| Predicted mutation | |||||||
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| RA | NC_000913 | 3,796,011 | G→C | 9.2% | M11I (ATG→ATC) | waaC → | ADP‑heptose:LPS heptosyl transferase I |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,796,011 | 0 | G | C | 9.2% | 325.0 / 21.8 | 109 | M11I (ATG→ATC) | waaC | ADP‑heptose:LPS heptosyl transferase I |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (46/53); new base C (7/3); total (53/56) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.95e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.91e-02 | |||||||||||
Only 100 of 113 total aligned reads displayed.
CACAAAGTGCGTAAAGGTGACGCTGCGGAGGGTTATCACCAGAGCTTAATCGACATTACTCCCCAGCGCGTACTGGAAGAACTCAACGCGCTATTGTTACAAGAGGAAGCCTGACGGATGCGGGTTTTGATCGTTAAAACATCGTCGATGGGCGATGTTCTCCATACGTTGCCCGCACTCACTGATGCCCAGCAGGCAATCCCAGGGATTAAGTTTGACTGGGTGGTGGAAGAAGGGTTCGCACAGATTCCTTCCTGGCACGCTGCCGTTGAGCGAGTTATTCCTGTGGCAATACG > NC_000913/3795862‑3796157 | acaAAGTGCGTAAAGGTGACGCTGCGGAGGGTTATCACCAGAGCTTAATCGACATTACTCCCCAGCGCGTACTGGAAGAACTCAACGCGCTATTGTTACAAGAGGAAGCCTGACGGATGCGGGTTTTGATCGTTAAAACATCGTCGATgg > 2:1410077/1‑150 (MQ=255) caAAGTGCGTAAAGGTGACGCTGCGGAGGGTTATCACCAGAGCTTAATCGACATTACTCCCCAGCGCGTACTGGAAGAACTCAACGCGCTATTGTTACAAGAGGAAGCCTGACGGATGCGGGTTTTGATCGTTAAAACATCGTCGATggg < 1:1421647/150‑1 (MQ=255) caAAGTGCGTAAAGGTGACGCTGCGGAGGGTTATCACCAGAGCTTAATCGACATTACTCCCCAGCGCGTACTGGAAGAACTCAACGCGCTATTGTTACAAGAGGAAGCCTGACGGATGCGGGTTTTGATCGTTAAAACATCGTCGATggg < 2:621206/150‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |