| Predicted mutation | |||||||
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| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,757,418 | 0 | C | A | 7.1% | 363.0 / 15.5 | 127 | intergenic (+18/+226) | intA/yfjH | CP4‑57 prophage; integrase/CP4‑57 prophage; uncharacterized protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (58/60); new base A (4/5); total (62/65) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.20e-01 | |||||||||||
Only 100 of 132 total aligned reads displayed.
GCGCTTATAACCGCAGTGATTATCTTGAGCAACGTCGTCCGATGATGCAATGGTGGGCTGATCTCGTAAAAGCAGCAGATAGTGGTAGCATCGTTTTAACTCATTTGAGCAAAATTCGTCTTGTCGGATAAAATATTTATCAGCCCAGCTCTCTGGGCTGATATTTCTAAAAGATCGCACTAAATAGCTACGCGGAATAGTGCTCTACTTTCGTTTAGCCCTTTCAGAGGTAAGACATTAGGGCAATTTCACTGTATGACTGCGCAGTCATCGAGTCTGTGGGGTGTTGCTCCTTTTG > NC_000913/2757270‑2757567 | gcgcTTATAACCGCAGTGATTATCTTGAGCAACGTCGTCCGATGATGCAATGGTGGGCTGATCTCGTAAAAGCAGCAGATAGTGGTAGCATCGTTTTAACTCATTTGAGCAAAATTCGTCTTGTCGGATAAAATATTTATCAGCCCAGct > 1:1036878/1‑150 (MQ=255) cgcTTATAACCGCAGTGATTATCTTGAGCAACGTCGTCCGATGATGCAATGGTGGGCTGATCTCGTAAAAGCAGCAGATAGTGGTAGCATCGTTTTAACTCATTTGATCAAAATTCGTCTTGTCGGATAAAATATTTATCAGCCCAGctc > 2:1178059/1‑150 (MQ=255) cgcTTATAACCGCAGTGATTATCTTGAGCAACGTCGTCCGATGATGCAATGGTGGGCTGATCTCGTAAAAGCAGCAGATAGTGGTAGCATCGTTTTAACTCATTTGAGCAAAATTCGTCTTGTCGGATAAAATATTTATCAGCCCAGctc < 1:993346/150‑1 (MQ=255) 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aTCAGCCCAGCTCTCTGGGCTGATATTTCTAAAAGATCGCACTAAATAGCTACGCGGAATAGTGCTCTACTTTCGTTTAGCCCTTTCAGAGGTAAGACATTAGGGCAATTTCACTGTATGACTGCGCAGTCATCGAGTCTGTGGGGTGtt > 1:571316/1‑150 (MQ=255) aTCAGCCCAGAGAGCTGGGCTGATATTTCTAAAAGATCGCACTAAATAGCTACGCGGAATAGTGCTCTACTTTCGTTTAGCCCTTTCGGAGGTAAGACATTAGGGCAATTTCACTGTATGACTGCGCAGTCATCGAGTCTGTGGGGTGtt > 2:711888/1‑150 (MQ=255) tCAGCCCAGCTCTCTGGGCTGATATTTCTAAAAGATCGCACTAAATAGCTCCGCGGAATAGTGCTCTACTTTCGTTTAGCCCTTTCAGAGGTAAGACATTAGGGCAATTTCACTGTATGACTGCGCAGTCATCGAGTCTGTGGGGTGTTg < 2:605548/150‑1 (MQ=255) tCAGCCCAGAGAGCTGGGCTGATATTTCTAAAAGATCGCACTAAATAGCGACGCGGAATAGTGCTCTACTTTCGTTTAGCCCTTTCAGAGGTAAGACATTAGGGCAATTTCACTGTATGACTGCGCAGTCATCGAGTCTGTGGGGTGTTg > 1:832679/1‑150 (MQ=255) cAGCCCAGCTCTCTGGGCTGATATTTCTAAAAGATCGCACTAAATAGCTACGCGGAATAGTGCTCTACTTTCGTTTAGCCCTTTCAGAGGTAAGACATTAGGGCAATTTCACTGTATGACTGCGCAGTCATCGAGTCTGTGGGGTGTTGc > 2:1041306/1‑150 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |