| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,927,123 | A→T | 6.9% | intergenic (‑120/‑32) | asnC ← / → asnA | transcriptional activator of asnA; autorepressor/asparagine synthetase A |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,927,123 | 0 | A | T | 6.9% | 371.5 / 11.2 | 128 | intergenic (‑120/‑32) | asnC/asnA | transcriptional activator of asnA; autorepressor/asparagine synthetase A |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (66/53); new base T (6/3); total (72/56) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.30e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.73e-01 | |||||||||||
Only 100 of 130 total aligned reads displayed.
GTCCAGATTGTCGATCAGATAATTTTCCATAGGATTTTCTTATGCGGATTGATGATTCATTCTATTTTAGCCTTCTTTTTTAATGAATCAAAAGTGAGTTAGGCTTTTTATTGAATGATTATTGCATGTGTGTCGGTTTTTGTTGCTTAATCATAAGCAACAGGACGCAGGAGTATAAAAAATGAAAACCGCTTACATTGCCAAACAACGTCAAATTAGCTTCGTGAAATCTCACTTTTCTCGTCAACTGGAAGAACGTCTGGGGCTGATCGAAGTCCAGGCGCCGATTCTTAGCCGTG > NC_000913/3926974‑3927272 | gTCCAGATTGTCGATCAGATAATTTTCCATAGGATTTTCTTATGCGGATTGATGATTCATTCTATTTTAGCCTTCTTTTTTAATGAATCAAAAGTGAGTTAGGCTTTTTATTGAATGATTATTGCATGTGTGTCGGTTTTTGTTGCTTaa < 2:1423674/150‑1 (MQ=255) ccAGATTGTCGATCAGATAATTTTCCATAGGATTTTCTTATGCGGATTGATGATTCATTCTATTTTAGCCTTCTTTTTTAATGAATCAAAAGTGAGTTAGGCTTTTTATTGAATGATTATTGCATGTGTGTCGGTTTTTGTTGCTTAATc < 1:944065/150‑1 (MQ=255) gATTGTCGATCAGATAATTTTCCATAGGATTTTCTTATGCGGATTGATGATTCATTCTATTTTAGCCTTCTTTTTTAATGAATCAAAAGTGAGTTAGGCTTTTTATTGAATGATTATTGCATGTGTGTCGGTTTTTGTTGCTTAATCATa < 1:1243371/150‑1 (MQ=255) 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cTTAATCATAAGCAACAGGACGCAGGAGTATAAAAAATGAAAACCGCTTACATTGCCAAACAACGTCAAATTAGCTTCGTGAAATCTCACTTTTCTCGTCAACTGGAAGAACGTCTGGGGCTGATCGAAGTCCAGGCGCCGATTCTTAGc > 2:939731/1‑150 (MQ=255) aTCATAAGCAACAGGACGCAGGAGTATAAAAAATGAAAACCGCTTACATTGCCAAACAACGTCAAATTAGCTTCGTGAAATCTCACTTTTCTCGTCAACTGGAAGAACGTCTGGGGCTGATCGAAGTCCAGGCGCCGATTCTTAGCCgtg > 2:1687399/1‑150 (MQ=255) | GTCCAGATTGTCGATCAGATAATTTTCCATAGGATTTTCTTATGCGGATTGATGATTCATTCTATTTTAGCCTTCTTTTTTAATGAATCAAAAGTGAGTTAGGCTTTTTATTGAATGATTATTGCATGTGTGTCGGTTTTTGTTGCTTAATCATAAGCAACAGGACGCAGGAGTATAAAAAATGAAAACCGCTTACATTGCCAAACAACGTCAAATTAGCTTCGTGAAATCTCACTTTTCTCGTCAACTGGAAGAACGTCTGGGGCTGATCGAAGTCCAGGCGCCGATTCTTAGCCGTG > NC_000913/3926974‑3927272 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |