| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 2,962,562 | T→C | 8.2% | N68S (AAC→AGC) ‡ | ppdC ← | putative prepilin peptidase‑dependent protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,962,562 | 0 | T | C | 8.2% | 336.7 / 17.0 | 122 | N68S (AAC→AGC) ‡ | ppdC | putative prepilin peptidase‑dependent protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (51/60); new base C (3/7); total (54/68) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.09e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.45e-01 | |||||||||||
Only 100 of 123 total aligned reads displayed.
TAGACCCTTAACATAGCGGCTCCTGACTACTGACGATTCGGGCAATGCAGGCGGGTCATCTCGCCTTCTCTGCCCCCGGGTGAAACTAGCGTAACGCTGATGCTGACACATCCCGCCTGCGATGTCTGCATTCGGTTGACCTGCCAGTTGGCAGGTGGCGAAATCGCGCGCAGTTGCGTTTGCTGCCAGCCATGCCGCCAGAGCTGTTGGTACTGGTTTCTGCTGGCAAGACTGTTCATTAATGTTCGCTGGAAACCCGATAACGCAGTGACAATCATCACCATCAACACCATCGCC > NC_000913/2962415‑2962711 | tAGACCCTTAACATAGCGGCTCCTGACTACTGACGATTCGGGCAATGCAGGCGGGTCATCTCGCCTTCTCTGCCCCCGGGTGAAACTAGCGTAACGCTGATGCTGACACATCCCGCCTGCGATGTCTGCATTCGGTTGACCTGCCAGTTg < 1:695742/150‑1 (MQ=255)tAGACCCTTAACATAGCGGCTCCTGACTACTGACGATTCGGGCAATGCAGGCGGGGCATCTCGCCTTCTCTGCCCCCGGGTGAAACTAGCGTAACGCTGATGCTGACACATCCCGCCTGCGATGTCTGCATTCGGTTGACCTGCCAGTTg < 2:1350513/150‑1 (MQ=255) gACCCTTAACATAGCGGCTCCTGACTACTGACGATTCGGGCAATGCAGGCGGGTCATCTCGCCTTCTCTGCCCCCGGGTGAAACTAGCGTAACGCTGATGCTGACACATCCCGCCTGCGATGTCTGCATTCGGTTGACCTGCCAGTTGGc > 1:1390555/1‑150 (MQ=255) 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cGGGCAATGCAGGCGGGTCATCTCGCCTTCTCTGCCCCCGGGTCAAACTAGCGTAACGCTGCTGCTGACACATCCCGCCTGCGATGTCTGCATTCGGTTGACCTGCCAGTTGGCAGGTGGCGAAATCGCGCGCAGTTGCGTTTGCTgcca > 2:77760/1‑150 (MQ=255) gggCAATGCAGGCGGGTCATCTCGCCTTCTCTGCCCCCGGGTGAAACTAGCGTAACGCTGATGCTGACACATCCCGCCTGCGATGTCTGCATTCGGTTGACCTGCCAGTTGGCAGGTGGCGAAATCGCGCGCAGTTGCGTTTGCTgccag < 1:1359703/150‑1 (MQ=255) ggCAATGCAGGCGGGTCATCTCGCCTTCTCTGCCCCCGGGTGAAACTAGCGTAACGCTGATGCTGCCACATCCCGCCTGCGATGTCTGCATTCGGTTGCCCTGCCAGTTGGCTGGTGGCGAAGTCGCGCGCTGTTGCGTTTGCTgccagc > 2:82441/1‑150 (MQ=255) ggCAATGCAGGCGGGTCATCTCGCCTTCTCTGCCCCCGGGTGAAACTAGCGTAACGCTGATGCTGACACATCCCGCCTGCGATGTCTGCATTCGGTTGACCTGCCAGTTGGCAGGTGGCGAAATCGCGCGCAGTTGCGTTTGCTgccagc < 2:1663783/150‑1 (MQ=255) gCAATGCAGGCGGGTCATCTCGCCTTCTCTGCCCCCGGGTGAAACTAGCGTAACGCTGATGCTGACACATCCCGCCTGCGATGTCTGCATTCGGTTGACCTGCCAGTTGGCAGGTGGCGAAATCGCGCGCAGTTGCGTTTGCTgccagcc > 1:1098136/1‑150 (MQ=255) 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cGATGTCTGCATTCGGTTGACCTGCCAGTTGGCAGGTGGCGAAATCGCGCGCAGTTGCGTTTGCTGCCAGCCATGCCGCCAGAGCTGTTGGTACTGGTTTCTGCTGGCAAGACTGTTCATTAATGTTCGCTGGAAACCCGATAACGCAGt < 2:913113/150‑1 (MQ=255) gTCTGCATTCGGTTGACCTGCCAGTTGGCAGGTGGCGAAATCGCGCGCAGTTGCGTTTGCTGCCAGCCATGCCGCCAGCGCTGTTGGTACTGGTTTCTGCTGGCAAGACTGTTCATTAATGTTCGCTGGAAACCCGATAACGCAGTGACa > 2:1294982/1‑150 (MQ=255) gTCTGCATTCGGTTGACCTGCCAGTTGGCAGGTGGCGAAATCGCGCGCAGTTGCGTTTGCTGCCAGCCATGCCGCCAGAGCTGTTGGTACTGGTTTCTGCTGGCAAGACTGTTCATTAATGTTCGCTGGAAACCCGATAACGCAGTGACa < 1:1479486/150‑1 (MQ=255) cTGCATTCGGTTGACCTGCCAGTTGGCAGGTGGCGAAATCGCGCGCAGTTGCGTTTGCTGCCAGCCATGCCGCCAGAGCTGTTGGTACTGGTTTCTGCTGGCAAGACTGTTCATTAATGTTCGCTGGAAACCCGATAACGCAGTGACAat < 1:397840/150‑1 (MQ=255) gCATTCGGTTGACCTGCCAGTTGGCAGGTGGCGAAATCGCGCGCAGTTGCGTTTGCTGCCAGCCATGCCGCCAGAGCTGTTGGTACTGGTTTCTGCTGGCAAGACTGTTCATTAATGTTCGCTGGAAACCCGATAACGCAGTGACAatca < 2:197728/150‑1 (MQ=255) cGGTTGACCTGCCAGTTGGCAGGTGGCGAAATCGCGCGCAGTTGCGTTTGCTGCCAGCCATGCCGCCAGAGCTGTTGGTACTGGTTTCTGCTGGCAAGACTGTTCATTAATGTTCGCTGGAAACCCGATAACGCAGTGACAATCATCAcc < 2:1707053/150‑1 (MQ=255) cGGTTGACCTGCCAGTTGGCAGGTGGCGAAATCGCGCGCAGTTGCGTTTGCTGCCAGCCATGCCGCCAGAGCTGTTGGTACTGGTTTCTGCTGGCAAGACTGTTCATTAATGTTCGCTGGAAACCCGATAACGCAGTGACAATCATCAcc > 1:574992/1‑150 (MQ=255) cGGTGGACCTGCCAGTTGGCAGGTGGCGAAATCGCGCGCAGTTGCGTTTGCTGCCAGCCATGCCGCCAGAGCTGTTGGTACTGGTTTCTGCTGGCAAGACTGTTCATTAATGTTCGCTGGAAACCCGATAACGCAGTGACAATCATCAcc < 2:1266935/150‑1 (MQ=255) ggTTGACCTGCCAGTTGGCAGGTGGCGAAATCGCGCGCAGTTGCGTTTGCTGCCAGCCATGCCGCCAGAGCTGTTGGTACTGGTTTCTGCTGGCAAGACTGTTCATTAATGTTCGCTGGAAACCCGATAACGCAGTGACAATCATCACCa > 1:1261244/1‑150 (MQ=255) ggTTGACCTGCCAGTTGGCAGGTGGCGAAATCGCGCGCAGTTGCGTTTGCTGACAGCCATGCCGCCAGAGCTGTTGGTACTGGTTTATGCTGGCAAGACTGTTCATTAATGTTCGCTGGAAACCCGATAACGCAGTGACAATCATCCCCa > 2:81639/1‑150 (MQ=255) 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gCCAGTTGGCAGGTGGCGAAATCGCGCGCAGTTGCGTTTGCTGCCAGCCATGCCGCCAGAGCTGTTGGTACTGGTTTCTGCTGGCAAGACTGTTCATTAATGTTCGCTGGAAACCCGATAACGCAGTGACAATCATCACCATCAACACCa < 1:1017154/150‑1 (MQ=255) ttGGCAGGTGGCGAAATCGCGCGCAGTTGCGTTTGCTGCCAGCCATGCCGCCAGAGCTGTTGGTACTGGTTTCTGCTGGCAAGACTGTTCATTAATGTTCGCTGGAAACCCGATAACGCAGTGACAATCATCACCATCAACACCATCGcc < 1:1388503/150‑1 (MQ=255) | TAGACCCTTAACATAGCGGCTCCTGACTACTGACGATTCGGGCAATGCAGGCGGGTCATCTCGCCTTCTCTGCCCCCGGGTGAAACTAGCGTAACGCTGATGCTGACACATCCCGCCTGCGATGTCTGCATTCGGTTGACCTGCCAGTTGGCAGGTGGCGAAATCGCGCGCAGTTGCGTTTGCTGCCAGCCATGCCGCCAGAGCTGTTGGTACTGGTTTCTGCTGGCAAGACTGTTCATTAATGTTCGCTGGAAACCCGATAACGCAGTGACAATCATCACCATCAACACCATCGCC > NC_000913/2962415‑2962711 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |