| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 3,989,197 | A→G | 5.6% | L211P (CTA→CCA) | hemD ← | uroporphyrinogen III synthase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,989,197 | 0 | A | G | 5.6% | 320.9 / 7.0 | 108 | L211P (CTA→CCA) | hemD | uroporphyrinogen III synthase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (49/51); new base G (3/3); total (52/56) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 4.12e-01 | |||||||||||
Only 100 of 111 total aligned reads displayed.
TTTTTTCTTGTTCCGTCATTATGGCTTCCTGTTATGAGAGTTATTGTAATGCCCGTAAAAGCGCATCGTTGTCAGCGTTATCGGCGACCTTAATGTCTTGCCAGCCCAGTTCCCGGGCGAGTTTCGCCAAACGCTCACTGACGACCAATAGTCGACAGTGTAGTAACCAGTGCTCACGATACCATTGTGGGATCAGCGACCAGAGTTGCTGCAACATTTCACCGCTGGTAACAACGACCATCGTCACCTCGCGGGCTTGCCAGCGCATCGCTTCTTCTGCACCATCGTAATGGATTGCG > NC_000913/3989048‑3989346 | ttttttCTTGTTCCGTCATTATGGCTTCCTGTTATGAGAGTTATTGTAATGCCCGTAAAAGCGCATCGTTGTCAGCGTTATCGGCGACCTTAATGTCTTGCCAGCCCAGTTCCCGGGCGAGTTTCGCCAAACGCTCACTGACGACCAATa > 1:993860/1‑150 (MQ=255) tttttCTTGTTCCGTCATTATGGCTTCCTGTTATGAGAGTTATTGTAATGTCCGTAAAAGCGCATCGTTGTCAGCGTTATCGGCGACCTTAATGTCTTGCCAGCCCAGTTCCCGGGCGAGTTTCGCCAAACGCTCACTGACGACCAATAg < 2:766996/150‑1 (MQ=255) ttttCTTGTTCCGTCATTATGGCTTCCTGTTATGAGAGTTATTGTAATGCCCGTAAAAGCGCATCGTTGGCAGCGTTATCGGCGACCTTAATGTCTTGCCAGCCCAGTTCCCGGGCGAGTTTCGCCAAACGCTCACTGACGACCAATAGt < 2:920202/150‑1 (MQ=255) tttCTTGTTCCGTCATTATGGCTTCCTGTTATGAGAGTTATTGTAATGCCCGTAAAAGCGCATCGTTGTCAGCGTTATCGGCGACCTTAATGTCTTGCCAGCCCAGTTCCCGGGCGAGTTTCGCCAAACGCTCACTGACGACCAATAGTc < 2:1343817/150‑1 (MQ=255) ttCTTGTTCCGTCATTATGGCTTCCTGTTATGAGAGTTATTGTAATGCCCGTAAAAGCGCATCGTTGTCAGCGTTATCGGCGACCTTAATGTCTTGCCAGCCCAGTTCCCGGGCGAGTTTCGCCAAACGCTCACTGACGTCCAATAGTCg < 1:215546/150‑1 (MQ=255) cTTGTTCCGTCATTATGGCTTCCTGTTATGAGAGTTATTGTAATGCCCGTAAAAGCGCATCGTTGTCAGCGTTATCGGCGACCTTAATGTCTTGCCAGCCCAGTTCCCGGGCGAGTTTCGCCAAACGCTCACTGACGACCAATAGTCGAc > 1:1049101/1‑150 (MQ=255) cTTGTTCCGTCATTATGGCTTCCTGTTATGAGAGTTATTGTAATGCCCGTAAAAGCGCATCGTTGTCAGCGTTATCGGCGACCTTAATGTCTTGCCAGCCCAGTTCCCGGGCGAGTTTCGCCAAACGCTCACTGACGACCAATAGTCGAc < 1:1155006/150‑1 (MQ=255) cTTGTTCCGTCATTATGGCTTCCTGTTATGAGAGTTATTGTAATGCCCGTAAAAGCGCATCGTTGTCAGCGTTATCGGCGACCTTAATGTCTTGCCAGCCCAGTTCCCGGGCGAGTTTCGCCAAACGCTCACTGACGACCAATAGTCGAc < 1:812541/150‑1 (MQ=255) tGTTCCGTCATTATGGCTTCCTGTTATGAGAGTTATTGTAATGCCCGTAAAAGCGCATCGTTGTCAGCGTTATCGGCGACCTTAATGTCTTGCCAGCCCAGTTCCCGGGCGAGTTTCGCCAAACGCTCACTGACGACCAATAGTCGACAg > 2:1446130/1‑150 (MQ=255) tCCGTCATTCTGGCTGCCTCTTCTGCGAGTAATTGTAATGCCCTTAATAGCGCATCGTTGTCAGCGGTATCGGCGACCTTAATGTCTTGGCTGCAAAGTTCCCGGGCGAGTTTCGCGAAACGCTCACTGACGACCAATAGTCGACAgtgt < 2:468357/150‑1 (MQ=255) tCCGTCATTATGTCTTCCTGTTATGAGAGTTATTGTACTGCCCGTAAAAGCGCATCGTTGTCAGCGTTTTCGGCGACCTTAATGTCTTGCCATCACTTTTCCAGGGCGAGTTTCGCCAAACGATCACTGACGACCAATAGTAGACAgtgt < 2:1227190/150‑1 (MQ=255) tCCGTCATTATGGCTTCCTGTTATGAGAGTTATTGTAATGCCCGTAAAAGCGCATCGTTGTCAGCGTTATCGGCGACCTTAATGTCTTGCCAGCCCAGTTCCCGGGCGAGTTTCGCCAAACGCTCACTGTCGACTATTGGTCGTCAgtga < 2:332577/150‑2 (MQ=255) ccGTCATTATGGCTTCCTGTTATGAGAGTTATTGTAATGCCCGTAAAAGCGCATCGTTGTCAGCGTTATCGGCGACCTTAATGTCTTGCCAGCCCAGTTCCCGGGCGAGTTTCGCCAAACGCTCACTGTCGACTATTGGTCGTCAgtgag < 2:34360/150‑3 (MQ=255) ccGTCATTATGGCTTCCTGTTATGAGAGTTATTGTAATGCCCGTAAAAGCGCAGCGTGGTCAGCGTTATCGGCGACCTTAATGGCTTGCCAGCCCAGTTCCCGGGCGAGTTTCGCCAAACGCTCACTGACGACCAATAGTCGACAGTgta < 1:487923/150‑1 (MQ=255) cGTCATTATGGCTTCCTGTTATGAGAGTTATTTTAATGCCCGTAAAAGCGCAACCTTGTCAGCGTTATATGCGACCTTAATGGCTTGCCAGCCCAGTGCCCGGGCGAGTTTCGCCAACCGCTCACGGCCGACCAATAGTCGCCAgtttct > 2:1107640/1‑146 (MQ=255) cGTCATTATGGCTTCCTGTTATGAGAGTTATTGTAATGCCCGTAAAAGCGCATCGTTGTCAGCGTTATCGGCGACCTTAATGTCTTGCCAGCCCAGTTCCCGGGCGAGTTTCGCCAAACGCTCACTGACGACCAATAGTCGACAGTgtag < 1:1526773/150‑1 (MQ=255) gTCATTATGGCTTCCTGTTATGAGAGTTATTGTAATGCCCGTAAAAGCGCATCGTTGTCAGCGTTATCGGCGACCTTAATGTCTTGCCAGCCCAGTTCCCGGGCGAGTTTCGCCAAACGCTCACTGACGACCAATAGTCGACAGTgtagt > 1:876728/1‑150 (MQ=255) gTCATTATGGCTTCCTGTTATGAGAGTTATTGTAATGCCCGTAAAAGCGCATCGTTGTCAGCGTTATCGGCGACCTTAATGTCTTGCCAGCCCAGTTCCCGGGCGAGTTTCGCCAAACGCTCACTGACGACCAATAGTCGACAGTgtagt > 1:488292/1‑150 (MQ=255) 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aGTCGACAGTGTAGTAACCAGTGCTCACGATACCATTGTGGGATCAGCGACCAGAGTTGCTGCAACATTTCACCGCTGGTAACAACGTCCATCGTCACCTCGCTGGCTTGCCAGCGCATCGCTTCTTCTGCACCATCGTAATGGATTgcg < 2:876728/150‑1 (MQ=255) | TTTTTTCTTGTTCCGTCATTATGGCTTCCTGTTATGAGAGTTATTGTAATGCCCGTAAAAGCGCATCGTTGTCAGCGTTATCGGCGACCTTAATGTCTTGCCAGCCCAGTTCCCGGGCGAGTTTCGCCAAACGCTCACTGACGACCAATAGTCGACAGTGTAGTAACCAGTGCTCACGATACCATTGTGGGATCAGCGACCAGAGTTGCTGCAACATTTCACCGCTGGTAACAACGACCATCGTCACCTCGCGGGCTTGCCAGCGCATCGCTTCTTCTGCACCATCGTAATGGATTGCG > NC_000913/3989048‑3989346 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |