| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 4,041,220 | T→C | 6.7% | S72G (AGC→GGC) | mobB ← | molybdopterin‑guanine dinucleotide biosynthesis protein B |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,041,220 | 0 | T | C | 6.7% | 393.5 / 14.0 | 135 | S72G (AGC→GGC) | mobB | molybdopterin‑guanine dinucleotide biosynthesis protein B |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (68/58); new base C (5/4); total (73/62) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.73e-02 | |||||||||||
Only 100 of 143 total aligned reads displayed.
AACAGCACAATCTTTGCGATCTCTTCATGCTTAAACCCTTCGACCAGAATCAAATCCAGCTTTGAGGTATCCATTCGACTTGCGAGAAACTGTAGATCCAGCTCTTCTTCGTCTGGTGTTTCCGTCATCAAGGCCCATCGTTGCTGGCTGGCAACGATGGTTTGTGCCGCGCCAGCCTTGCGCAGCTCATAGCTATCTTTGCCTGGCTTATCAACATCCATATCATGGTGCGTATGCTTAATCAGCCCTGGACGGATCCCTCTGGCGCATAATGCCGGGATCAGTTTTTTCAAAAGC > NC_000913/4041072‑4041368 | aaTCTTTGCGATCTCTTCATGCTTAAACCCTTCGACCAGAATCAAATCCAGCTTTGAGGTATCCATTCGACTTGCGAGAAACTGTAGATCCAGCTCTTCTTCGTCTGGTGTTTCCGTCATCAAGGCCCATCGTTGCTGGCTGGCAACGAt > 1:319034/1‑150 (MQ=255) aaTCTTTGCGATCTCTTCATGCTTAAACCCTTCGACCAGAATCAAATCCAGCTTTGAGGTATCCATTCGACTTGCGAGAAACTGTAGATCCAGCTCTTCTTCGTCTGGTGTTTCCGTCATCAAGGCCCATCGTTGCCAGCCAGCAACGAt < 1:540061/150‑1 (MQ=255) aaTCTTTGCGATCTCTTCATGCTTAAACCCTTCGACCAGAATCAAATCCAGCTTTGAGGTATCCATTCGACTTGCGAGAAACTGTAGATCCAGCTCTTCTTCGTCTGGTGTTTCCGTCATCAAGGCCCATCGTTGCCAGCCAGCAACGAt < 1:694953/150‑1 (MQ=255) aTCTTTGCGATCTCTTCATGCTTAAACCCTTCGACCAGAATCAAATCCAGCTTTGAGGTATCCATTCGACTTGCGAGAAACTGTAGATCCAGCTCTTCTTCGTCTGGTGTTTCCGTCATCAAGGCCCATCGTTGCTGGCTGGCAACGATg < 1:739841/150‑1 (MQ=255) cTTTGCGATCTCTTCATGCTTAAACCCTTCGACCAGAATCAAATCCAGCTTTGAGGTATCCATTCGACTTGCGAGAAACTGTAGATCCAGCTCTTCTTCGTCTGGTGTTTCCGTCATCAAGGCCCATCGTTGCTGGCTGGCAACGATGGt < 2:1443716/150‑1 (MQ=255) cTTTGCGATCTCTTCATGCTTAAACCCTTCGACCAGAATCAAATCCAGCTTTGAGGTATCCATTCGACTTGCGAGAAACTGTAGATCCAGCTCTTCTTCGTCTGGTGTTTCCGTCATCAAGGCCCATCGTTGCTGGCTGGCAACGATGGt > 1:622817/1‑150 (MQ=255) cTTTGCGATCTCTTCATGCTTAAACCCTTCGACCAGAATCAAATCCAGCTTTGAGGTATCCATTCGACTTGCGAGAAACTGTAGATCCAGCTCTTCTTCGTCTGGTGTTTCCGTCATCAAGGCCCATCGTTGCTGGCTGGCAACGATGGt > 2:1055445/1‑150 (MQ=255) tttGCGATCTCTTCATGCTTAAACCCTTCGACCAGAATCAAATCCAGCTTTGAGGTATCCATTCGACTTGCGAGAAACTGTAGATCCAGCTCTTCTTCGTCTGGTGTTTCCGTCATCAAGGCCCATCGTTGCCAGCCAGCAACGATgggc < 2:91115/150‑3 (MQ=255) cGATCTCTTCATGCTTAAACCCTTCGACCAGAATCAAATCCAGCTTTGAGGTATCCATTCGACTTGCGAGAAACTGTAGATCCAGCTCTTCTTCGTCTGGTGTTTCCGTCATCAAGGCCCATCGTTGCTGGCTGGCAACGATGGTTtgtg > 2:197009/1‑150 (MQ=255) cGATCTCTTCATGCTTAAACCCTTCGACCAGAATCAAATCCAGCTTTGAGGTATCCATTCGACTTGCGAGAAACTGTAGATCCAGCTCTTCTTCGTCTGGTGTTTCCGTCATCAAGGCCCATCGTTGCTGGCTGGCAACGATGGTTtgtg < 1:598584/150‑1 (MQ=255) cGATCTCTTCATGCTTAAACCCTTCGACCAGAATCAAATCCAGCTTTGAGGTATCCATTCGACTTGCGAGAAACTGTAGATCCAGCTCTTCTTCGTCTGGTGTTTCCGTCATCAAGGCCCATCGTTGCTGGCTGGCAACGATGGTTtgtg > 1:1315363/1‑150 (MQ=255) taTCTCTTCATGCTTAAACCCTTCGACCAGAATCAAATCCAGCTTTGAGGTATCCATTCGACTTGCGAGAAACTGTAGATCCCGCTCTTCTTCGTCTGGTGGTTCCGTCATCAAGGCCCATCGTTGCTGGCTGGCAACGATGGTTTGTGc < 2:55954/149‑1 (MQ=255) gATCTCTTCATGCTTAAACCCTTCGACCAGAATCAACTCCAGCTTTGAGGTATCCATTCGGCTTGCGAGAAACTGTAGATCCAGCTCTTCTTCGTCTGGTGTTTCCGTCATCAAGGCCCATCGTTGCTGGCTGGCAACGATGGTTTGTGc < 1:680728/150‑1 (MQ=255) 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caAGGCCCATCGTTGCTGGCTGGCAACGATGGTTTGTGCCGCGCCAGCCTTGCGCAGCTCATAGCTATCTTTGCCTGGCTTATCAACATCCATATCATGGTTCGTATGCTTAATCAGCCCTGGACGGATCCCTCTGGCGCATAATGCCgg > 2:75025/1‑150 (MQ=255) caAGGCCCATCGTTGCTGGCTGGCAACGATGGTTTGTGCCGCGCCAGCCTTGCGCAGCTCATAGCTATCTTTGCCTGGCTTATCAACATCCATATCATGGTGCGTATGCTTAATCAGCCCTGGACGGATCCCTCTGGCGCATAATGCCgg < 1:1266601/150‑1 (MQ=255) caAGGCCCATCGTTGCTGGCTGGCAACGATGGTTTGTGCCGCGCCAGCCTTGCGCAGCTCATAGCTATCTTTGCCTGGCTTATCAACATCCATATCATGGTGCGTATGCTTAATCAGCCCTGGACGGATCCCTCTGGCGCATAATGCCgg > 2:1573756/1‑150 (MQ=255) caGGCCCATCGTTGCTGGCTGGCAACGATGGTTTGTGCCGCGCCAGCCTTGCGCAGCTCATAGCTATCTTTGCCTGGCTTATCAACATCCATATCATGGTGCGTATGCTTAATCAGCCCTGGACGGATCCCTCTGGCGCATAATGCCggg < 1:215752/149‑1 (MQ=255) aaGGCCCATCGTTGCTGGCTGGCAACGATGGTTTGTGCCGCGCCAGCCTTGCGCAGCTCATAGCTATCTTTGCCTGGCTTATCAACATCCATATCATGGTGCGTATGCTTAATCAGCCCTGGACGGATCCCTCTGGCGCATAATGCCggg < 1:1354624/150‑1 (MQ=255) aaGGCCCATCGTTGCTGGCTGGCAACGATGGTTTGTGCCGCGCCAGCCTTGCGCAGCTCATAGCTATCTTTGCCTGGCTTATCAACATCCATATCATGGTGCGTATGCTTAATCAGCCCTGGACGGATCCCTCTGGCGCATAATGCCggg < 2:1057007/150‑1 (MQ=255) aaGGCCCAGCGTTGCTGGCTGGCTACGATGGTTTGTGCAGCGCCTGCCTTGCGCAGCTCATAGCTATCTTTGCCTGGCTTATCAACATCCATATCATGGTGCGTATGCTTAATCAGCCCTGGACGGATCCCTCTGGCGCATAATGCCggg < 2:1406206/150‑1 (MQ=255) aaaccATCGTTGCCAGCCAGCAACGATGGTTTGTGCCGCGCCAGCCTTGCGCAGCTCATAGCTATCTTTGCCTGGCTTATCAACATCCATATCATGGTGCGTATGCTTAATCAGCCCTGGACGGATCCCTCTGGCGCATAATGCCGGGAt > 1:1731934/4‑150 (MQ=255) gCCCATCGTTGCTGGCTGGCAACGATTGTTTGTGCCGCGCCAGCCTTGCGCAGCTCATAGCTATCTTTGCCTGGCTTATCAACATCCATATCATGGTGCGTATGCTTAATCAGCCCTGGACGGATCCCTCTGGCGCATAATGCCGGGATc < 1:715448/150‑1 (MQ=255) gCCCATCGTTGCTGGCTGGCAACGATGGTTTGTGCCGCGCCAGCCTTGCGCAGCTCATAGCTATCTTTGCCTGGCTTATCAACATCCATATCATGGTGCGTATGCTTAATCAGCCCTGGACGGATCCCTCTGGCGCATAATGCCGGGATc < 1:1055445/150‑1 (MQ=255) gCCCATCGTTGCTGGCTGGCAACGATGGTTTGTGCCGCGCCAGCCTTGCGCAGCTCATAGCTATCTTTGCCTGGCTTATCAACATCCATATCATGGTGCGTATGCTTAATCAGCCCTGGACGGATCCCTCTGGCGCATAATGCCGGGATc < 2:373105/150‑1 (MQ=255) gCCCATCGTTGCTGGCTGGCAACGATGGTTTGTGACGCGCCAGCCTTGCGCAGCTCATAGCTATCTTTGCCTGGCTTATCAACATCCATATCATGGTGCGTATGCTTAATCAGCCCTGGACGGATCCCTCTGGCGCATAATGCCGGGATc < 2:1422354/150‑1 (MQ=255) ccATCGTTGCTGGCTGGCAACGATGGTTTGTGCCGCGCCAGCCTTGCGCAGCTCATAGCTATCTTTGCCTGGCTTATCAACATCCATATCATGGTGCGTATGCTTAATCAGCCCTGGACGGATCCCTCTGGCGCATAATGCCGGGATCAg < 1:964238/150‑1 (MQ=255) ccATCGTTGCCAGCCAGCAACGATGGTTTGTGCCGCGCCAGCCTTGCGCAGCTCATAGCTATCTTTGCCTGGCTTATCAACATCCATATCATGGTGCGTATGCTTAATCAGCCCTGGACGGATCCCTCTGGCGCATAATGCCGGGATCAg > 1:1203487/1‑150 (MQ=255) aTCGTTGCTGGCTGGCAACGATGGTTTGTGCCGCGCCAGCCTTGCGCAGCTCATAGCTTTCTTTGCCTGGCTTATCAACATCCATATCATGGTGCGTATGCTTAATCAGCCCTGGACGGATCCCTCTGGCGCATAATGCCGGGATCAGtt > 1:300003/1‑150 (MQ=255) aTCGTTGCCAGCCAGCAACGATGGTTTGTGCCGCGCCAGCCTTGCGCAGCTCATAGCTATCTTTGCCTGGCTTATCAACATCCATATCATGGTGCGTATGCTTAATCAGCCCTGGACGGATCCCTCTGGCGCATAATGCCGGGATCAGtt > 2:1607194/1‑150 (MQ=255) cGTTGCTGGCTGGCAACGATGGTTTGTGCCGCGCCAGCCTTGCGCAGCTCATAGCTATCTTTGCCTGGCTTATCAACATCCATATCATGGTGCGTATGCTTAATCAGCCCTGGACGGATCCCTCTGGCGCATAATGCCGGGATCAGtttt > 2:862931/1‑150 (MQ=255) tGCTGGCTGGCAACGATGGTTTGTGCCGCGCCAGCCTTGCGCAGCTCATAGCTATCTTTGCCTGGCTTATCAACATCCATATCATGGTGCGTATGCTTAATCAGCCCTGGACGGATCCCTCTGGCGCATAATGCCGGGATCAGTTTTTTc < 2:1535330/150‑1 (MQ=255) ctggctggCAACGATGGTTTGTGCCGCGCCAGCCTTGCGCAGCTCATAGCTATCTTTGCCTGGCTTATCAACATCCATATCATTGTGCGTATGCTTAATCAGCCCTGGACGGATCCCTCTGGCGCATAATGCCGGGATCAGTTTTTTCaa < 2:146676/150‑1 (MQ=255) gctggcAACGATGGTTTGTGCCGCGCCAGCCTTGCGCAGCTCATAGCTATCTTTGCCTGGCTTATCAACATCCATATCATGGTGCGTATGCTTAATCAGCCCTGGACGGATCCCTCTGGCGCATAATGCCGGGATCAGTTTTTTCAAAAg < 2:1662475/150‑1 (MQ=255) ctggcAACGATGGTTTGTGCCGCGCCCGCCTTGCGCATCTCATAGCTATCTTGGCCGGGCTTATCAACATCCATATCATGGTGCGTATGCTTAATCAGCCCTGGACGGTTCCCTCTGGGGCATAATGCCGGGATCAGTTTGTTCAAAAGc > 2:1071712/1‑150 (MQ=255) | AACAGCACAATCTTTGCGATCTCTTCATGCTTAAACCCTTCGACCAGAATCAAATCCAGCTTTGAGGTATCCATTCGACTTGCGAGAAACTGTAGATCCAGCTCTTCTTCGTCTGGTGTTTCCGTCATCAAGGCCCATCGTTGCTGGCTGGCAACGATGGTTTGTGCCGCGCCAGCCTTGCGCAGCTCATAGCTATCTTTGCCTGGCTTATCAACATCCATATCATGGTGCGTATGCTTAATCAGCCCTGGACGGATCCCTCTGGCGCATAATGCCGGGATCAGTTTTTTCAAAAGC > NC_000913/4041072‑4041368 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |