| Predicted mutation | |||||||
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| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,757,420 | 0 | C | A | 7.6% | 349.6 / 10.8 | 127 | intergenic (+20/+224) | intA/yfjH | CP4‑57 prophage; integrase/CP4‑57 prophage; uncharacterized protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (56/60); new base A (6/5); total (62/65) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.60e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 131 total aligned reads displayed.
CGCTTATAACCGCAGTGATTATCTTGAGCAACGTCGTCCGATGATGCAATGGTGGGCTGATCTCGTAAAAGCAGCAGATAGTGGTAGCATCGTTTTAACTCATTTGAGCAAAATTCGTCTTGTCGGATAAAATATTTATCAGCCCAGCTCTCTGGGCTGATATTTCTAAAAGATCGCACTAAATAGCTACGCGGAATAGTGCTCTACTTTCGTTTAGCCCTTTCAGAGGTAAGACATTAGGGCAATTTCACTGTATGACTGCGCAGTCATCGAGTCTGTGGGGTGTTGCTCCTTTTG > NC_000913/2757271‑2757567 | cgcTTATAACCGCAGTGATTATCTTGAGCAACGTCGTCCGATGATGCAATGGTGGGCTGATCTCGTAAAAGCAGCAGATAGTGGTAGCATCGTTTTAACTCATTTGATCAAAATTCGTCTTGTCGGATAAAATATTTATCAGCCCAGctc > 2:1178059/1‑150 (MQ=255)cgcTTATAACCGCAGTGATTATCTTGAGCAACGTCGTCCGATGATGCAATGGTGGGCTGATCTCGTAAAAGCAGCAGATAGTGGTAGCATCGTTTTAACTCATTTGAGCAAAATTCGTCTTGTCGGATAAAATATTTATCAGCCCAGctc < 1:993346/150‑1 (MQ=255) cTTATAACCGCAGTGATTATCTTGAGCAACGTCGTCCGATGATGCAATGGTGGGCTGATCTCGTAAAAGCAGCAGATAGTGGTAGCATCGTTTTAACTCATTTGAGCAAAATTCGTCTTGTCGGATAAAATATTTATCAGCCCAGctctc > 1:1121043/1‑150 (MQ=255) 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tatTTATCAGCCCAGCTCTCTGGGCTGATATTTCTAAAAGATCGCACTAAATAGCTACGCGGAATAGTGCTCTACTTTCGTTTAGCCCTTTCAGAGGTAAGACATTAGGGCAATTTCACTGTATGACTGCGCAGTCATCGAGTCTGTggg > 1:1042514/1‑150 (MQ=255) atTTATCAGCCCAGCTCTCTGTGCTGATATTTCTAAAAGATCGCACTAAATAGCTACGCGGAATAGTGCTCTACTTTCGTTTAGCCCTTTCAGAGGTAAGACATTAGGGCAATTTCACTGTATGACTGCGCAGTCATCGAGTCTGTgggg < 2:371384/150‑1 (MQ=255) atTTATCAGCCCAGCTCTCTGGGCTGATATTTCTAAAAGATCGCACTAAATAGCTACGCGGAATAGTGCTCTACTTTCGTTTAGCCCTTTCAGAGGTAAGACATTAGGGCAATTTCACTGTATGACTGCGCAGTCATCGAGTCTGTgggg > 2:435367/1‑150 (MQ=255) tATCAGCCCAGAGAGCTGGGCTGATATTTCTAAAAGATCGCACTAAATAGCTACGCGGAATAGTGCTCTACTTTCGTTTAGCCCTTTCAGAGGTAAGACATTAGGGCTATTTCACTGTATGACTGCGCAGTCATCGAGTGTGTGGGgtgt > 1:173193/1‑150 (MQ=255) aTCAGCCCAGCTCTCTGGGCTGATATTTCTAAAAGATCGCACTAAATAGCTACGCGGAATAGTGCTCTACTTTCGTTTAGCCCTTTCAGAGGTAAGACATTAGGGCAATTTCACTGTATGACTGCGCAGTCATCGAGTCTGTGGGGTGtt > 1:571316/1‑150 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |