| Predicted mutation | |||||||
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| RA | NC_000913 | 314,578 | G→A | 5.3% | pseudogene (222/872 nt) | eaeH → | pseudogene, attaching and effacing protein homology;factor; Not classified |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | NC_000913 | 314,578 | 0 | G | A | 5.3% | 365.8 / 5.9 | 115 | pseudogene (222/872 nt) | eaeH | pseudogene, attaching and effacing protein homology;factor; Not classified |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (56/52); new base A (2/4); total (59/56) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.34e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.24e-01 | |||||||||||
Only 100 of 116 total aligned reads displayed.
ATATCTCTGTTCAGGTTCTTTTTCCACTCGCTGTCACCTTTACCCCAGTAATGGCGGCACGTGCGCAGCATGCGGTTCAGCCACGGTTGAGCATGGGAAATACTACGGTAACTGCTGATAATAACGTGGAGAAAAATGTCGCGTCGTTTGCCGCAAATGCCGGGACATTTTTAAGCAGTCAGCCAGATAGCGATGCGACACGTAACTTTATTACCGGAATGGCCACAGCTAAAGCTAACCAGGAAATACAGGAGTGGCTCGGGAAATATGGTACTGCGCGCGTCAAACTGAAT > NC_000913/314433‑314725 | atatCTCTGTTCAGGTTCTTTTTCCACTCGCTGTCACCTTTACGAAAGTAATGGCGGCACTTGCTAAGCAAGCGGTTCAGCCAAGGTTGAGCATGGGAAATACTACGGTAACTGCTGATAATAACGTGGAGAAAAATGTCGCGTCGTTTg > 1:290248/1‑150 (MQ=255)atatCTCTGTTCAGGTTCTTTTTCCACTCGCTGTCACCTTTACCCCAGTAATGGCGGCACGTGCGCAGCATGCGGTTCAGCCACGGTTGAGCATGGGAAATACTACGGTAACTGCTGATAATAACGTGGAGAAAAATGTCGCGTCGTTTg < 1:398530/150‑1 (MQ=255) tatCTCTGTTCAGGTTCTTTTTCCACTCGCTGTCACCTTTACCCCAGTAATGGCGGCACGTGCGCAGCATGCGGTTCAGCCACGGTTGAGCATGGGAAATACTACGGTAACTGCTGATAATAACGTGGAGAAAAATGTCGCGTCGTTTGc < 2:600070/150‑1 (MQ=255) atCTCTGTTCAGGTTCTTTTTCCACTCGCTGTCACCTTTACCCCAGTAATGGCGGCACGTGCGCAGCATGCGGTTCAGCCACGTTTGAGCATGGGAAATACAACGGTAACTGCTGATAATAACGAGGAGAAAAAAGTCGCGTCCTTTccc > 1:95455/1‑150 (MQ=255) atCTCTGTTCAGGTTCTTTTTCCACTCGCTGTCACCTTTACCCCAGTAATGGCGGCACGTGCGCAGCATGCGGTTCAGCCACGGTTGAGCATGGGAAATACTACGGTAACTGCTGATAATAACGTGGAGAAAAATGTCGCGTCGTTTGcc < 1:36785/150‑1 (MQ=255) ctctGTTCAGGTTCTTTTTCCACTCGCTGTCACGTTTACCCCAGTAATGGCGGCACGTGCGCAGCATGCGGTTCAGCCACGGTTGAGCATGGGAAATACTACGTTAACTGCTGATAATAACGTGGTGAAAAATGTCCCGGCATTTGCGGc < 1:779121/150‑1 (MQ=255) ctctGTTCAGGTTCTTTTTCCACTCGCTGTCACCTTTACCCCAGTAATGGCGGCACGTGCGCAGCATGCGGTTCAGCCACGGTTGAGCATGGGAAATACTACGGTAACTGCTGATAATAACGTGGAGAAAAATGTCGCGTCGTTTGCCGc > 1:1691579/1‑150 (MQ=255) tGTTCAGGTTCTTTTTCCACTCGCTGTCACCTTTACCCCAGTAATGGCGGCACGTGCGCAGCTTGCGGTTCAGCCACGGTTGAGCATGGGAAATACTACGGTAACTGCTGATAATAACGTGGAGAAAAATGTCGCGTCGTTTGCCGCaaa > 2:1685611/1‑150 (MQ=255) 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gcgTCGTTTGCCGCAAATGCCGGGACATTTTTAAGCAGTCAGCCAGATAGCGATGCGACACGTAACTTTATTACCGGAATGGCCACAGCTAAAGCTAACCAGGAAATACAGGAGTGGCTCGGGAAATATGGTACTGCGCGCGTCAAAccg > 1:372720/1‑148 (MQ=255) tcgtTTGCCGCAAATGCCGGGACATTTTTAAGCAGTCAGCCAGATAGCGATGCGACACGTAACTTTATTACCGGAATGGCCACAGCTAAAGCTAACCAGGAAATACAGGAGTGGCTCGGGAAATATGGTACTGCGCGCGTCAAACTGAAt < 1:686200/150‑1 (MQ=255) | ATATCTCTGTTCAGGTTCTTTTTCCACTCGCTGTCACCTTTACCCCAGTAATGGCGGCACGTGCGCAGCATGCGGTTCAGCCACGGTTGAGCATGGGAAATACTACGGTAACTGCTGATAATAACGTGGAGAAAAATGTCGCGTCGTTTGCCGCAAATGCCGGGACATTTTTAAGCAGTCAGCCAGATAGCGATGCGACACGTAACTTTATTACCGGAATGGCCACAGCTAAAGCTAACCAGGAAATACAGGAGTGGCTCGGGAAATATGGTACTGCGCGCGTCAAACTGAAT > NC_000913/314433‑314725 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |