| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 2,827,198 | G→C | 5.4% | A269A (GCG→GCC) | srlE → | glucitol/sorbitol‑specific enzyme IIB component of PTS |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,827,198 | 0 | G | C | 5.4% | 286.0 / 6.3 | 92 | A269A (GCG→GCC) | srlE | glucitol/sorbitol‑specific enzyme IIB component of PTS |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (43/44); new base C (2/3); total (45/47) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.37e-01 | |||||||||||
ATCTGTTCCTTCCCACTGCTTTCACCTTTCCTCGGCCCAGGCGCAGTTATCGCACAGGTTATCGGCGTATTGATTGGCGTGCAGATTGGTCTCGGCAATATTCCGCCGCATCTGGCTTTACCGGCACTGTTTGCCATCAACGCGCAGGCGGCCTGCGACTTCATCCCGGTCGGTTTGTCGCTGGCGGAAGCCCGTCAGGACACGGTTCGCGTCGGTGTCCCTTCTGTACTGGTGAGCCGCTTTTTAACCGGCGCGCCGACTGTACTGATCGCCTGGTTTGTCTCCGGTTTTATCTATC > NC_000913/2827049‑2827346 | aTCTGTTCCTTCCCACTGCTTTCACCTTTCCTCGGCCCAGGCGCAGTTATCGCACAGGTTATCGGCGTATTGATTGGCGTGCAGATTGGTCTCGGCAATATTCCGCCGCATCTGGCTTTACCGGCACTGTTTGCCATCAACGCGCAggcg > 1:1269991/1‑150 (MQ=255) tCTGTTCCTTCCCACTGCTTTCACCTTTCCTCGGCCCAGGCGCAGTTATCGCACAGGTTATCGGCGTATTGATTGGCGTGCAGATTGGTCTCGGCAATATTCCGCCGCATCTGGCTTTACCGGCACTGTTTGCCATCAACGCGCAggcgg < 2:1551782/150‑1 (MQ=255) ttccttccCACTGCTTTCACCTTTCCTCGGCCCAGGCGCAGTTATCGCACAGGTTATCGGCGTATTGATTGGCGTGCAGATTGGTCTCGGCAATATTCCGCCGCATCTGGCTTTACCGGCACTGTTTGCCATCAACGCGCAGGCGGCCTg < 2:577397/150‑1 (MQ=255) ccttccCACTGCTTTCACCTTTCCTCGGCCCAGGCGCAGTTATCGCACAGGTTATCGGCGTATTGATTGGCGTGCAGATTGGTCTCGGCAATATTCCGCCGCATCTGGCTTTACCGGCACTGTTTGCCATCAACGCGCAGGCCGCCTGCg > 2:203549/1‑150 (MQ=255) ttccCACAGCTTTCACCTTTCCTCGGCCCAGGCGCAGTTATCGCACAGGTTATCGGCGTATTGATTGGCGTGCAGATTGGTCTCGGCAATAATCCGCCGCATCTGGCTTTACCGGCACTGTTTGCCATCAACGCGCAGGCGGCCTGCGAc < 2:1490658/150‑1 (MQ=255) ccACTGCTTTCACCTTTCCTCGGCCCAGGCGCAGTTATCGCACAGGTTATCGGCGTATTGATTGGCGTGCAGATTGGTCTCGGCAATATTCCGCCGCATCTGGCTTTACCGGCACTGTTTGCCATCAACGCGCAGGCGGCCTGCGCCTTc > 2:1613147/1‑150 (MQ=255) ccACTGCTTTCACCTTTCCTCGGCCCAGGCGCAGTTATCGCACAGGTTATCGGCGTATTGATTGGCGTGCAGATTGGTCTCGGCAATATTCCGCCGCATCTGGCTTTACCGGCACTGTTTGCCATCAACGCGCAGGCGGCCTGCGACTTc < 1:6043/150‑1 (MQ=255) ccACTGCTTTCACCTTTCCTCGGCCCAGGCGCAGTTATCGCACAGGTTATCGGCGTATTGATTGGCGTGCAGATTGGTCTCGGCAATATTCCGCCGCATCTGGCTTTACCGGCACTGTTTGCCATCAACGCGCAGGCGGCCTGCGACTTc > 1:1515458/1‑150 (MQ=255) ccACTGCTTTCACCTTTCCTCGGCCCAGGCGCAGTTATCGCACAGGTTATCGGCGTATTGATTGGCGTGCAGATTGGTCTCGGCAATATTCCGCCGCATCTGGCTTTACCGGCACTGTTTGCCATCAACGCGCAGGCCGCCTGCgcgttg < 1:1303133/150‑6 (MQ=255) ccACTGCTTTCACCTTTCCTCGGCCCAGGCGCAGTTATCGCACAGGTTATCGGCGTATTGATTGGCGTGCAGATTGGTCTCGGCAATATTCCGCCGCATCTGGCTTTACCGGCACTGTTTGCCATCAACGCGCAGGCCGCCTGCgcgttg < 2:1422729/150‑6 (MQ=255) ccACTGCTTTCACCTTTCCTCGGCCCAGGCGCAGTTATCGCACAGGTTATCGGCGTATTGATTGGCGTGCAGATTGGTCTCGGCAATAATCCGCCGCATCTGGCTTTACCGGCACTGTTTGCCATCACCGCGCAGGCGGCCTGCGCCTTc > 1:1128439/1‑150 (MQ=255) cACTGCTTTCACCTTTCCTCGGCCCAGGCGCAGTTATCGCACAGGTTATCGGCGTATTGATTGGCGTGCAGATTGGTCTCGGCAATATTCCGCCGCATCTGGCTTTACCGGCACTGTTTGCCATCAACGCGCAGGCGGCCTGCGCCTTCa > 1:1456581/1‑150 (MQ=255) cACTGCTTTCACCTTTCCTCGGCCCAGGCGCAGTTATCGCACAGGTTATCGGCGTATTGATTGGCGTGCAGATTGGTCTCGGCAATATTCCGCCGCATCTGGCTTTACCGGCACTGTTTGCCATCAACGCGCAGGCGGCCTGCGACTTCa > 1:1232381/1‑150 (MQ=255) 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tggCCATCAACGCGCAGGCGGCCTGCGACGTCATCCCGGTCGGTTTGTCGCGGGCGGAAGCCCGTCAGGACACGGTTCGCGTCGGTGTCCCTTCTGTACTGGTGAGCCGCTTTTTAACCGGCGCGCCGACTGTACTGATCGCCTGGTTTg < 2:80924/148‑1 (MQ=255) ccATCAACGCGCAGGCGGCCTGCGACTTCATCCCGGTCGGTTTGTCGCTGGCGGAAGCCCGTCAGGACACGGTTCGCGTCGGTGTCCCTTCTGTACTGGTGAGCCGCTTTTTAACCGGCGCGCCGCCTGTACTGATCGCCTGGTTTGtct > 1:320726/1‑150 (MQ=255) cATCAACGCGCAGGCGGCCTGCGACTTCATCCCGGTCGGTTTGTCGCTGGCGGAAGCCCGTCAGGACACGGTTCGCGTCGGTGTCCCTTCTGTACTGGTGAGCCGCTTTTTAACCGGCGCGCCGACTGTACTGATCGCCTGGTTTGtctc < 1:1668866/150‑1 (MQ=255) cATCAACGCGCAGGCGGCCTGCGACTTCATCCCGGTCGGTTTGTCGCTGGCGGAAGCCCGTCAGGACACGGTTCGCGTCGGTGTCCCTTCTGTACTGGTGAGCCGCTTTTTAACCGGCGCGCCGACTGTACTGATCGCCGGGTTTGtctc > 1:876125/1‑150 (MQ=255) cATCAACGCGCAGGCGGCCTGCGACTTCATCCCGGTCGGTTTGTCGCTGGCGGAAGCACGTCAGGACACGGTTCGCGTCGGTGTCCCTTCTGTACTGGTGAGCCGCTTTTTAACCGGCGCGCCGACTGTACTGATCGGCTGGTTTGtctc > 2:1651925/1‑150 (MQ=255) aTCAACGCGCAGGCGGCCTGCGACTTCATCCCGGTAGGTTTGTCGCTGGCGGAAGCCCGTCAGGACACGGTTCGCGTCGGTGTCCCTTCTGTACTGGTGAGCCGCTTTTTAACCGGCGCGCCGACTGTACTGATCGCCTGGTTTGTCTcc > 2:427560/1‑150 (MQ=255) agtcgcAGACCGCCTGCGACTTCATCCCGGTCGGTTTGTCGCTGGCGGAAGCCCGTCAGGACACGGTTCGCGTCGGTGGCCCTTCTGTACTGGTGAGCCGCTGATTAACCGGCGCGCCGACTGTACTGATCGCCTGGTTTGTCTACGGtt > 1:595149/4‑150 (MQ=255) cgcgCAGGCGGCCTGCGACTTCATCCCGGTCGGTTTGTCGCTGGCGGAAGCCCGTCAGGACACGGTTCGCGTCGGTGTCCCTTCTGTACTGGTGAGCCGCTTTTTAACCGGCGCGCCGACTGTACTGATCGCCTGGTTTGTCTCCGGttt > 1:1664105/1‑150 (MQ=255) cgcgCAGGCGGCCTGCGACTTCATCCCGGTCGGTTTGTCGCTGGCGGAAGCCCGTCAGGACACGGTTCGCGTCGGTGTCCCTTCTGTACTGGTGAGCCGCTTTTTAACCGGCGCGCCGACTGTACTGATCGCCTGGTTTGTCTCCGGttt < 1:640387/150‑1 (MQ=255) cgcgCAGGCGGCCTGCGACTTCATCCCGGTCGGTTTGTCGCTGGCGGAAGCCCGTCAGGACACGGTTCGCGTCGGTGTCCCTTCTGGACTGGTGAGCCGCTTTTTAACCGGCGCGCCGACTGTACTGATCGCCTGGTTTGTCTCCGGttt > 2:207821/1‑150 (MQ=255) cgcCGGCGGCCTGCGACTTCATCCCGGTCGGGTTGTCGCTGGCGGAAGCCCGTCAGGACACGGTTCGCGTCGGTGTCCCTTCTGTACTGGGGAGCCGCTTTTTAACCGGCGCGCCGACTGTACTGATCGCCTGGTTTGTCTCCGGTTTta < 2:164857/150‑1 (MQ=255) gcAGGCGGCCTGCGACTTCATCCCGGTCGGTTTGTCGCTGGCGGACGCCCGTCAGGACACGGTTCGCGTCGGTGTCCCTTCTGTACTGGTGAGCCGCTTTTTAACCGGCGCGCCGACTGTACTGATCGCCTGGTTTGTCTCCGGTTTtat < 1:1376915/150‑1 (MQ=255) cAGGCGGCCTGCGACTTCATCCCGGTCGGTTTGTCGCTGGCGGAAGCCCGTCAGGACACGGTTCGCGTCGGTGTCCCTTCTGTACTGGTGAGCCGCTTTTTAACCGGCGCGCCGACTGTACTGATCGCCTGGTTTGTCTCCGGTTTtatc < 1:664629/150‑1 (MQ=255) cAGGCGGCCTGCGACTTCATCCCGGTCGGTTTGTCGCTGGCGGAAGCCCGGCAGGACACGGTTCGCGTCGGTGTCCCTTCTGTACTGGTGAGCCGCTTTTTAACCGGCGCGCCGACTGTACTGATCGCCTGGTTTGTCTCCGGTTTtatc < 2:1684467/150‑1 (MQ=255) cAGGCGGCCTGCGACTTCATCCCGGTCGGGTTGTCGCTGGCGGAAGCCCGTCAGGACACGGTTCGCGTCGGTGGCCCTTCTGTACTGGTGAGCCGCTTTTTAACCGGCGCGCCGACTGTACTGATCGCCTGGTTTGTCTCCGGTTTtatc < 2:491738/150‑1 (MQ=255) aGGCGGCCTGCGACTTCATCCCGGTCGGTTTGTCGCTGGCGGAAGCCCGTCAGGACACGGTTCGCGTCGGTGTCCCTTCTGTACTGGTGAGCCGCTTTTTAACCGGCGCGCCGACTGTACTGATCGCCTGGTTTGTCTCCGGTTTtatct < 2:1324655/150‑1 (MQ=255) ggcggcCTGCGACTTCATCCCGGTCGGTTTGTCGCTGGCGGAAGCCCGTCAGGACACGGTTCGCGTCGGTGTCCCTTCTGTACTGGTGAGCCGCTTTTTAACCGGCGCGCCGACTGTACTGATCGCCTGGTTTGTCTCCGGTTTtatc < 1:584421/148‑1 (MQ=255) ggcggcCTGCGACTTCATCCCGGTCGGTTTGTCGCTGGCGGAAGCCCGTCAGGACACGGTTCGCGTCGGTGTCCCTTCTGTACTGGTGAGCCGCTTTTTAACCGGCGCGCCGACTGTACTGATCGCCTGGTTTGTCTCCGGTTTtatc > 2:584421/1‑148 (MQ=255) ggcggcCTGCGACTTCATCCCGGTCGGTTTGTCGCTGGCGGAAGCCCGTCAGGACACGGTTCGCGGCGGTGTCCCTTCTGTACTGGTGAGCCGCTTTTTAACCGGCGCGCCGACTGTACTGATCGCCTGGTTTGTCTCCGGTTTtatcta < 2:1688336/150‑1 (MQ=255) cggcCTGCGACTTCATCCCGGGCGGTTTGTCGCTGGCGGAAGCCCGTCAGGACACGGTTCGCGTCGGTGTCCCTTCTGTACTGGTGAGCCGCTTTTTAACCGGCGCGCCGACTGTACTGATCGCCTGGTTTGTCTCCGGTTTtatctatc < 1:1396891/150‑1 (MQ=255) | ATCTGTTCCTTCCCACTGCTTTCACCTTTCCTCGGCCCAGGCGCAGTTATCGCACAGGTTATCGGCGTATTGATTGGCGTGCAGATTGGTCTCGGCAATATTCCGCCGCATCTGGCTTTACCGGCACTGTTTGCCATCAACGCGCAGGCGGCCTGCGACTTCATCCCGGTCGGTTTGTCGCTGGCGGAAGCCCGTCAGGACACGGTTCGCGTCGGTGTCCCTTCTGTACTGGTGAGCCGCTTTTTAACCGGCGCGCCGACTGTACTGATCGCCTGGTTTGTCTCCGGTTTTATCTATC > NC_000913/2827049‑2827346 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |