| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,947,332 | A→T | 5.8% | A212A (GCT→GCA) | hdfR ← | flhDC operon transcriptional repressor |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,947,332 | 0 | A | T | 5.8% | 324.9 / 6.0 | 113 | A212A (GCT→GCA) | hdfR | flhDC operon transcriptional repressor |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (57/48); new base T (3/4); total (60/53) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.03e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 122 total aligned reads displayed.
TATCGCTATTTTGCAGCCATATGGCATAAAGCGGCCGTGAAAGTGTTGTGCTATCGACAACGGTATGCAGGCCGCCTTTTTTACGCGCCCAGCTGAC‑GGGTAGCCAGGTGCAACCATTAAGCATCGCAATCTGTTGCTGTGCCAGTTCAGCAGAACTGGTTGTCAGAATGGGCACTTCGTCAGCACCGATCAAACCTGCCTCATGCTGTTGAAAATCTGGCCCCCACTCAAGTCGCAGATAATTAAGATCTCCCTTTAGTTTTGAAGGGGCACTGGTATAAAGCGCTAAAGTGAAAT > NC_000913/3947184‑3947480 | tATCGCTATTTTGCAGCCATATGGCATAAAGCGGCCGTGAAAGTGTTGTGCTATCGACAACGGTATGCAGGCCGCCTTTTTTACGCGCCCAGCTGAC‑GGGTAGCCAGGTGCAACCATTAAGCATCGCAATCTGTTGCTGTGCCAGTTcag > 1:1659063/1‑150 (MQ=255) tCGCTATTTTGCAGCCATATGGCATAAAGCGGCCGTGAAAGTGTTGTGCTATCGACAACGGTATGCAGGCCGCCTTTTTTACGCGCCCAGCTGAC‑GGGTAGCCAGGTGCAACCATTTAGCATCGCAATCTGTTGCTGTGCCAGTTcagcc > 1:1414213/1‑149 (MQ=255) tCGCTATTTTGCAGCCATATGGCATAAAGCGGCCGTGAAAGTGTTGTGCTATCGACAACGGTATGCAGGCCGCCTTTTTTACGCGCCCAGCTGAC‑GGGTAGCCAGGTGCAACCATTAAGCATCGCAATCTGTTGCTGTGCCAGTTcagca > 2:945870/1‑150 (MQ=255) acGCTATTTTTCAGCCATATGGCATAAAGCGGCCGTGAAAGTTTTGTGCTATCGACAACGGTATGCAGGCCGCATTTTTTACGCGCCCATCTGAC‑GGGTAGCCAGGTGCAACCATTAAGCATCGCAATCTGTTTCTGTGCCAGATcagca < 1:153498/149‑1 (MQ=255) cGCTATTTTGCCGCCATATGGCATAAAGCGGCCGTGAAAGTGTGGTGCTATCGACAACGGTATGCAGGCCGCCTTTTTTACGCGCCCAGCTGAC‑GGGTAGCCAGGTGCAACCATTAAGCATCGCAATCTGTTGCTGTGCCAGTTcagcag < 2:1535701/150‑1 (MQ=255) cGCTATTTTGCAGCCATATGGCATAAAGCGGCCGTGAAAGTGTTGTGCTATCGACAACGGTATGCAGGCCGCCTTTTTTACGCGCCCCGCTGAC‑GGGTAGCCAGGTGCAACCATTAAGCATCGCAATCTGTTGCTGTGCCAGTTcagcag > 1:286356/1‑150 (MQ=255) gCTATTTTGCAGCCATATGGCATAAAGCGGCCGTGAAAGTGTTGTGCTATCGACAACGGTATGCAGGCCGCCTTTTTTACGCGCCCAGCTGAC‑GGGTAGCCAGGTGCAACCATTAAGCATCGCAGTCTGTTGCTGTGCCAGTTCAGCAGa > 2:956946/1‑150 (MQ=255) tATTTTGCAGCCATATGGCATAAAGCGGCCGTGAAAGTGTTGTGGTATCGACAACGGTATGCAGGCCGCC‑TTTTTACGCGCCCAGCTGAC‑GGGTAGCCAGGTGCAACCATTAAGCATCGCAATCTGTTGCTGTGCCAGTTCAGCAGAACt < 2:1283974/150‑1 (MQ=255) 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ttGCAGCCATATGGCATAAAGCGGCCGTGAAAGTGTTGTGCTATCGACAACGGTATGCAGGCCGCCTTTTTTACGCGCCCAGCTGAC‑GGGTAGCCAGGTGCAACCATTAAGCATCGCAATCTGTTGCTGTGCCAGTTCTGCTGAACTggc < 1:446086/150‑2 (MQ=255) ttGCAGCCATATGGCATAAAGCGGCCGTGAAAGTGTTGTGCTATCGACAACGGTATGCAGGCCGCCTTTTTTACGCGCCCAGCTGAC‑GGGTAGCCAGGTGCAACCATTAAGCATCGCAATCTGTTGCTGTGCCAGTTCAGCAGAACTGGt < 2:226550/150‑1 (MQ=255) gCAGCCATATGGCATAAAGCGGCCGTGAATGTGTTGTGCTATCGACAACGGTATGCAGGCCGCCTTTTTTACGCGCCCAGCTGAC‑GGGTAGCCAGGTGCAACCATTAAGCATCGCAATCTGTTGCTGTGCCAGTTCTGCTGAACTggcac < 1:1265139/150‑4 (MQ=255) gCAGCCATATGGCATAAAGCGGCCGTGAAAGTGTTGTGCTATCGACAACGGTATGCAGGCCGCCTTTTTTACGCGCCCAGCTGAC‑GGGTAGCCAGGTGCAACCATTAAGCATCGCAATCTGTTGCTGTGCCAGTTCAGCAGAACTGGTTg < 2:691427/150‑1 (MQ=255) gCAGCCATATGGCATAAAGCGGCCGTGAAAGTGTTGTGCTATCGACAACGGTATGCAGGCCGCCTTTTTTACGCGCCCAGCTGAC‑GGGTAGCCAGGTGCAACCATTAAGCATCGCAATCTGTTGCTGTGCCAGTTCAGCAGAACTGGTTg < 2:1509896/150‑1 (MQ=255) cAGCCATATGGCATAAAGCGGCCGTGAAAGTGTTGTGCTATCGACAACGGTATGCAGGCCGCCTTTTTTACGCGCCCAGCTGAC‑GGGTAGCCAGGTGCAACCATTAAGCATCGCAATCTGTTGCTGTGCCAGTTCAGCAGAACTGGTTGt > 1:855780/1‑150 (MQ=255) cAGCCATATGGCATAAAGCGGCCGTGAAAGTGTTGTGCTATCGAAAACGGTATGCAGGCCGCCTTTTTTACGCGCCCAACTGAC‑GGGTAGCCAGGTGCAACCATTAAGCATCGCAATCTGTTGCTGTGCCAGTTCAGCAGAACTGGTTGt > 1:395514/1‑150 (MQ=255) gCCATATGGCATAAAGCGGCCGTGAAAGTGTTGTGCTATCGACAACGGTATGCAGGCCGCCTTTTTTACGCGCCCAGCTGAC‑GGGTAGCCAGGTGCAACCATTAAGCATCGCAATCTGTTGCTGTGCCAGTTCAGCAGAACTGGTTGTCa > 2:1371913/1‑150 (MQ=255) gCCATATGGCATAAAGCGGCCGTGAAAGTGTTGTGCTATCGACAACGGTATGCAGGCCGCCTTTTTTACGCGCCCAGCTGAC‑GGGTAGCCAGGTGCAACCATTAAGCATCGCAATCTGTTGCTGTGCCAGTTCAGCAGAACTGGTTGTCa > 1:925980/1‑150 (MQ=255) ccATATGGCATAAAGCGGCCGTGAAAGTGTTGTGCTATCGACAACGGTATGCAGGCCGCCTTTTTTACGCGCCCAGCTGAC‑GGGTAGCCAGGTGCAACCATTAAGCATCGCAATCTGTTGCTGTGCCAGTTCAGCAGAACTGGTTGTCAg < 1:1577148/150‑1 (MQ=255) 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aTCGACAACGGTATGCAGGCCGCCTTTTTTACGCGCCCAGCTGAC‑GGGTAGCCAGGTGCAACCATTAAGCATCGCAATCTGTTGCTGTGCCAGTTCAGCAGAACTGGTTGTCAGAATGGGCACTTCGTCAGCACCGATCAAACCTGCCTc > 2:461505/1‑150 (MQ=255) cGACAACGGTATGCAGGCCGCCTTTTTTACGCGCCCAGCTGAC‑GGGTAGCCAGGTGCAACCATTAAGCATCGCAATCTGTTGCTGTGCCAGTTCAGCAGAACTGGTTGTCAGAATGGGCACTTCGTCAGCACCGATCAAACCTGCCTCAt > 2:512811/1‑150 (MQ=255) aCAATGGTATGCAGGCCGCCTTTTTTACGCGCCCAGCTGAC‑GGGTAGCCAGGTGCAACCATTAAGCATCGCAATCTGTTGCTGTGCCAGTTCAGCAGAACTGGTTGTCAGAATGGGCACTTCGTCAGCACCGATCAAACCTGCCTCATGc < 2:1427613/150‑1 (MQ=255) aCAACGGTATGCAGGCCGCCTTTTTTACGCGCCCAGCTGAC‑GGGTAGCCAGGTGCAACCATTAAGCATCGCAATCTGTTGCTGTGCCAGTTCAGCAGAACTGGTTGTCAGAATGGGCACTTCGTCAGCACCGATCAAACCTGCCTCATGc < 1:408014/150‑1 (MQ=255) gTATGCAGGCCGCCTTTTTTACGCGCCCAGCTGAC‑GGGTAGCCAGGTGCAACCAGTAAGCATCGCAATCTGTTGCTGTGCCAGTTCAGCAGAACTGGGTGTCAGAATGGGCACTGCGTCCGCACCGCTCAAACCTGCCTCATGCTGTTGa > 2:172735/1‑150 (MQ=255) 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ttCCGCAGAACTGGTTGTCAGAATGGGCACTTCGTCAGCACCGATCAAACCTGCCTCATGCTGTTGAAAATCTGGCCCCCACTCAAGTCGCAGATAATTAAGATCTCCCTTTAGTTTTGAAGGGGCACTGGTATAAAGCGCTAAAGTGaa < 1:956946/150‑1 (MQ=255) cagcagAACTGGTTGTCAGAATGGGCACTTCGTCAGCACCGATCAAACCTGCCTCATGCTGTTGAAAATCTGGCCCCCCCTCAAGTCGCAGATAATTAAGATCTCCCTTTAGTTTTGAAGGGGCACTGGTATAAAGCGCTAAAGTGAAat > 2:931261/1‑150 (MQ=255) | TATCGCTATTTTGCAGCCATATGGCATAAAGCGGCCGTGAAAGTGTTGTGCTATCGACAACGGTATGCAGGCCGCCTTTTTTACGCGCCCAGCTGAC‑GGGTAGCCAGGTGCAACCATTAAGCATCGCAATCTGTTGCTGTGCCAGTTCAGCAGAACTGGTTGTCAGAATGGGCACTTCGTCAGCACCGATCAAACCTGCCTCATGCTGTTGAAAATCTGGCCCCCACTCAAGTCGCAGATAATTAAGATCTCCCTTTAGTTTTGAAGGGGCACTGGTATAAAGCGCTAAAGTGAAAT > NC_000913/3947184‑3947480 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |