Predicted mutation | |||||||
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RA | NC_000913 | 314,573 | G→C | 5.1% | pseudogene (217/872 nt) | eaeH → | pseudogene, attaching and effacing protein homology;factor; Not classified |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | NC_000913 | 314,573 | 0 | G | C | 5.1% | 359.9 / 6.8 | 113 | pseudogene (217/872 nt) | eaeH | pseudogene, attaching and effacing protein homology;factor; Not classified |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (56/51); new base C (2/4); total (58/55) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.30e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.41e-01 |
Only 100 of 118 total aligned reads displayed.
CGTGGGCAAATATCTCTGTTCAGGTTCTTTTTCCACTCGCTGTCACCTTTACCCCAGTAATGGCGGCACGTGCGCAGCATGCGGTTCAGCCACGGTTGAGCATGGGAAATACTACGGTAACTGCTGATAATAACGTGGAGAAAAATGTCGCGTCGTTTGCCGCAAATGCCGGGACATTTTTAAGCAGTCAGCCAGATAGCGATGCGACACGTAACTTTATTACCGGAATGGCCACAGCTAAAGCTAACCAGGAAATACAGGAGTGGCTCGGGAAATATGGTACTGCGCGCGTCAAACTG > NC_000913/314424‑314722 | cgtggGCAAATATCTCTGTTCAGGTTCTTTTTCCACTCGCTGTCACCTTTACCCCAGTAATGGCGGCACGTGCGCAGCATGCGGTTCAGCCACGGTTGAGCATGGGAAATACTACGGTAACTGCTGATAATAACGTGGAGAAAAATGTcg > 1:1705852/1‑150 (MQ=255) gtggGCAAATATCTCTGTTCAGGTTCTTTTTCCACTCGCTGTCACCTTTACCCCGGTAATGGCGGCACGTGCGCAGCATGCGGTTCAGCCACGGTTGAGCATGGGAAATACTACGGTAACTGCTGATAATAACGTGGAGAAAAATGTcgc < 1:357622/150‑1 (MQ=255) tggGCAAATATCTCTGTTCAGGTTCTTTTTCCACTCGCTGTCACCTTTACCCCAGTAATGGCGGCACGTGCGCAGCATGCGGTTCAGCCACGGTTGAGCATGGGAAATACTACGGTAACTGCTGATAATAACGTGGAGAAAAATGTcgcg > 2:1265310/1‑150 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |