| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 4,193,290 | G→A | 7.2% | P96L (CCC→CTC) ‡ | thiF ← | adenylyltransferase, modifies ThiS C‑terminus |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,193,290 | 0 | G | A | 7.2% | 294.1 / 8.9 | 97 | P96L (CCC→CTC) ‡ | thiF | adenylyltransferase, modifies ThiS C‑terminus |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (46/44); new base A (5/2); total (51/46) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.40e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.90e-01 | |||||||||||
Only 100 of 103 total aligned reads displayed.
GCGGCGTGTTGAGTGCCACGCAGGCGGCATTAATCTCCTGGCGAGTCGCCATATTGTCGGTACAGTCGAGCACCACATCGGCCCGTGCAACCGCATCTTTTAACGCCTCACCCGTTAACCGTTGTTGTAATGCTGTCAGTTGAATGTCGGGATTCAACTGTGTCAGTCGCTGTTGGCTGACCTGCGATTTCGGGCGATCGATATCTTCAGTGGTAAAGAGGATTTGTCGTTGCAGATTGCTTAAATGCACATCGTCGTCATCTGCCAGTACCAGCGTCCCGACGCCAGCGCCCGCCAGG > NC_000913/4193141‑4193439 | gcggcgTGTTGAGTGCCACGCAGGCGGCATTAATCTCCTGGCGAGTCGCCATATTGTCGGTACAGTCGAGCACCACATCGGCCCGTGCAACCGCATCTTTTAACGCCTCACCCGTTAACCGTTGTTGTATTGCTGTCAGTTGAATGTCgg < 1:238789/150‑1 (MQ=255)cctgcgTGTTGAGAGCCACGCAGGCGGCATTAATCTCCTGCCGAGTCGCCATATTGTCGGTACAGTCGAGCACCACATCGGCCCGTGCAACCGCATCTTTTAACGCCTCACCCGTTAACCGTTGTTGTAATGCTGTCAGTTGAATGTCgg < 2:327222/147‑1 (MQ=255) cgTGTTGAGTGCCACGCAGGCGGCATTAATCTCCTGGCGAGTCGCCATATTGTCGGTACAGTCGAGCACCACATCGGCCCGTGCAACCGCATCTTTTAATGCCTCACCCGTTAACCGTTGTTGTAATGCTGTCAGTTGAATGTCGGGAtt > 2:1247637/1‑150 (MQ=255) 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cacAGTTGAATCCCGACATTCAACTGTGTCAGTCGCTGTTGGCTGACCTGCGATTTCGGGCGATCGATATCTTCAGTGGTAAAGAGGATTTGTCGTTGCAGATTGCTTAAATGCACATCGTCGTCATCTGCCAGTACCAGCGTCCCGACg > 1:1305784/3‑150 (MQ=255) cacAGTTGAATCCCGACATCCAACTGTGTCAGTCGCTGTTGGCTGACCTGCGATTTCGGGCGATCGATATCTTCAGTGGTAAAGAGGATTTGTCGTTGCAGATTGCTTAAATGCACATCGTCGTCATCTGCCAGTACCAGCGTCCCGACg > 1:424972/3‑150 (MQ=255) cAGTTGAATGTCGGGATTCAACTGTGTCAGTCGCTGTTGGCTGACCTGCGATTTCGGGCGATCGATATCTTCAGTGGTAAAGAGGATTTGTCGTTGCAGATTGCTTAAATGCACATCGTCGTCATCTGCCAGTACCAGCGTCCCGACGcc < 2:1227328/150‑1 (MQ=255) cAGTTGAATCCCGACATTCAACTGTGTCAGTCGCTGTTGGCTGACCTGCGATTTCGGGCGATCGATATCTTCAGTGGTAAAGAGGATTTGTCGTTGCAGATTGCTTAAATGCACATCGTCGTCATCTGCCAGTACCAGCGTCCCGACGcc > 2:1661428/1‑150 (MQ=255) aGTTGAATGTCGGGATTCAACTGTGTCAGTCGCTGTTGGCTGACCTGCGATTTCGGGCGATCGATATCTTCAGTGGTAAAGAGGATTTGTCGTTGCAGATTGCTTAAATGCACATCGTCGTCATCTGCCAGTACCAGCGTCCCGACGccc > 2:1463179/1‑149 (MQ=255) aGTTGAATGTCGGGATTCAACTGTGTCAGTCGCTGTTGGCTGACCTGCGATTTCGGGCGATCGATATCTTCAGTGGTAAAGAGGATTTGTCGTTGCAGATTGCTTAAATGCACATCGTCGTCATCTGCCAGTACCAGCGTCCCGACGCCa > 2:813581/1‑150 (MQ=255) aGTTGAATGTCGGGATTCAACTGTGTCAGTCGCTGTTGGCTGACCTGCGATTTCGGGCGATCGATATCTTCAGTGGTAAAGAGGATTTGTCGTTGCAGATTGCTTAAATGAACATCGTCGTCATCTGCAAGTACCAGCGTCCCGACGCCa > 2:231164/1‑150 (MQ=255) gTTGAATGTCGGGATTCAACTGTGTCAGTCGCTGTTGGCTGACCTGCGATTTCGGGCGATCGATATCTTCAGTGGTAAAGAGGATTTGTCGTTGCAGATTGCTTAAATGCACATCGTCGTCATCTGCCAGTACCAGCGTCCTGACGCCAg > 2:1223663/1‑150 (MQ=255) gTTGAATGTCGGGATTCAACTGTGTCAGTCGCTGTTGGCTGACCTGCGATTTCGGGCGATCGATATCTTCAGTGGTAAAGAGGATTTGTCGTTGCAGATTGCTTAAATGCACATCGTCGTCATCTGCCAGTACCAGCGTCCCGACGCCAg > 1:815303/1‑150 (MQ=255) aaTGTCGGGATTCAACTGTGTCAGTCGCTGTTGGCTGACCTGCGATTTCGGGCGATCGATATCTTCAGTGGTAAAGAGGATTTGTCGTTGCAGATTGCTTAAATGCACATCGTCGTCATCTGCCAGTACCAGCGTCCCGACGCCAGcgcc < 2:537549/150‑1 (MQ=255) aaTGTCGGGATTCAACTGTGTCAGTCGCTGTTGGCTGACCTGCGATTTCGGGCGATCGATATCTTCAGTGGTAAAGAGGATTTGTCGTTGCAGATTGCTTAAATGCACATCGTCGTCATCTGCCAGTACCAGCGTCCCGACGCCAGcgcc > 2:448187/1‑150 (MQ=255) aTGTCGGGATTCAACTGTGTCAGTCGCTGTTGGCTGACCTGCGATTTCGGGCGATCGATATCTTCAGTGGTAAAGAGGATTTGTCGTTGCAGATTGCTTAAATGCACATCGTCGTCATCTGCCAGTACCAGCGTCCCGACGCCAGcgccc > 2:188733/1‑150 (MQ=255) cGGGATTCAACTGTGTCAGTCGCTGTTGGCTGACCTGCGATTTCGGGCGATCGATATCTTCAGTGGTAAAGAGGATTTGTCGTTGCAGATTGCTTAAATGCACATCGTCGTCATCTGCCAGTACCAGCGTCCCGACGCCAGCGCCCGCCa > 2:1102052/1‑150 (MQ=255) gggATTCAACTGTGTCAGTCGCTGTTGGCTGACCTGCGATTTCGGGCGATCGATATCTTCAGTGGTAAAGAGGATTTTTCGTTGCAGATTGCTTAAATGCACATCGTCGTCATCTGCCAGTACCAGCGTCCCGACGCCAGCGCCCGCCAg > 1:1045317/1‑150 (MQ=255) ggATTCAACTGTGTCAGTCGCTGTTGGCTGACCTGCGATTTCGGGCGATCGATATCTTCAGTGGTAAAGAGGATTTGTCGTTGCAGATTGCTTAAATGCACATCGTCGTCATCTGCCAGTACCAGCGTCCCGACGCCAGCGCCCGCCAgg > 2:445719/1‑150 (MQ=255) ggATTCAACTGTGTCAGTCGCTGTTGGCTGACCTGCGATTTCGGGCGATCGATATCTTCAGTGGTAAAGAGGATTTGTCGTTGCAGATTGCTTAAATGCACATCGTCGTCATCTGCCAGTACCAGCGTCCCGACGCCAGCGCCCGCCAgg > 1:710978/1‑150 (MQ=255) | GCGGCGTGTTGAGTGCCACGCAGGCGGCATTAATCTCCTGGCGAGTCGCCATATTGTCGGTACAGTCGAGCACCACATCGGCCCGTGCAACCGCATCTTTTAACGCCTCACCCGTTAACCGTTGTTGTAATGCTGTCAGTTGAATGTCGGGATTCAACTGTGTCAGTCGCTGTTGGCTGACCTGCGATTTCGGGCGATCGATATCTTCAGTGGTAAAGAGGATTTGTCGTTGCAGATTGCTTAAATGCACATCGTCGTCATCTGCCAGTACCAGCGTCCCGACGCCAGCGCCCGCCAGG > NC_000913/4193141‑4193439 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |