| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 4,280,224 | G→T | 6.3% | G82V (GGT→GTT) | yjcE → | putative cation/proton antiporter |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,280,224 | 0 | G | T | 6.3% | 329.2 / 10.4 | 111 | G82V (GGT→GTT) | yjcE | putative cation/proton antiporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (44/59); new base T (5/2); total (50/61) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.38e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.21e-01 | |||||||||||
Only 100 of 115 total aligned reads displayed.
TATGCAAATCGCCATCGGTGCGCTACTGGCGTGGCCGACGTTTGGTTTGCATGTGGAGTTTGATCCTGAACTCTTTTTAGTCTTGTTTATCCCGCCGTTGCTGTTCGCTGATGGCTGGAAAACGCCGACCCGTGAATTTCTCGAACATGGTCGAGAGATTTTCGGCCTCGCGCTGGCGCTGGTGGTGGTCACCGTGGTCGGCATTGGCTTCCTTATTTACTGGGTGGTGCCGGGCATTCCGCTGATCCCTGCCTTTGCGCTGGCGGCGGTGCTTTCTCCGACCGATGCTGTGGCGC > NC_000913/4280075‑4280370 | tATGCAAATCGCCATCGGTGCGCTACTGGCGTGGCCGACGTTTGGTTTGCATGTGGAGTTTGATCCTGAACTCTTTTTAGTCTTGTTTATCCCGCCGTTGCTGTTCGCTGATGGCTGGAAAACGCCGACCCGTGAATTTCTCGAACATgg > 1:1527473/1‑150 (MQ=255)tATGCAAATCGCCATCGGTGCGCTACTGGCGTGGCCGACGTTTGGTTTGCATGTGGAGTTTGATCCTGAACTCTTTTTAGTCTTGTTTATCCCGCCGTTGCTGTTCGCTGATGGCTGGAAAACGCCGACCCGTGAATTTCTCGAACATgg > 1:1214357/1‑150 (MQ=255)tATGCAAATCGCCATCGGTGCGCTACTGGCGTGGCCGACGTTTGGTTTGCATGTGGAGTTTGATCCTGAACTCTGTTTAGTCTTGTTTATCCCGCCGTTGCTGTTCGCTGATGGCTGGAAAACGCCGACCCGTGAATTTCTCGAACATgg > 1:1311127/1‑150 (MQ=255) 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cATCGGTGCGCTACTGGCGTGGCCGACGTTTGGTTTGCATGTGGAGTTTGATCCTGAACTCTTTTTAGTCTTGTTTATCCCGCAGTTGCTGTTCGCTGATGGCTGGAAAACGCCGACCCGTGAATTTCGCGAACATGGTCGAGAGAtttt > 1:1707463/1‑150 (MQ=255) ggTGCGCTACTGGCGTGGCCGACGTTTGGTTTGCATGTGGAGTTTGATCCTGAACTCTTTTTAGTCTTGTTTATCCCGCCGTTGCTGTTCGCTGATGGCTGGAAAACGCCGACCCGTGAATTTCTCGACCATGTTCGAGAAAttcacggg < 2:1102136/150‑7 (MQ=255) ggTGCGCTACTGGCGTGGCCGACGTTTGGTTTGCATGTGGAGTTTGATCCTGAACTCTTTTTAGTCTTGTTTATCCCGCCGTTGCTGTTCGCTGATGGCTGGAAAACGCCGACCCGTGAATTTCTCGAACATGGTCGAGAGATTTTCGGc < 2:518713/150‑1 (MQ=255) cTACTGGCGTGGCCGACGTTTGGTTTGCATGTGGAGTTTGATCCTGAACTCTTTTTAGTCTTGTTTATCCCGCCGTTGCTGTTCGCTGATGGCTGGAAAACGCCGACCCGTGAATTTCTCGAACATGGTCGAGAGATTTTCGGCCTcgcg > 2:729742/1‑150 (MQ=255) cTACTGGCGTGGCCGACGTTTGGTTTGCATGTGGAGTTTGATCCTGAACTCTTTTTAGTCTTGTTTATCCCGCCGTTGCTGTTCGCTGATGGCTGGAAAACGCCGACCCGTGAATTTCTCGAACATGGTCGAGAGATTTTCGGCCTcgcg > 2:1354585/1‑150 (MQ=255) cTACTGGCGTGGCCGACGTTTGGTTTGCATGTGGAGTTTGATCCTGAACTCTTTTTAGTCTTGTTTATCCCGCCGTTGCTGTTCGCTGATGGCTGGAAAACGCCGACCCGTGAATTTCTCGAACATGGTCGAGAGATTTTCGGCCTcgcg > 1:645136/1‑150 (MQ=255) tACTGGCGTGGCCGACGTTTGGTTTGCATGTGGAGTTTGATCGTGAACTCTTTTTAGTCTTGTTTATCCCGCCGTTGCTGTTCGCTGATGGCTGGAAAACGCCGACCCGTGAATTTCTCGAACATGGTCGAGAGATTTTCGGCCTCgcgc < 1:897420/150‑1 (MQ=255) tACTGGCGTGGCCGACGTTTGGTTTGCATGTGGAGTTTGATCCTGAACTCTTTTTAGTCTTGTTTATCCCGCCGTTGCTGTTCGCTGATGGCTGGAAAACGCCGACCCGTGAATTTCTCGAACATGGTCGAGAGATTTTCGGCCTCgcgc < 2:362089/150‑1 (MQ=255) tACTGGCGGGGCCGACGTTTGGTTTGCATGTGGAGTTTGATCCTGAACTCTTTTTAGTCTTGTTTATCCCGCCGTTGCTGTTCGCTGATGGCTGGAAAACGCCGACCCGTGAATTTCTCGAACATGGTCGAGAGATTTTCGGCCTCgcgc < 1:141846/150‑1 (MQ=255) tACTGGCGGGGCCGACGTTTGGTTTGCATGTGGAGTTTGATCCTGAACTCTTTTTAGTCTTGTTTATCCCGCCGTTGCTGTTCGCTGATGGCTGGAAAACGCCGACCCGTGAATTTCTCGAACATGGTCGAGAGATTTTCGGCCTCgcgc < 1:1714570/150‑1 (MQ=255) 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aTGGTCGAGAGATTTTCGGCCTCGCGCTGGCGCTGGTGGTGGTCACCGTGGTCGGCATTGGCTTCCTTATTTACTGGGTGGTGCCGGGCATTCCGCTGATCCCTGCCTTTGCGCTGGCGGCGGTGCTTTCTCCGACCGATGCTGTGgcgc < 1:369301/150‑1 (MQ=255) aTGGTCGAGAGATTTTCGGCCTCGCGCTGGCGCTGGTGGTGGTCACCGTGGTCGGCATTGGCTTCCTTATTTACTGGGTGGTGCCGGGCATTCCGCTGATCCCTGCCTTTGCGCTGGCGGCGGTGCTTTCTCCGACCGATGCTGTGgcgc < 1:1384229/150‑1 (MQ=255) | TATGCAAATCGCCATCGGTGCGCTACTGGCGTGGCCGACGTTTGGTTTGCATGTGGAGTTTGATCCTGAACTCTTTTTAGTCTTGTTTATCCCGCCGTTGCTGTTCGCTGATGGCTGGAAAACGCCGACCCGTGAATTTCTCGAACATGGTCGAGAGATTTTCGGCCTCGCGCTGGCGCTGGTGGTGGTCACCGTGGTCGGCATTGGCTTCCTTATTTACTGGGTGGTGCCGGGCATTCCGCTGATCCCTGCCTTTGCGCTGGCGGCGGTGCTTTCTCCGACCGATGCTGTGGCGC > NC_000913/4280075‑4280370 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |