| Predicted mutation | |||||||
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| RA | NC_000913 | 394,153 | C→A | 11.6% | pseudogene (1184/1449 nt) | yaiT → | pseudogene, autotransporter family;putative structure; Not classified; interrupted by IS3; putative flagellin structural protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | NC_000913 | 394,153 | 0 | C | A | 11.6% | 230.4 / 11.2 | 92 | pseudogene (1184/1449 nt) | yaiT | pseudogene, autotransporter family;putative structure; Not classified; interrupted by IS3; putative flagellin structural protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (32/48); new base A (9/3); total (41/51) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.03e-02 | |||||||||||
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ACTTCAAACTGGGTGATGCTGGTTACGTGACTCCTTACGGCAGCGTTTCTGGTCTGTTCCAGTCTGGTGATGACTACCAGCTGAGCAACGACATGAAAGTTGACGGTCAGTCTTACGACAGCATGCGTTATGAACTGGGTGTAGATGCAGGTTATACCTTCACCTACAGCGAAGATCAGGCTCTGACTCCGTACTTCAAACTGGCTTACGTCTACGACGACTCTAACAACGATAACGATGTGAACGGCGATTCCATCGATAACGGTACTGAAGGGTCTGCGGTACGTGTTGGTCTG > NC_000913/394006‑394301 | aCTTCAAACTGGGTGATGCTGGTTACGTGACTCCTTACGGCAGAGTTTCTGGTCTGTTCCAGTCTGGTGATGACTACCAGCAGAGCAACGACATGAAAGTTGACGGTCAGTCTTACGACAGCATGCGTTATGAACTGGGTGTAGATGCAg > 2:1240260/1‑150 (MQ=255) cTTCAAACTGGGTGATGCTGGTTACGTGACTCCTTACGGCAGCGTTTCTGGTCTGTTCCAGTCTGGTGATGACTACCAGCTGAGCAACGACATGAAAGTTGACGGTCAGTCTTACGACAGCATGCGTTATGAACTGGGTGTAGATGCAgg > 1:420415/1‑150 (MQ=255) cTTCAAACTGGGTGATGCTGGTTACGTGACTCCTTACGGCAGCGTTTCTGGTCTGTTCCAGTCTGGTGATGACTACCAGCTGAGCAACGACATGAAAGTTGACGGTCAGTCTTACGACAGCATGCGTTATGAACTGGGTGTAGATGCAgg > 1:1197556/1‑150 (MQ=255) aaCTGGGTGATGCTGGTTACGTGACTCCTTACGGCAGCGTTTCTGGTCTGTTCCAGTCTGGTGATGACTACCAGCTGAGCAACGACATGAAAGTTGACGGTCAGTCTTACGACAGCATGCGTTATGAACTGGGTGTAGATGCAGGTtata > 1:399111/1‑150 (MQ=255) aCTGGGTGATGCTGGTTACGTGACTCCTTACGGCAGCGTTTCTGGTCTGTTCCAGTCTGGTGATGACTACCAGCTGAGCAACGACATGAAAGTTGACGGTCAGTCTTACGACAGCATGCGTTATGAACTGGGTGTAGATGCAGGTTATAc > 2:1122422/1‑150 (MQ=255) cTGGGTGATGCTGGTTACGTGACTCCTTACGGCAGCGTTTCTGGTCTGTTCCAGTCTGGTGATGACTACCAGCTGAGCAACGCCATGAAAGTTGACGGTCAGTCTTACGACAGCATGCGTTATGAACTGGGTGTAGATGCAGGTTATAcc > 2:248931/1‑150 (MQ=255) cTGGGTGATGCTGGTTACGTGACTCCTTACGGCAGCGTTTCTGGTCTGTTCCAGTCTGGTGATGACTACCAGCTGAGCAACGACATGAAAGTTGACGGTCAGTCTTACGACAGCATGCGTTATGAACTGGGTGTAGATGCAGGTTATAcc < 2:1235104/150‑1 (MQ=255) cTGGGTGATGCTGGTTACGTGACTCCTTACGGCAGCGTTTCTGGTCTGTTCCAGTCTGGTGATGACTACCAGCTGAGCAACGACATGAAAGTTGACGGTCAGTCTTACGACAGCATGCGTTATGAACTGGGTGTAGATGCAGGTTATAcc > 1:1107641/1‑150 (MQ=255) 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ttATGAACTGGGTGTAGATGCAGGTTATACCTTCACCTACAGCGAAGATCAGGCTCTGACTCCGTACTTCAAACTGGCTTACGTCTACGACGACTCTAACAACGATAACGATGTGAACGGCGATTCCATCGATAACGGTACTGAAGGGTc < 2:1197556/150‑1 (MQ=255) tGAACTGGGTGTAGATGCAGGTTATACCTTCACATACAGCGAAGATCAGGCTCTGACTCCGTACTTCAAACTGGCTTACGTCTACGACGACTCTAACAACGATAACGATGTGAACGGCGATTCCATCGATAACGGTACTGAAGGGTCTGc < 2:1654091/150‑1 (MQ=255) gtaCTGGGTGTAGATGCAGGGTATACCTTCACCTACAGCGAAGATCAGGCTCTGACTCCGTACTTCAAACTGGCTTACGTCTACGACGACTCTAACAACGATAACGATGTGAACGGCGATTCCATCGATAACGGTACTGAAGGGTCTGCg < 2:1107641/148‑1 (MQ=255) gAACTGGGTGTAGATGCAGGTTATACCTTCACCTACAGCGAAGATCAGGCTCTGACTCCGTACTTCAAACTGGCTTACGTCTACGACGACTCTAACAACGATAACGATGTGAACGGCGATTCCATCGATAACGGTACTGAAGGGTCTGCg < 2:420415/150‑1 (MQ=255) cttcgctgtAGGTGAAGGTATAACCTGCATCTACAGCGAAGATCAGGCTCTGACTCCGTACTTCAAACTGGCTTACGTCTACGACGACTCTAACAACGATAACGATGTGAACGGCGATTCCATCGATAACGGTACTGAAGGGTCTGCGGt > 2:904305/7‑150 (MQ=255) ggTGTAGATGCAGGTTATACCTTCACCTACAGCGAAGATCAGGCTCTGACTCCGTACTTCAAACTGGCTTACGTCTACGACGACTCTAACAACGATAACGATGTGAACGGCGATTCCATCGATAACGGTACTGAAGGGTCTGCGGTACgt > 2:1647611/1‑150 (MQ=255) gctgtAGGTGAAGGTATAACCTGCATCTACAGCGAAGATCAGGCTCTGACTCCGTACTTCAAACTGGCTTACGTCTACGACGACTCTAACAACGATAACGAGGTGACCGGCGATTCCATCGATAACGGTACTGCAGGGTCTGCTGTACgt > 2:1562873/3‑150 (MQ=255) ggttAGATGATGGTTATACCTTCACCTACAGCGAAGAGCTGGCTCTGACTCCGTACTTCAATCTGGCTTACGTCTACGACGACTCTAACAACGATAACGATGTGAACGGCGATTCCATCGATAACGGTACTGAAGGGTCTGCGGTACgtg < 1:695636/147‑1 (MQ=255) gtAGATGCAGGTTATACCTTCACCTACAGCGAAGATCAGGCTCTGACTCCGTACTTCAAACTGGCTTACGTCTACGACGACTCTAACAACGATAACGATGTGAACGGCGATTCCATCGATAACGGTACTGAAGGGTCTGCGGTACGTGtt < 2:1411919/150‑1 (MQ=255) aGATGCAGGTTATACCTTCACCTACAGCGAAGATCAGGCTCTGACTCCGTACTTCAAACTGGCTTACGTCTACGCCGACTCTAACAACGATAACGATGTGAACGGCGATTCCCTCGATAACGGTACTGAAGGGTCTGCGGTACGTGTTgg > 1:1516079/1‑150 (MQ=255) aGATGAAGGTTATACCTTCACCTAAAGCGAAGATCAGGCTCTGACTCCGTACTTCAAACTGGCTTACGTATACGACGACTCTAACAACGATAACGATGTGAACGGCGATTCCATCGATAACGGTACTGAAGGGTCTGCGGTACGTGTTgg < 2:1490760/150‑1 (MQ=255) gATGCAGGTTATACCTTCACCTACAGCGAAGATCAGGCTCTGACTCCGTACTTCAAACTGGCTTACGTCTACGACGACTCTAACAACGATAACGATGTGAACGGCGATTCCATCGATAACGGTACTGAAGGGTCTGCGGTACGTGTTGGt > 1:310555/1‑150 (MQ=255) gCAGGTTATACCTTCACCTACAGCTAAGATCAGGCGCTGACTCCGTACTTCAACCTGGCTTACGTCTACGACGACTCTAACAACGATAACGATGTGAACGGCGATTCCATCGATAACGGTACTGAAGGGTCTGCGGTACGTGTTGGTCTg < 1:592805/150‑1 (MQ=255) gCAGGTTATACCTTCACCTACAGCGAAGATCAGGCTCTGACTCCGTACTTCAAACTGGCTTACGTCTACGACGACTCTAACAACGATAACGATGTGAACGGCGATTCCATCGATAACGGTACTGAAGGGTCTGCGGTACGTGTTGGTCTg > 2:163173/1‑150 (MQ=255) | ACTTCAAACTGGGTGATGCTGGTTACGTGACTCCTTACGGCAGCGTTTCTGGTCTGTTCCAGTCTGGTGATGACTACCAGCTGAGCAACGACATGAAAGTTGACGGTCAGTCTTACGACAGCATGCGTTATGAACTGGGTGTAGATGCAGGTTATACCTTCACCTACAGCGAAGATCAGGCTCTGACTCCGTACTTCAAACTGGCTTACGTCTACGACGACTCTAACAACGATAACGATGTGAACGGCGATTCCATCGATAACGGTACTGAAGGGTCTGCGGTACGTGTTGGTCTG > NC_000913/394006‑394301 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |