| Predicted mutation | |||||||
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| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | NC_000913 | 2,654,144 | 0 | T | A | 9.4% | 388.1 / 22.1 | 144 | noncoding (290/304 nt) | ryfA | novel sRNA, function unknown |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (75/55); new base A (9/5); total (84/60) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.78e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.95e-01 | |||||||||||
Only 100 of 145 total aligned reads displayed.
CGCACAATGAAGATACGGTGCTTTTGTATCGTACTTATTGTTTCTGGTGCGCTGTTAACCGAGGTAAATAATAACCGGAGTCTCTCCGGCGACAATTTACTGGTGGTTAACAACCTTCAGAGCAGCAAGTAAGCCCGAATGCCGCCCTTTGGGCGGCATATTTTAGATTATCCGATTCTGTTTAAAGTCACGCAAAAAACCACCCCAGCGACGTTCATAGAATGGCGCAATATGTTCGGTAATAAAGTGGCTAATTCCTTTTTCCCCTTTTTTCACCTGACAAATATCGATTGGTT > NC_000913/2653995‑2654290 | cGCACAATGAAGATACGGTGCTTTTGTATCGTACTTATTGTTTCTGGTGCGCTGTTAACCGAGGTAAATAATAACCGGAGTCTCTCCGGCGACAATTTACTGGTGGTTAACAACCTTCAGAGCAGCAAGTAAGCCCTAATGCCGCCCttt > 2:652881/1‑150 (MQ=255) gCACAATGAAGATACGGTGCTTTTGTATCGTACTTATTGTTTCTGGTGCGCTGTTAACCGAGGTAAATAATAACCGGAGTCTCTCCGGCGACAATTTACTGGTGGTTAACAACCTTCAGAGCAGCAAGTAAGCCCGAATGCCGCCCTTTg > 1:633064/1‑150 (MQ=255) acaATGAAGATTCGGTGCTTATGTATCGTACTTATTGTTTCTGGTGCGCTGTTAACCGAGGTAAATAATATCCGGAGTCTCTCCGGCGACAATTTACTGGTGGTTAACAACCTTCAGAGCATCAAGTAAGCCCGAATGCCGCCCTTTggg < 1:119516/150‑1 (MQ=255) acaATGAAGATACGGTGCTTTTGTATCGTACTTATTGTTTCTGGTGCGCTGTTAACCGAGGTAAATAATAACCGGAGTCTCTCCGGCGACAATTTACTGGTGGTTAACAACCTTCAGAGCAGCAAGTAAGCCCGAATGCCGCCCTTTggg < 2:488309/150‑1 (MQ=255) caATGAAGATACGGTGCTTTTGTATCGTACTTATTGTTTCTGGTGCGCTGTTAACCGAGGTAAATAATAACCGGAGTCTCTCCGGCGACAATTTACTGGTGGTTAACAACCTTCAGAGCAGCAAGTAAGCCCGAATGCCGCCCTTTGggc > 2:152531/1‑150 (MQ=255) caATGAAGATACGGTGCTTTTGTAACGTACTTATTGTTTCTGGTGCGCTGTTAACCGAGGTAAATAATAACCGGAGTCTCTCCGGCGACAATTTACTGGTGGTTAACAACCTTCAGAGCAGCAAGTAAGCCCGAATGCCGCCCTTTGggc < 2:919977/150‑1 (MQ=255) aaGATACGGTGCTTTTGTATCGTACTTATTGTTTCTGGTGCGCTGTTAACCGAGGTAAATAATAACCGGAGTCTCTCCGGCGACAATTTACTGGTGGTTAACAACCTTCAGAGCAGCAAGTAAGCCCGAATGCCGCCCAAAGGGCGGCat < 1:1370236/150‑1 (MQ=255) gATACGGTGCTTTTGTATCGTACTTATTGTTTCTGGTGCGCTGTTAACCGAGGTAAATAATAACCGGAGTCTCTCCGGCGACAATTTACTGGTGGTTAACAACCTTCAGAGCAGCAAGTAAGCCCGAATGCCGCCCTTTGGGCGGCatat > 2:1326759/1‑150 (MQ=255) gATACGGTGCTTTTGTATCGTACTTATTGTTTCTGGTGCGCTGTTAACCGAGGTAAATAATAACCGGAGTCTCTCCGGCGACAATTTACTGGTGGTTAACAACCTTCAGAGCAGCAAGTAAGCCCGAATGCCGCCCTTTGGGCGGCatat > 2:1502819/1‑150 (MQ=255) gATACGGTGCTTTTGTATAGTACTTATTGTTTCTGGTGCGCTGTTAACCGAGGTAAATAATAACCGGAGGCTCTCCGGCGACAATTTACTGGTGGTTAACAACCTTCAGAGCAGCAAGTAAGCCCGAATGCCGCCCAAAGGGCGGCattc < 1:66587/150‑3 (MQ=255) ccGGTGCTTTTGTATCGTCCTAATTGTATCGGGTGCGCTGTTAACCGCGCTAAATAATAACCGGAGGCGCACCGGCGACAATTTACTGGTGGTTAACAACCTGCAGCGCCGCAAGTAAGCCCGACTGCCGCCCACAGGGCGGCattcggg < 1:926216/149‑6 (MQ=255) cGGTGCTTTTGTATCGTACTTATTGTTTCTGGTGCGCTGTTAACCGAGGTAAATAATAACCGGAGTCTCTCCGTCGACAATTTACTGTTGGTTAACAAACTTCAGAGCAGCAAGTAAGCCAGAATGCCGCCCTTAGGGCGGCATATTTTa > 1:86299/1‑150 (MQ=255) cGGTGCTTTTGTATCGTACTTATTGTTTCTGGTGCGCTGTTAACCGAGGTAAATAATAACCGGAGTCTCTCCGGCGACAATTTACTGGTGGTTAACAACCTTCAGAGCAGCAAGTAAGCCCGAATGCCGCCCTTTGTGCGGCATATTTTa > 1:1708017/1‑150 (MQ=255) 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ataTGCCGCCCAAAGGGCGGCATATTTTAGATTATCCGATTCTGTTTAAAGTCACGCAAAAAACCACCCCAGCGACGTTCATAGAATGGCGCAATATGTTCGGTAATAAAGTGGCTAATTCCTTTTTCCCCTTTTTTCACCTGACAAata > 2:41710/3‑150 (MQ=255) ataTGCCGCCCAAAGGGCGGCATATTTTAGATTATCCGATTCTGTTTAAAGTCACGCAAAAAACCACCCCAGCGACGTTCATAGAATGGCGCAATATGTTCGGTAATAAAGTGGCTAATTCCTTTTTCCCCTTTTTTCACCTGACAAata > 2:745145/3‑150 (MQ=255) aTGCCGCCCTTTGGGCGGCATATTTTAGATTATCCGATTCTGTTTAAAGTCACGCAAAAAACCACCCCAGCGACGTTCATAGAATGGCGCAATATGTTCGGTAATAAAGTGGCTAATTCCTTTTTCCCCTTTTTTCACCTGACAAATATc < 1:921130/150‑1 (MQ=255) gccgccCTTTGGGCGGCATATTTTAGATTATCCGATTCTGTTTAAAGTCACGCAAAAAACCACCCCAGCGATGTTCATAGAATGGCGCAATATGTTCGGTAATAAAGTGGCTAATTCCTTTTTCCCCTTTTTTCACCTGACAAATATCGa < 1:1326759/150‑1 (MQ=255) cgccCTTTGGGCGGCATATTTTAGATTATCCGATTCTGTTTAAAGTCACGCAAAAAACCACCCCAGCGACGTTCATAGAATGGCGCAATATGTTCGGTAATAAAGTGGCTAATTCCTTTTTCCCCTTTTTTCACCTGACAAATATCGAtt < 2:1499027/150‑1 (MQ=255) 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cTTTGGGCGGCATATTTTAGATTATCCGATTCTGTTTAAAGTCACGCAAAAAACCACCCCAGCGACGTTCATAGAATGGCGCAATATGTTCGGTAATAAAGTGGCTAATTCCTTTTTCCCCTTTTTTCACCTGACAAATATCGATTGGtt < 1:1245438/150‑1 (MQ=255) cTTTGGGCGGCATATTTTAGATTATCCGATTCTGTTTAAAGTCACGCAAAAAACCAACCCAGCGACGTTCATAGAATTGCGCAATATGTTCGGTAATAAAGTGGCTAATTCCTTTTTCCCCTTTTTTCACCTGACAAATATCGATTGGtt < 1:1147445/150‑1 (MQ=255) | CGCACAATGAAGATACGGTGCTTTTGTATCGTACTTATTGTTTCTGGTGCGCTGTTAACCGAGGTAAATAATAACCGGAGTCTCTCCGGCGACAATTTACTGGTGGTTAACAACCTTCAGAGCAGCAAGTAAGCCCGAATGCCGCCCTTTGGGCGGCATATTTTAGATTATCCGATTCTGTTTAAAGTCACGCAAAAAACCACCCCAGCGACGTTCATAGAATGGCGCAATATGTTCGGTAATAAAGTGGCTAATTCCTTTTTCCCCTTTTTTCACCTGACAAATATCGATTGGTT > NC_000913/2653995‑2654290 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |