Predicted mutation | |||||||
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RA | NC_000913 | 3,136,628 | T→G | 6.3% | intergenic (‑257/+35) | pitB ← / ← gss | phosphate transporter/glutathionylspermidine amidase and glutathionylspermidine synthetase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | NC_000913 | 3,136,628 | 0 | T | G | 6.3% | 457.8 / 15.5 | 154 | intergenic (‑257/+35) | pitB/gss | phosphate transporter/glutathionylspermidine amidase and glutathionylspermidine synthetase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (79/65); new base G (6/4); total (85/69) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.05e-01 |
Only 100 of 174 total aligned reads displayed.
CTTGTGTATCAGACAATAAGCATTCATTCAAAACCTTTAGAAATAATCAAAACACAGGTATTCCACTGGTTAATATATTCACATATGAAATGAATAAATATTGGAATATATAAATATTGAATATTTTGATTAATCCCCGTACTGATTATTCTTCATAATCAGTACGGGGTTGCTACAACATGTATTAC‑TTTTTCACCACAATTAACGGTTCAATATCACTCTCTTTTTTGATGACCAGTGATTCATCACCGCGCAAACACGTCCCACCGTAGTTGCCGCCAACGGTGAAGGTACATACC > NC_000913/3136479‑3136777 | cTTGTGTATCAGACAATAAGCATTCATTCAAAACCTTTAGAAATAATCAAAGCACAGGTATTCCACTGGTTAATATATTCACATATGAAATGAATAAATATTGGAATATATAAATATTGAATATTTTGATTAATCACCGTACTGattatt > 1:499346/1‑150 (MQ=255) tgtgTATCAGACAATAAGCATTCATTCAAAACCTTTAGAAATAATCAAAACACAGGTATTCCACTGGTTAATATATTCACATATGAAATGAATAAATATTGGAATATATAAATATTGAATATTTTGATTAATCCCCGTACTGATTAttct < 2:106387/150‑1 (MQ=255) gtgtATCAGACAATAAGCATTCATTCAAAACCTTTAGAAATAATCAAAACACAGGTATTCCACTTGTTAATATATTCACATATGAAATGAATAAATATTTGAATATATAAATATTGAATATTTTGATTAATCCCCGTACTGATTAttctt < 2:1376381/150‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |