| Predicted mutation | |||||||
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| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,261,358 | 0 | T | A | 6.2% | 542.2 / 16.0 | 178 | intergenic (+52/‑311) | yjbM/dusA | uncharacterized protein/tRNA‑dihydrouridine synthase A |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (83/84); new base A (3/8); total (86/92) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.15e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.54e-01 | |||||||||||
Only 100 of 183 total aligned reads displayed.
CGAAGTCGTTTGACCCAACCTCAAAGGAAGAGATTAAAATACTTACAGACACTTCTAAATTAATTTATGATTTGTTCGGGGTTAAATCGGAGAAATAATATGTGAAGTTCTTCGATAGTATGGAAGGCATTATATAAAAGGACCCAATATTTATTGGGTTCTTTTTTCTCTATCAATACTATTAGCAGGGAGATATATCACCAGAGTTTAATGTGTGATTTTTTATTTATCGTCGAACCTGGATTGTTTATCATTGGCCTTAACAAAGTTAACGGCTAATAAGATTATTTCCATCA > NC_000913/4261209‑4261504 | cgATGTCGTTTGACCCAACCTCAAAGGAAGAGATTAAAATAATTAAAGACACTTCTAAATAAAATTATTATTTCATATTGGTTAAAACGGAGAAATAATATGTGAAGTTCATCGATAGTATGGAAGGCATTATATAAAAGGACCCAatat > 2:268323/1‑150 (MQ=255) tCGTTTGACCCAACCTCAAAGGAAGAGATTAAAATACTTACAGACACTTCTAAATTAATTTATGATTTGTTCGGGGTTAAATCGGAGAAATAATATGTGAAGTTCTTCGATAGTATGGAAGGCATTATATAAAAGGACCCAAtatttatt < 2:565110/150‑1 (MQ=255) ttGACCCAACCTCAAAGGAAGAGATTAAAATACTCACAGACACTTCTAAATTAATTTATGATTTGTTCGGGGTTAAATCGGAGAAATAATATGTGAAGTTCTTCGATAGTATGGAAGGCATTATATAAAAGGACCCAATATTTATTGGGt < 2:1181382/150‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |