Predicted mutation | |||||||
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RA | NC_000913 | 317,571 | T→C | 5.3% | intergenic (+4/+155) | ykgQ → / ← rclC | pseudogene, putative dehydrogenase/reactive chlorine species (RCS) stress resistance inner membrane protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 317,571 | 0 | T | C | 5.3% | 438.5 / 10.8 | 150 | intergenic (+4/+155) | ykgQ/rclC | pseudogene, putative dehydrogenase/reactive chlorine species (RCS) stress resistance inner membrane protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (76/66); new base C (3/5); total (79/71) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.77e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.83e-02 |
Only 100 of 154 total aligned reads displayed.
GATGCCCATCAAAAATCGATTTCTCACTGACAGATAAAGAAATGGCACAAATTAGTTCGCTTGATTTGGGTTATGTTGGGGAGTCGGTAAAACATTTTAATCCTGAATTTGTTCGTGGTTGTCTTGCTGTAAAAATACATGATTGATATTAATCATGTATTTTACCTAAGACGACAAAAACCTTTTAACAGGGAGTGATATTGATCTTCACTCTGTCATATCTCCGGTAATATGGCGTCAGGCTTCATCATCAGAAAGGGGGCCTGACGCCTGAAAAAGTGAACAACAGACAGTGTTCG > NC_000913/317422‑317720 | gATGCCCATCAAAAATCGATTTCTCACTGACAGATAAAGAAATGGCACAAATTAGTTCGCTTGATTTGGGTTATGTTGGGGAGTCGGTAAAACATTTTAATCCTGAATTTGTTCGTGGTTGTCTTGCTGTAAAAATACATGATTGATAtt < 1:532041/150‑1 (MQ=255) tGCCCATCAAAAATCGATTTCTCACTGACAGATAAAGAAATGGCACAAATTAGTTCGCTTGATTTGGGTTATGTTGGGGAGTCGGTAAAACATTTTAATCCTGAATTTGTTCGTGGTTGTCTTGCTGTAAAAATACATGATTGATATTaa > 1:299094/1‑150 (MQ=255) tcccATCAAAAATCGATTTCTCACTGACTGATAAAGAAATGGCACAAATTAGTTCGCTTGATTTGGGTTATGTTGGGGAGTCGGTAAAACATTTTAATCCTGAATTTGTTCGTGGTTGTCTTGCTGTAAAAATACATGATTGATATTAAt < 2:581787/149‑1 (MQ=255) 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GATGCCCATCAAAAATCGATTTCTCACTGACAGATAAAGAAATGGCACAAATTAGTTCGCTTGATTTGGGTTATGTTGGGGAGTCGGTAAAACATTTTAATCCTGAATTTGTTCGTGGTTGTCTTGCTGTAAAAATACATGATTGATATTAATCATGTATTTTACCTAAGACGACAAAAACCTTTTAACAGGGAGTGATATTGATCTTCACTCTGTCATATCTCCGGTAATATGGCGTCAGGCTTCATCATCAGAAAGGGGGCCTGACGCCTGAAAAAGTGAACAACAGACAGTGTTCG > NC_000913/317422‑317720 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |