| Predicted mutation | |||||||
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| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,080,035 | 0 | A | C | 7.3% | 411.6 / 16.5 | 153 | intergenic (+66/+264) | yiiF/fdhE | putative thymol sensitivity protein, CopG family putative transcriptional regulator/formate dehydrogenase formation protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (64/77); new base C (6/6); total (70/83) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.72e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.34e-01 | |||||||||||
Only 100 of 160 total aligned reads displayed.
GCAAGAACCAGTGTTCCTGGCATCTGGCAAGGGTGTGAGGAAGATGGTGTCGAATATCAGCGTAAGCTGCGCGAGGAATGGTAATGGGAAAAAATGATGTCAATCAGATTGCTGACAACGTGCGCGTTGTTCATGCCGGATGCGGCGTGAACGCCTTATCCGGCCTACAAAGTCGTATAAATTCAATGTATTGCAGTTTATTGGTAGGCCTGATAAGCGCAGCGCATCAGGCAATCTTACGCTTGTCATCAGTCTCATGCCCATAACCTTATTGATGTGGTGGTGGGTAAATTGAGGCC > NC_000913/4079886‑4080184 | cAAGAACCAGTGTTCCTGGCATCTGGCAAGGGTGTGAGGAAGATGGTGTCGAATATCAGCGTAAGCTGCGCGAGGAATGGTAATGGGAAAAAATGATGTCAATCAGATTGCTGACAACGTGCGCGTTGTTCATGCCGGATGCGGCGTGaa > 2:1608088/1‑150 (MQ=255) cAAGAACCAGTGTTCCTGGCATCTGGCAAGGGTGTGAGGAAGATGGTGTCGAATATCAGCGTAAGCTGCGCGAGGAATGGTAATGGGAAAAAATGATGTCAATCAGATTGCTGACAACGTGCGCGTTGTTCATGCCGGATGCGGCGTGaa > 2:1132655/1‑150 (MQ=255) aaGAACCAGTGTTCCTGGCATCTGGCAAGGGTGTGAGGAAGATGGTGTCGAATATCAGCGTAAGCTGCGCGAGGAATGGTAATGGGAAAAAATGATGTCAATCAGATTGCTGACAACGTGCGCGTTGTTCATGCCGGATGCGGCGTGAAc > 1:1324129/1‑150 (MQ=255) 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ccGGATGCGGCGTGAACGCCTTATCCGGCCTACAAAGTCGTATAAATTCAATGTATTGCCGTTTATTGGTAGGCCTTATAAGCGCAGCGCATCAGGCAATCTTACGCTTGTCATCAGTCTCATGCCCATAACCTTATTGATgtggtggtg < 2:554394/150‑1 (MQ=255) ccGGATGCGGCGTGAACGCCTTATCCGGCCTACAAAGTCGTATAAATTCAATGTATTGCAGTTTATTGGTAGGCCTGATAAGCGCAGCGCATCAGGCAATCTTACGCTTGTCATCAGTCTCATGCCCATAACCTTATTGATgtggtggtg < 2:1619837/150‑1 (MQ=255) ggATGCGGCGTGAACGCCTTATCCGGCCTACAAAGTCGTATAAATTCAATGTATTGCAGTTTATTGGTAGGCCTGATAAGCGCAGCGCATCAGGCAATCTTACGCTTGTCATCAGTCTCATGCTCATAACCTTATTGATGTGGTGGTggg < 1:29567/150‑1 (MQ=255) gATGCGGCGTGAACGCCTTATCCGGCCTACAAAGTCGTATAAATTCAATGTATTGCAGTTTATTGGTAGGCCTGATAAGCGCAGCGCATCAGGCAATCTTACGCTTGTCATCAGTCTCATGCCCATAACCTTATTGATGTGGTGGTGGGt < 1:1114079/150‑1 (MQ=255) cggcgTGAACGCCTTATCCGGCCTACAAAGTCGTATAAATTCAATGTATTGCAGTTTATTGGTAGGCCTGATAAGCGCAGCGCATCAGGCAATCTTACGCTTGTCATCAGTCTCATGCCCATAACCTTATTGATGTGGTGGTGGGTAAAt > 1:38701/1‑150 (MQ=255) gcgTGAACGCCTTATCCGGCCTACAAAGTCGTATAAATTCAATGTATTGCAGTTTATTGGTAGGCCTGATAAGCGCAGCGCATCAGGCAATCTTACGCTTGTCATCAGTCTCATGCCCATAACCTTATTGATGTGGTGGTGGGTAAATTg < 2:686650/150‑1 (MQ=255) cgTGAACGCCTTATCCGGCCTACAAAGTCGTATAAATTCAATGTATTGCAGTTTATTGGTAGGCCTGATAAGCGCAGCGCATCAGGCAATCTTACGCTTGTCATCAGTCTCATGCCCATAACCTTATTGATGTGGTGGTGGGTAAATTGa > 2:935247/1‑150 (MQ=255) cgTGAACGCCTTATCCGGCCTACAAAGTCGTATAAATTCAATGTATTGCAGTTTATTGGTAGGCCTGATAAGCGCAGCGCATCAGGAAATCTTACGCTTGTCATCAGTCTCATGCCCATACCCTTAGTGATGTGGTGGGGGGTAAATTGa > 2:1727333/1‑150 (MQ=255) tGAACGCCTTATCCGGCCTACAAAGTCGTATAAATTCAATGTATTGCAGTTTATTGGTAGGCCTGATAAGCGCAGCGCATCAGGCAATCTTACGCTTGTCATCAGTCTCATGCCCATAACCTTATTGATGTGGTGGTGGGTAAATTGAgg > 2:193644/1‑150 (MQ=255) tGAACGCCTTATCCGGCCTACAAAGTCGTATAAATTCAATGTATTGCAGTTTATTGGTAGGCCTGATAAGCGCAGCGCATCAGGCAATCTTACGCTTGTCATCAGTCTCATGCCCATAACCTTATTGATGTGGTGGTGGGTAAATTGAgg < 2:794224/150‑1 (MQ=255) tGAACGCCTTATCCGGCCTACAAAGTCGTATAAATTCAATGTATTGCAGTTTATTGGTAGGCCTGATAAGCGCAGCGCATCAGGCAATCTTACGCTTGTCATCAGTCTCATGCCCATAACCTTATTGATGTGGTGGTGGGTAAATTGAgg > 2:1546200/1‑150 (MQ=255) aaCGCCTTATCCGGCCTACAAAGTCGTATAAATTCAATGTATTGCAGTTTATTGGTAGGCCTGATAAGCGCAGCGCATCAGGCAATCTTACGCTTGTCATCAGTCTCATGCCCATAACCTTATGGATGTGGTGGTGGGTAAATTGAGGcc > 2:1273163/1‑150 (MQ=255) | GCAAGAACCAGTGTTCCTGGCATCTGGCAAGGGTGTGAGGAAGATGGTGTCGAATATCAGCGTAAGCTGCGCGAGGAATGGTAATGGGAAAAAATGATGTCAATCAGATTGCTGACAACGTGCGCGTTGTTCATGCCGGATGCGGCGTGAACGCCTTATCCGGCCTACAAAGTCGTATAAATTCAATGTATTGCAGTTTATTGGTAGGCCTGATAAGCGCAGCGCATCAGGCAATCTTACGCTTGTCATCAGTCTCATGCCCATAACCTTATTGATGTGGTGGTGGGTAAATTGAGGCC > NC_000913/4079886‑4080184 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |