| Predicted mutation | |||||||
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| RA | NC_000913 | 3,136,630 | T→A | 5.7% | intergenic (‑259/+33) | pitB ← / ← gss | phosphate transporter/glutathionylspermidine amidase and glutathionylspermidine synthetase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,136,630 | 0 | T | A | 5.7% | 445.5 / 11.1 | 159 | intergenic (‑259/+33) | pitB/gss | phosphate transporter/glutathionylspermidine amidase and glutathionylspermidine synthetase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (83/67); new base A (5/4); total (88/71) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 4.62e-01 | |||||||||||
Only 100 of 176 total aligned reads displayed.
TGTGTATCAGACAATAAGCATTCATTCAAAACCTTTAGAAATAATCAAAACACAGGTATTCCACTGGTTAATATATTCACATATGAAATGAATAAATATTGGAATATATAAATATTGAATATTTTGATTAATCCCCGTACTGATTATTCTTCATAATCAGTACGGGGTTGCTACAACATGTATTAC‑TTTTTCACCACAATTAACGGTTCAATATCACTCTCTTTTTTGATGACCAGTGATTCATCACCGCGCAAACACGTCCCACCGTAGTTGCCGCCAACGGTGAAGGTACATACCTG > NC_000913/3136481‑3136779 | tgtgTATCAGACAATAAGCATTCATTCAAAACCTTTAGAAATAATCAAAACACAGGTATTCCACTGGTTAATATATTCACATATGAAATGAATAAATATTGGAATATATAAATATTGAATATTTTGATTAATCCCCGTACTGATTAttct < 1:1248193/150‑1 (MQ=255)tgtgTATCAGACAATAAGCATTCATTCAAAACCTTTAGAAATAATCAAAACACAGGTATTCCACTGGTTAATATATTCACATATGAAATGAATAAATATTGGAATATATAAATATTGAATATTTTGATTAATCCCCGTACTGATTAttct < 2:106387/150‑1 (MQ=255) gtgtATCAGACAATAAGCATTCATTCAAAACCTTTAGAAATAATCAAAACACAGGTATTCCACTTGTTAATATATTCACATATGAAATGAATAAATATTTGAATATATAAATATTGAATATTTTGATTAATCCCCGTACTGATTAttctt < 2:1376381/150‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |