| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 2,788,673 | A→T | 6.3% | intergenic (+24/‑312) | ygaQ → / → csiD | uncharacterized protein; putative enzyme/carbon starvation protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,788,673 | 0 | A | T | 6.3% | 354.2 / 8.7 | 125 | intergenic (+24/‑312) | ygaQ/csiD | uncharacterized protein; putative enzyme/carbon starvation protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (48/69); new base T (4/4); total (52/73) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.18e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.54e-01 | |||||||||||
Only 100 of 128 total aligned reads displayed.
GAAAAATTATCCCCCCTGGTAAAGTATTTACGCTTAGAGGCGGAACTCTAAATATCAATATTCCTGGGCGTAGCGCTCTTCTTTTAGGGAAAACAGGAGAACCGCCGAACTATCTCTATTTATAATTTAATGTTATATCTGCCCCGATAAAACGGGGCAGATAATATGTTTAGTTTACTAACGGTCATTTTGCAGTGAAGCCATTTACTGTTTTTTATCGACCAGATAATCTGTTCTCTAATGTTAACTCCCCCTAACCTGTTGCTTTAGTTATTCATTTCCTGTCTCACTTTGCCTT > NC_000913/2788525‑2788822 | gAAAAATTATCCCCCCTGGTAAAGTATTTACGCTTAGAGGCGGAACTCTAAATATCAATATTCCTGGGCGTAGCGCTCTTCTTTTAGGGAAAACAGGAGAACCGCCGAACTATCTCTATTTATAATTTAATGTTATATCTGCCCCGATaa > 1:587261/1‑150 (MQ=255) aaaaaTTATCCCCCCTGGGAAAGTATTTCCGCTTAGAGGCGGAACGCTAAATATCAAGATTCCTGGGCGTAGCGCTCTTCTTTTAGGGAAAACAGGAGAAACGCCGAACTATCTCTATTTATAATTTTATGTTATATCTGCCGCGATaaa > 2:264487/1‑150 (MQ=255) aaTTATCCCCCCTGGTAAAGTATTTACGCTTAGAGGCGGAACTCTAAATATCAATATTCCTGGGCGTAGCGCTCTTCTTTTAGGGAAAACAGGAGAACCGCCGAACTATCTCTATTTATAATTTAATGTTATATCTGCCCCGATAAAACg > 2:852125/1‑150 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |