| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 2,760,589 | C→A | 5.5% | R15R (CGG→AGG) | yfjJ → | CP4‑57 prophage; uncharacterized protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,760,589 | 0 | C | A | 5.5% | 382.7 / 4.7 | 133 | R15R (CGG→AGG) | yfjJ | CP4‑57 prophage; uncharacterized protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (64/59); new base A (7/3); total (71/62) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.37e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 135 total aligned reads displayed.
CTCTAAACCCAGTTCGGATAAAAGCTTGTCATCTTGATAGGTAATATATAGGTACATAGACACATCAGAACGATCACTTACTCCAATATCATTGGCCAGGATACTATATGACATACGATAGTGAATTCGGATCACATGTATCCCTATATCGGGATAGAATCAAACAGGTTATTGATGACTCCCTAAACGAACATCTTAACTCAATGATTCTACGTGTTGATCTGCATGACCCAATTGATACAGAAAATATGGATAACCCATTCTTTCAACCCAGGGTTGACTCTGGTGCTATATCTCGC > NC_000913/2760440‑2760738 | ctctAAACCCAGTTCGGATAAAAGCTTGTCATCTTGATAGGTAATATATAGGTACATAGACACATCAGAACGATCACTTACTCCAATATCATTTGCCAGGATACTATATGACATACGATAGTGAATTCGGATCACATGTATCCCTATATc > 1:1027366/1‑150 (MQ=255) tctAAACCCAGTTCGGATAAAAGCTTGTCATCTTGATAGGTAATATATAGGTACATAGACACATCAGAACGATCACTTACTCCAATATCATTGGCCAGGATACTATATGACATACGATAGTGAATTCGGATCACATGTATCCCTATATCg < 2:676363/150‑1 (MQ=255) ctAAACCCAGTTCGGATAAAAGCTTGTCATCTTGATAGGTAATATATAGGTACATAGACACATCAGAACGATCACTTACTCCAATATCATTGGCCAGGATACTATATGACATACGATAGTGAATTCGGATCACATGTATCCCTATATCgg < 2:218292/150‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |