAAAGGTGCCTGATGGTGATTGCCGGATGCTGATTGCCGGATGCGACGCTGACGCGTCt < 2:1632719/150‑1 (MQ=255) aCGGGGAATCTGCTCCGGCGGATAAGCTGTTCCCGTTCTTTGGCTTTACCGCCGAGAATATTCGGGCAAAAGCGCATAAGGTGCGGGGAGTGAAAGGTGCCTGATGGTGATTGCCGGATGCTGATTGCCGGATGCGACGCTGACGCGTCt < 1:104241/150‑1 (MQ=255) ggggAATCTGCTCCGGCGGATAAGCTGTTCCCGTTCTTTGGCTTTACCGCCGAGAATATTGTGGCAAAAGCGCATAAGGTGCTGGGAGTGAAAGGTGCCTGATGGTGATTGCCGGATGCTGATTGCCGGATGCGACGCTGACGCGTCTTa > 2:140140/1‑150 (MQ=255) gggAATCTGCTCCGGCGGATAAGCTGTTCCCGTTCTTTGGCTTTACCGCCGAGAATATTGTGGCAAAAGCGCATAAGGTGCTGGGAGTGAAAGGTGCCTGATGGTGATTGCCGGATGCTGATTGCCGGATGCGACGCTGACGCGTCTTAt > 1:91423/1‑150 (MQ=255) ggAAACTTCTCCGGCGGAAAAGCTGTTCCCGTTCTTTGGCTTTACCGCCGAGAATATTGTGGCAAAAGCGCATAAGGGGCTGGGAGTGAAAGGGGCCTGATGGTGATTGCCGGATGCTGATTGCCGGATGCGACGCTGACGCGTCTTATc < 1:655344/150‑1 (MQ=255) aTCTGCTCCGGCGGATAAGCTGTTCCCGTTCTTTGGCTTTACCGCCGAGAATATTGTGGCAAAAGCGCATAAGGTGCTGGGAGTGAAAGGTGCCTGATGGGGATTGCCGGATGCTGATTGCCGGATGCGACGCTGACGCGTCTTATCCgg < 2:1721671/150‑1 (MQ=255) tCTGCTCCGGCTGATAAGCTCTTAACGTTCTTTGGCTTTACCTCCGTGAATATCGTGGCTAACGCGCATAAGGTGCTGGGAGGCAAAGGAGCCTGATGGTGATTGCCGTATGCTGATTGCCGGATAAGACGCGTCAGCGTCGCATCCGGc < 2:288001/150‑1 (MQ=255) tCTGCTCCGGCGGATAAGCTGTTCCCGTTCTTTGGCTTTACCGCCGAGAATATTGTGGCAAAAGCGCATAAGGTGCTGGGAGTGAAAGGTGCCTGATGGTGATTGCCGGATGCTGATTGCCGGATGCGACGCTGACGCGTCTTATCCGGc < 1:382351/150‑1 (MQ=255) cTGCTCCGGCGGATAAGCTGTTCCCGTTCTTTGGCTTTACCGCCGAGAATATTGTGGCAAAAGCTCATAAGGTGCTGGGAGTGAAAGGTGCCTGATGTTGATTGCCGGATGCTGATTGCCGGATGCGACGCTGACGCGTCTTATCCGGcc > 2:1466308/1‑150 (MQ=255) cTGCTCCGGCGGATAAGCTGTTCCCGTTCTTTGGCTTTACCGCCGAGAATATTGAGGCAAAAGCGCATAAGGTGCTGGGAGTGAAAGGTGCCTGATGGTGATTGCCGGATGCTGATTGCCGGATGCGACGCTGACGCGTCTTATCCGGcc < 2:213486/150‑1 (MQ=255) cTGCTCCGGCGGATAAGCTGTTCCCGTGCTTTGGCTTTACCGCCGAGAATATTGTGGCAAAAGCGCAT‑AGGTGCTGGGAGTGAAAGGTGCCTGATGGTGATTGCCGGATGCTGATTGCCGGATGCGACGCTGACGCGTCTTATCCGGCCt < 1:40372/150‑1 (MQ=255) 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aGCTGTTCCCGTTCTTTGGCTTTACCGCCGAGAATATTGTGGCAAAAGCGCATAAGGTGCTGGGAGTGAAAGGTGCCTGATGGTGATTGCCGGATGCTGATTGCCGGATGCGACGCTGACGCGTCTTATCCGGCCTACAGCGTCTTATcc < 2:641075/150‑1 (MQ=255) aGCTGTTCCCGTTCTTTGGCTTTACCGCCGAGAATATTGTGGCAAAAGCGCATAAGGTGCTGGGAGTGAAAGGTGCCTGATGGTGATTGCCGGATGCTGATTGCCGGATGCGACGCTGACGCGTCTTATCCGGCCTACAGCGTCTTATcc > 2:26670/1‑150 (MQ=255) gCTGTTCCCGTTCTTTGGCTTTACCGCCGAGAATATTGTGGCAAAAGCGCATAAGGTGCTGGGAGTGAAAGGTGCCTGATGGTGATTGCCGGATGCTGATTGCCGGATGCGACGCTGACGCGTCATATCCGGCCTACAGCGTCTTATCCg > 1:898814/1‑150 (MQ=255) cTGTTCCCGTTCTTTGGCTTTACCGCCGAGAATATTGTGGCAAAAGCGCATAAGGTGCTGGGAGTGAAAGGTGCCTGATGGTGATTGCCGGATGCTGATTGCCGGATGCGACGCTGACGCGTCTTATCCGGCCTACAGCGTCTTATCCgg > 1:1427105/1‑150 (MQ=255) cTGTTCCCGTTCTTTGGCTTTACCGCCGAGAATATTGTGGCAAAAGCGCATAAGGTGCTGGGAGTGAAAGGTGCCTGATGGTGATTGCCGGATGCTGATTGCCGGATGCGACGCTGACGCGTCTTATCCGGCCTACAGCGTCTTATCCgg > 2:888948/1‑150 (MQ=255) 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ccggatgcGACGCTGACGCGTCTTATCCGGCCTACAGCGTCTTATCCGGCCTACATGTCCCGCCATTTTGTTTAACGGGTGATCCACAACGTGGGCCAGGCGTCTGGCCCATGCCAGTTATCGCAGGTGGGTTCTGCGGCGTAACGCAcc > 2:1398265/1‑150 (MQ=255) ccggatgcGACGCTGACGCGTCTTATCCGGCCTACAGCGTCTTATCCGGCCTACATGTCCCGCCATTTTGTTTAACGGGTGATCCACAACGTGGGCCAGGCGTCTGGCCCATGCCAGTTATCGCAGGTGGGTTCTGCGGCGTAACGCAcc > 2:1405192/1‑150 (MQ=255) atgcGACGCTGACGCGTCTTATCCGGCCTACAGCGTCTTATCCGGCCTACATGTCCCGCCATTTTGTTTAACGGGTGATCCACAACGTGGGCCAGGCGTCTGGCCCATGCCAGTTATCGCAGGTGGGTTCTGCGGCGTAACGCACCAGGc < 2:662279/150‑1 (MQ=255) tgcGACGCTGACGCGTCTTATCCGGCCTACAGCGGCTTATCCGGCCTACATGTCCCGCCATTTTGTTTAACGGGTGATCCACAACGTGGGCCAGGCGTCTGGCCCATGCCAGTTATCGCAGGTGGGTTCTGCGGCGTAACGCACCAGGCg < 2:530941/150‑1 (MQ=255) gcGACGCTGACGCGTCTTATCCGGCCTACAGCGTCTTAACCGGCATACATGTCCCGCCATTTTGTTTAACGGGTGATCCACAACGTGGGCCAGGCGTCTGGCCCATGCCAGTTATCGCAGGTGGGTTCTGCGGCGTAACGCACCAGGCGa > 1:531615/1‑150 (MQ=255) 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aCGCGTCTTATCCGGCCTACAGCGTCTTATCCGGCCTACATGTCCCGCCATTTTGTTTAACGGGTGATCCACAACGTGGGCCAGGCGTCTGGCCCATGCCAGTTATCGCAGGTGGGTTCTGCGGCGTAACGCACCAGGCGAAAACGCTGa < 2:983881/150‑1 (MQ=255) | CGGGTTACGGGGAATCTGCTCCGGCGGATAAGCTGTTCCCGTTCTTTGGCTTTACCGCCGAGAATATTGTGGCAAAAGCGCATAAGGTGCTGGGAGTGAAAGGTGCCTGATGGTGATTGCCGGATGCTGATTGCCGGATGCGACGCTGACGCGTCTTATCCGGCCTACAGCGTCTTATCCGGCCTACATGTCCCGCCATTTTGTTTAACGGGTGATCCACAACGTGGGCCAGGCGTCTGGCCCATGCCAGTTATCGCAGGTGGGTTCTGCGGCGTAACGCACCAGGCGAAAACGCTGA > NC_000913/2581530‑2581827 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |