| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,947,335 | A→T | 5.1% | S211S (TCT→TCA) | hdfR ← | flhDC operon transcriptional repressor |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,947,335 | 0 | A | T | 5.1% | 338.0 / 3.8 | 113 | S211S (TCT→TCA) | hdfR | flhDC operon transcriptional repressor |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (57/50); new base T (3/3); total (60/53) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 120 total aligned reads displayed.
TCGCTATTTTGCAGCCATATGGCATAAAGCGGCCGTGAAAGTGTTGTGCTATCGACAACGGTATGCAGGCCGCCTTTTTTACGCGCCCAGCTGAC‑GGGTAGCCAGGTGCAACCATTAAGCATCGCAATCTGTTGCTGTGCCAGTTCAGCAGAACTGGTTGTCAGAATGGGCACTTCGTCAGCACCGATCAAACCTGCCTCATGCTGTTGAAAATCTGGCCCCCACTCAAGTCGCAGATAATTAAGATCTCCCTTTAGTTTTGAAGGGGCACTGGTATAAAGCGCTAAAGTGAAATATC > NC_000913/3947186‑3947483 | tCGCTATTTTGCAGCCATATGGCATAAAGCGGCCGTGAAAGTGTTGTGCTATCGACAACGGTATGCAGGCCGCCTTTTTTACGCGCCCAGCTGAC‑GGGTAGCCAGGTGCAACCATTAAGCATCGCAATCTGTTGCTGTGCCAGTTcagca > 2:945870/1‑150 (MQ=255)acGCTATTTTTCAGCCATATGGCATAAAGCGGCCGTGAAAGTTTTGTGCTATCGACAACGGTATGCAGGCCGCATTTTTTACGCGCCCATCTGAC‑GGGTAGCCAGGTGCAACCATTAAGCATCGCAATCTGTTTCTGTGCCAGATcagca < 1:153498/149‑1 (MQ=255) cGCTATTTTGCCGCCATATGGCATAAAGCGGCCGTGAAAGTGTGGTGCTATCGACAACGGTATGCAGGCCGCCTTTTTTACGCGCCCAGCTGAC‑GGGTAGCCAGGTGCAACCATTAAGCATCGCAATCTGTTGCTGTGCCAGTTcagcag < 2:1535701/150‑1 (MQ=255) cGCTATTTTGCAGCCATATGGCATAAAGCGGCCGTGAAAGTGTTGTGCTATCGACAACGGTATGCAGGCCGCCTTTTTTACGCGCCCCGCTGAC‑GGGTAGCCAGGTGCAACCATTAAGCATCGCAATCTGTTGCTGTGCCAGTTcagcag > 1:286356/1‑150 (MQ=255) gCTATTTTGCAGCCATATGGCATAAAGCGGCCGTGAAAGTGTTGTGCTATCGACAACGGTATGCAGGCCGCCTTTTTTACGCGCCCAGCTGAC‑GGGTAGCCAGGTGCAACCATTAAGCATCGCAGTCTGTTGCTGTGCCAGTTCAGCAGa > 2:956946/1‑150 (MQ=255) tATTTTGCAGCCATATGGCATAAAGCGGCCGTGAAAGTGTTGTGGTATCGACAACGGTATGCAGGCCGCC‑TTTTTACGCGCCCAGCTGAC‑GGGTAGCCAGGTGCAACCATTAAGCATCGCAATCTGTTGCTGTGCCAGTTCAGCAGAACt < 2:1283974/150‑1 (MQ=255) tATTTTGCAGCCATATGGCATAAAGCGGCCGTGAAAGTGTTGTGCTATCGACAACGGTATGCAGGCCGCCTTTTTTACGCGCCCAGCTGAC‑GGGTAGCCAGGTGCAACCATTAAGCATCGCAATCTGTTGCTGTGCCAGTTCAGCAGAAc < 2:497833/150‑1 (MQ=255) tATTTTGCAGCCATATGGCATAAAGCGGCCGTGAAAGTGTTGTGCTATCGACAACGGTATGCAGGCCGCCTTTTTTACGCGCCCAGCTGAC‑GGGTAGCCAGGTGCAACCATTAAGCATCGCAATCTGTTGCTGTGCCAGTTCAGCAGAAc < 2:1064036/150‑1 (MQ=255) 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cTGTGCCAGTTCAGCAGAACTGGTTGTCAGAATGGGCACTTCGTCAGCACCGATCAAACCTGCCTCATGCTGTTGAAAATCTGGCCCCCACTCAAGTCGCAGATAATTAAGATCTCCCTTTAGTTTTGAAGGGGCACTGGTATAAAgcgc < 2:1267316/150‑1 (MQ=255) tgCCAGTTCAGCAGAACTGGTTGTCAGAATGGGCACTTCGTCAGCACCGATCAAACCTGCCTCATGCTGTTGAAAATCTGGCCCCCACTCAAGTCGCAGATAATTAAGATCTCCGTTTAGTTTTGATGGGGCACTGGTATAAAGCGCTaa > 1:1149292/1‑150 (MQ=255) aaccAGTTCTGCTGAACTGGTTGTCAGAATGGGCACTTCGTCAGCACCGATCAAACCTGCCTCATGCTGTTGAAAATCTGGCCCCCACTCAAGTCGCAGATAATTAAGATCTCCCTTTAGTTTTGAAGGGGCACTGGTATAAAGCGCTaa > 1:444617/3‑150 (MQ=255) gCCAGTTCAGCAGAACTGGTTGTCAGAATGGGCACTTCGTCAGCACCGATCAAAACTGCCTCATGCTGATGAAAATCTGGCCCCCACTCAAGTCGCAGATAATTAAGATCTCCCATAAGTTTTGAAGGGCCACAGGTATAAAGCGCTaaa > 1:1425410/1‑150 (MQ=255) ccAGTTCAGCAGAACTGGTTGTCAGAATGGGCACTTCGTCAGCACCGATCAAACCTGCCTCATGCTGTTGAAAATCTGGCCCCCACTCAAGTCGCAGATAATTAAGATCTCCCTTTAGTTTTGAAGGGGCACTGGTATAAAGCGCTAAAg < 2:44007/150‑1 (MQ=255) 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cagcagAACTGGTTGTCAGAATGGGCACTTCGTCAGCACCGATCAAACCTGCCTCATGCTGTTGAAAATCTGGCCCCCACTCAAGTCGCAGATAATTAAGATCTCCCTTTAGTTTTGAAGGGGCACTGGGATAAAGCGCTAAAGTGAAat > 2:936922/1‑150 (MQ=255) cagAACTGGTTGTCAGAATGGGCACTTCGTCAGCACCGATCAAACCTGCCTCATGCTGTTGAAAATCTGGCCCCCACTCAAGTCGCAGATAATTAAGATCTCCCTTTAGTTTTGAAGGGGCACTGGTATAAAGCGCTAAAGTGAAATATc < 1:1236141/150‑1 (MQ=255) | TCGCTATTTTGCAGCCATATGGCATAAAGCGGCCGTGAAAGTGTTGTGCTATCGACAACGGTATGCAGGCCGCCTTTTTTACGCGCCCAGCTGAC‑GGGTAGCCAGGTGCAACCATTAAGCATCGCAATCTGTTGCTGTGCCAGTTCAGCAGAACTGGTTGTCAGAATGGGCACTTCGTCAGCACCGATCAAACCTGCCTCATGCTGTTGAAAATCTGGCCCCCACTCAAGTCGCAGATAATTAAGATCTCCCTTTAGTTTTGAAGGGGCACTGGTATAAAGCGCTAAAGTGAAATATC > NC_000913/3947186‑3947483 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |