| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 4,332,532 | A→C | 5.5% | V247V (GTT→GTG) ‡ | basS ← | sensory histidine kinase in two‑component regulatory system with BasR |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,332,532 | 0 | A | C | 5.5% | 416.4 / 11.0 | 146 | V247V (GTT→GTG) ‡ | basS | sensory histidine kinase in two‑component regulatory system with BasR |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (77/61); new base C (3/5); total (80/66) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.68e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 4.66e-01 | |||||||||||
Only 100 of 147 total aligned reads displayed.
CAATACCTGGTCCTTCATCTTCAACTGCCATGACCGCTCCGTCATCTTCTTGCAGCTTAATCATAATGTTGCTGCCTTGCGGGCTGTAACGATGGGCGTTTTCTACCAGGTTTCGCAATAACATCCGCAGCAGGGTTGCATCACCCTGAACGGTGATGTCGGCGGCGCTCTCTGGCAATAGCAGGGTTTGCTGTCGCTGGTCGAGCATGGTACTGAGTTCGTCATACGAGGGGAGAATGACATCTTCCAGCAGTTTTACATGTTGATAATTACCGGAAGAAAATGACTGTCCGGCAC > NC_000913/4332384‑4332680 | aTACCTGGTCCTTCATCTTCAACTGCCATGACCGCTCCGTCATCTTCTTGCAGCTTAATCATAATGTTGCTGCCTTGCGGGCTGTAACGATGGGCGTTTTCTACCAGGTTTCGCAATAACATCCGCAGCAGGGTTGCATCCCCCTGAACg > 2:1591803/1‑150 (MQ=255) ccTGGTCCTTCCTCTTCAACTGCCATGACCGCTCCGTCATCTTCTTGCATCTTAATCATAATGTTGCTGCCTTGCGGGATGGAACGATGGGCGTTTTCTACCAGGTTTCGCAATAACATCAGAAGCAGGGCTGCATCACCCTGAACGGTg < 2:1369133/150‑1 (MQ=255) ccTGGTCCTTCATCTTCAACTGCCATGACCGCTCCGTCATCTTCTTGCAGCTTAATCATAATGTTGCTGCCTTGCGGGCTGTAACGATGGGCGTTTTCTACCAGGTTTCGCAATAACATCCGCAGCAGGGTTGCATCACCCTGAACGGTg < 2:894997/150‑1 (MQ=255) ccTGGTCCTTCATCTTCAACTGCCATGACCGCTCCGTCATCTTCTTGCAGCTTAATCATAATGTTGCTGCCTTGCGGGCTGTAACGATGGGCGTTTTCTACCAGGTTTCGCAATAACATCCGCAGCAGGGTTGCATCACCCTGAACGGTg < 1:1635924/150‑1 (MQ=255) ccTGGTCCTTCATCTTCAACTGCCATGACCGCTCCGTCATCTTCTTGCAGCTTAATCATAATGTTGCTGCCTTGCGGGCTGTAACGATGGGCGTTTTCTACCAGGTTTCGCAATAACATCCGCAGCAGGGTTGCATCACCCTGAACGGTg > 1:1513898/1‑150 (MQ=255) ccTGGTCCTTCATCTTCAACTGCCATGACCGCTCCGTCATCTTCTTGCAGCTTAATCATAATGTTGCTGCCTTGCGGGCTGTAACGATGGGCGTTTTCTACCAGGTTTCGCAATAACATCCGCAGCAGGGTTGCATCACCCTGAACGGTg > 2:649234/1‑150 (MQ=255) cTGGTCCTTCATCTTCAACTGCCATGACCGCTCCGTCATCTTCTTGCAGCTTAATCATAATGTTGCTGCCTTGCGGGCTGTAACGATGGGCGTTTTCTACCAGGTTTCGCAATAACATCCGCAGCAGGGTTGCATCACCCTGAACGGTGa < 1:332468/150‑1 (MQ=255) tGGTCCTTCATCTTCAACAGCCATGACCGCTCCGTCATCTTCTTGCAGCTTAATCATAATGTTGCTGCCTTGCGGGCTGTAACGATGGGCGTTTTCTACCAGGTTTCGCAATAACATCCGCAGCAGGTTTGCATCACCCTGAACGGTGAt < 1:1182054/150‑1 (MQ=255) ggTCCTTCATCTTCAACTGCCATGACCGCTCCGTCATCTTCTTGCAGCTTAATCATAATGTTGCTGCCTTGCGGGCTGTAACGATGGGCGTTTTCTACCAGGTTTCGCAATAACATCCGCAGCAGGGTTGCATCACCCTGAACGGTGATg < 2:409735/150‑1 (MQ=255) ccTTCATCTTCAACTGCCATGACCGCTCCGTCATCTTCTTGCAGCTTAATCATAATGTTGCTGCCTTGCGGGCTGTAACGATGGGCGTTTTCTACCAGGTTTCGCAATAACATCCGCAGCAGGGTTGCATCAGCCTGAACGGTGATGTcg > 2:586811/1‑150 (MQ=255) ccTTCATCTTCAACTGCCATGACCGCTCCGTCATCTTCTTGCAGCTTAATCATAATGTTGCTGCCTTGCGGGCTGTAACGATGGGCGTTTTCTACCAGGTTTCGCAATAACATCCGCAGCAGGGTTGCATCACCGTTCAGGGTGATgcaa < 1:671770/150‑4 (MQ=255) ccTTCATCTTCAACTGCCATGACCGCTCCGTCATCTTCTTGCAGCTTAATCATAATGTCGCTGCCTTGCGGGCTGTAACGATGGGCGTTTTCTACCAGGTTTCGCAATAACATCCGCAGCAGGGTTGCATCACCCTGAACGGTGATGTcg > 2:818266/1‑150 (MQ=255) cTTCATCTTCAACTGCCATGACCGCTCCGTCATCTTCTTGCAGCTTAATCATAATGTTGCTGCCTTGCGGGCTGTAACGATGGGCGTTTTCTACCAGGTTTCGCAATAACATCCGCAGCAGGGTTGCATCACCGTTCAGGGTGATgcaac < 1:680192/150‑5 (MQ=255) cTTCATCTTCAACTGCCATGACCGCTCCGTCATCTTCTTGCAGCTTAATCATAATGTTGCTGCCTTGCGGGCTGTAACGATGGGCGTTTTCTACCAGGTTTCGCAATAACATCCGCAGCAGGGTTACATCACCGTTCAGGGTGATgcaac < 1:1250605/150‑5 (MQ=255) ttCATCTTCAACTGCCATGCCCGCTCCGTCATCTTCTTGCAGCTTAATCATAATGTTGCTGCCTTGAGGGCTGTAACGATGGGCGTTTTCTACCATGTTTCGCAATAACATCCGCAGCAGGGTTGCATCACCGTTCAGGGTGATgcaacc < 2:1190994/150‑6 (MQ=255) ttCATCTTCAACTGCCATGACCGCTCCGTCATCTTCTTGCAGCTTAATCATAATGTTGCTGCCTTGCGGGCTGTAACGATGGGCGTTTTCTACCAGGTTTCGCAATAACATCCGCAGCAGGGTTGCATCACCCTGAACGGTGATGTcggc > 2:1437662/1‑150 (MQ=255) ttCATCTTCAACTGCCATGACCGCTCCGTCATCTTCTTGCAGCTTAATCATAATGTTGCTGCCTTGCGGGCTGTAACGATGGGCGTTTTCTACCAGGTTTCGCAATAACATCCGCAGCAGGGTTACATCACCGTTCAGGGTGATgcaacc < 1:555218/150‑6 (MQ=255) aTCTTCAACTGCCATGACCGCTCCGTCATCTTCTTGCAGCTTAATCATAATGTTGCTGCCTTGCGGGCTGTAACGATGGGCGTTTTCTACCAGGTTTCGCAATAACATCCGCAGCAGGGTTGCATCACCCTGAACGGTGATGTCggcggc > 1:1537207/1‑150 (MQ=255) cTTCAACTGCCATGACCGCTCCGTCATCTTCTTGCAGCTTAATCATAATGTTGCTGCCTTGCGGGCTGTAACGATGGGCGTTTTCTACCAGGTTTCGCAATAACATCCGCAGCAGGGTTGCATCACACTGAACGGTGATGTCGGCGgcgc > 2:393862/1‑150 (MQ=255) aCTGCCATGACCGCTCCGTCATCTTCTTGCAGCTTAATCATAATGTTGCTGCCTTGCGGGCTGTAACGATGGGCGTTTTCTACCAGGTTTCGCAATAACATCCGCAGCAGGGTTGCATCACCCTGAACGGTGATGTCGGCGGCGctctct > 2:341760/1‑150 (MQ=255) cTGCCATGACCGCTCCGTCATCTTCTTGCAGCTTAATCATAATGTTGCTGCCTTGCGGGCTGTAACGATGGGCGTTTTCTACCAGGTTTCGCAATAACATCCGCAGCAGGGTTGCATCACCCTGAACGGTGATGTCGGCGGCGCTCTCTg < 1:40280/150‑1 (MQ=255) cTGCCATGACCGCGCCGTTATCTTCTTGCAGGTTAATCATAATGTTGCTGCCTTGCGGGCTGTAACGATGGGCGTTTTCTACCAGGTTTCGCAATAACATCCGCAGCAGGGTTGCATCACCCTGAACGGTTATGTCGGCGGCGCTCTCTg < 2:1409574/150‑1 (MQ=255) gCCATGACCGCTCCGTCATCTTCTTGCAGCTTAATCATAATGTTGCTGCCTTGCGGGCTGTAACGATGGGCGTTTTCTACCAGGTTTCGCAATAACATCCGCAGCAGGGTTGCATCACCCTGAACGGTGATGTCGGCGGCGCTCTCTGGc < 2:403911/150‑1 (MQ=255) gCCAGGACCGCTCCGTCATCTTCTTGCAGCTTAATCAAAATGTTGCTGCCTTGCGGGCGGTAACGATGGGCGCTTTCTACCAGGTTTCGCAATAACATCCGCAGCAGGGTTGCATCACCCTGAACGGTGATGTCGGCGGCGCTCTCTGGc < 1:282595/150‑1 (MQ=255) cATGACCGCTCCGTCATCTTCTTGCAGCTTAATCATAATGTTGCTGCCTTGCGGGCTGTAACGATGGGCGTTTTCTACCAGGTTTCGCAATAACATCCGCAGCAGGGTTGCATCACCCTGAACGGGGATGTCGGCGGCGCTCTCTGGCaa > 2:1235979/1‑150 (MQ=255) gACCGCTCCGTCATCTTCTTGCAGCTTAATCATAATGTTGCTGCCTTGCGGGCTGTAACGATGGGCGTTTTCTACCAGGTTTCGCAATAACATCCGCAGCAGGGTTGCATCACCCTGAACGGTGATGTCGGCGGCGCTCTCTGGCAATAg < 1:163097/150‑1 (MQ=255) gACCGCTCCGTCATCTTCTTGCAGCTTAATCATAATGTTGCTGCCTTGCGGGCTGTAACGAGGGGCGTTTTCTACCAGGTTTCGCAATAACATCCGCAGCCGGGTTGCATCCGCCTGAACGGTGATGTCGGCGGCGCTCTCTGGCAATAg > 2:84075/1‑150 (MQ=255) ccGCTCCGTCATCTTCTTGCAGCTTAATCATAATGTTGCTGCCTTGCGGGCTGTAACGATGGGCGTTTTCTACCAGGTTTCGCAATAACATCCGCAGCAGGGTTGCATCACCCTGAACGGTGATGTCGGCGGCGCTCTCTGGCAATAGCa > 1:1599846/1‑150 (MQ=255) ccGTCATCTTCTTGCAGCTTAATCATAATGTTGCTGCCTTGCGGGCTGTAACGATGGGCGTTTTCTACCAGGTTTCGCAATAACATCCGCAGCAGGGTTGCATCACCCTGAACGGTGATGTCGGCGGCGCTCTCTGGCAATAGAAGGGtt > 1:1090748/1‑150 (MQ=255) tCATCTTCTTGCAGCTTAATCATAATGTTGCTGCCTTGCGGGCTGTAACGATGGGCGTTTTCTACCAGGTTTCGCAATAACATCCGCAGCAGGGTTGCATCACCCTGAACGGTGATGTCGGCGGCGCTCTCTGGCAATAGCAGGGTTTGc < 1:1031242/150‑1 (MQ=255) aTCTTCTTGCAGCTTAATCATAATGTTGCTGCCTTGCGGGCTGTAACGTTGGGCGTTTTCTACCAGGTTTCGCTATAACATCCGCTGCAGGGTTGCATCACCCTGAACGGTGATGTCGGCGGCGCTCTCTGGCAATAGCAGGGTTTGCTg < 2:136147/150‑1 (MQ=255) tcttctTGCAGCTTAATCATAATGTTGCTGCCTTGCGGGCTGTAACGATGGGCGTTTTCTACCAGGTTTCGCAATAACATCCGCTGCAGGGTTGCATCACCCTGAACGGTGATGTCGGCGGCGCTCTCTGGCAATAGCAGGGTTTGCTGt > 2:1035136/1‑150 (MQ=255) cgCTAAATCATAATTGTGCTGCCTTGCGGGCTGTAACGATGGGAGTTTTATAACAGGTTTCGCAATAACATCCGCAGCAGGGCTGCATCACCCTGAACGGTGATGCCGGCGGCGCTCTCTGGCAATCGCAGGGTTTGCTGTCGCTGGGCg < 2:1439727/149‑1 (MQ=255) gCTTAATCATAATGTTGCTGCCTTGCGGGCTGTAACGATGGGCGTTTTCTACCAGGTTTCGCAATAACATCCGCAGCAGGGTTGCATCACCCTGAACGGTGATGTCGGCGGCGCTCTCTGGCAATAGCAGGGTTTGCTGTCGCTGGTCGa > 1:829835/1‑150 (MQ=255) ttAATCATAATGTTGCTGCCTTGCGGGCTGTAACGATGGGCGTTTTCTACCAGGTTTCGCAATAACATCCGCAGCAGGGTTGCGTCACCCTGAACGGTGATGTCGGCGGCGCTCTCTGGCAATAGCAGGGTTTGCTGTCGCTGGTCGAGc < 2:1510708/150‑1 (MQ=255) ttAATCATAATGTTGCTGCCTTGCGGGCTGTAACGATGGGCGTTTTCTACCAGGTTTCGCAATAACATCCGCAGCAGGGTTGCATCACCCTGAACGGTGATGTCGGCGGCGCTCTCTGGCAATAGCAGGGTTTGCTGTCGCTGGTCGAGc < 1:1188401/150‑1 (MQ=255) aaTCATAATGTTGCTGCCTTGCGGGCTGTAACGATGGGCGTTTTCTACCAGGTTTCGCAATAACATCCGCAGCAGGGTTGCATCACCCTGAACGGTGATGTCGGCGGCGCTCTCTGGCAATAGCAGGGTTTGCTGTCGCTGGTCGAGCAt > 1:1002258/1‑150 (MQ=255) cATAATGTTGCTGCCTTGCGGGCTGTAACGATGGGCGTTTTCTACCAGGTTTCGCAATAACATCCGCAGCAGGGTTGCATCACCCTGAACGGTGATGTCGGCGGCGCTCTCTGGCAATAGCAGGGTTTGCTGTCGCTGGTCGAGCATGGt > 1:743828/1‑150 (MQ=255) aTAATGTTGCTGCCTTGCGGGCTGTAACGATGGGCGTTTTCTACCAGGTTTCGCAATAACATCCGCAGCAGGGTTGCATCACCCTGAACGGTGATGTCGGCGGCGCTCTCTGGCAATAGCAGGGTTTGCTGTCGCTGGTCGAGCATGGTa > 2:1178671/1‑150 (MQ=255) tGTTGCTGCCTTGCGGGCTGTAACGATGGGCGTTTTCTACCAGGTTTCGCAATAACATCCGCAGCAGGGTTGCATCACCCTGAACGGTGATGTCGGCGGCGCTCTCTGGCAATAGCAGGGTTTGCTGTCGCTGGTCGAGCATGGTACTGa > 1:1297121/1‑150 (MQ=255) gTTGCTGCCTTGCGGGCTGTAACGATGGGCGTTTTCTACCAGGTTTCGCAATAACATCCGCAGCAGGGTTGCATCACCCTGAACGGTGATGTCGGCGGCGCTCTCTGGCAATAGCAGGGTTTGCTGTCGCTGGTCGAGCATGGTACTGAg > 2:852165/1‑150 (MQ=255) gTTGCTGCCTTGCGGGCTGTAACGATGGGCGTTTTCTACCAGGTTTCGCAATAACATCCGCAGCAGGGTTGCATCACCCTGAACGGTGATGTCGGCGGCGCTCTCTGGCAATAGCAGGGTTTGCTGTCGCTGGTCGAGCATGGTACTGAg > 1:1242484/1‑150 (MQ=255) gTTGCTGCCTTGCGGGCTGTAACGATGGGCGTTTTCTACCAGGTTTCGCAATAACATCCGCAGCAGGGTTGCATCACCCTGAACGGTGATGTCGGCGGCGCTCTCTGGCAATAGCAGGGTTTGCTGTCGCTGGTCGAGCATGGTACTGAg > 1:1670385/1‑150 (MQ=255) 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aaCATCCTCAGCAGGGTTGCATCACGCTGAACGTTGATGTCGGCGGCGCTCTCTGGCTATAGCAGGGTTTGCTGTCTCTGGTCGAGCATGGTACTGAGTTCGTCATACGATGGGAGAATGTCATCTTCCAGCATTTTTACATGTTGATaa < 1:588831/150‑1 (MQ=255) aaCATCCGCAGCAGGGTTGCATCACCCTGAACGGTGATGTCGGCGGCGCTCTCTGGCAATAGCAGGGTTTGCTGTCGCTGGTCGAGCATGGTACTGAGTTCGTCATACGAGGGGAGAATGACATCTTCCAGCAGTTTTACATGTTGATaa > 1:1062972/1‑150 (MQ=255) aTCCGCCGCAGGGGTGCATCTCCCTGAACGGTGATGTCGGCGGCGCTCTCTGTCAATAGCAGGGTTTGCTGTCGCTGGTCGAGCATGGTACAGAGTTCGTCATACGAGGGGAGAAAGACAGCTTCCAGCAGTTTTACATGTTGATAAttc < 1:1622220/150‑2 (MQ=255) aTCCGCAGCAGGGTTGCATCACCCTGAACGGTGATGTCGGCGGCGCTCTCTGGCAATAGCAGGGTTTGCTGTCGCTGGTCGAGCATGGTACTGAGTTCGTCATACGAGGGGAGAATGACATCTTCCAGCAGGTTTACATGTTGATAtttt > 2:1089696/1‑149 (MQ=255) tCCGCAGCAGGGTTGCATCACCCTGAACGGTGATGTCGGCGGCGCTCTCTGGCAATAGCAGGGTTTGCTGTCGCTGGTCGAGCATGGTACTGAGTTCGTCATACGAGGGGAGAATGACATCTTCCAGCAGTTTTACATGTTGATAATTAc < 2:1242484/150‑1 (MQ=255) 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ccgccgacATCACCGTTCAGGGTGATGTCGGCGGCGCTCTCTGGCAATAGCAGGGTTTGCTGTCGCTGGTCGAGCATGGTACTGAGTTCGTCATACGAGGGGAGAATGACATCTTCCAGCAGTTTTACATGTTGATAATTACCGgaagaa > 2:1669213/8‑150 (MQ=255) gggTTGCATCACCCTGAACGGTGATGTCGGCGGCGCTCTCTGGCAATAGCAGGGTTTGCTGTCGCTGGTCGAGCATGGTACTGAGTTCGTCATACGAGGGGAGAATGACATCTTCCAGCAGTTTTACATGTTGATAATTACCGGAAGaaa > 1:1280804/1‑150 (MQ=255) gggTTGCATCACCCTGAACGGTGATGTCGGCGGCGCTCTCTGGCAATAGCAGGGTTTGCTGTCGCTGGTCGAGCATGGTACTGAGTTCGTCATACGAGGGGAGAATGACATCTTCCAGCAGTTTTACATGTTGATAATTACCGGAAGaaa > 1:1501133/1‑150 (MQ=255) gTTGCATCACCCTGAACGGTGATGTCGGCGGCGCTCTCTGGCAATAGCAGGGTTTGCTGTCGCTGGTCGAGCATGGTACTGAGTTCGTCATACGAGGGGAGAATGACATCTTCCAGCAGTTTTACATGTTGATAATTACCGGAAGAAAAt < 1:818266/150‑1 (MQ=255) tGCATCACCCTGAACGGTGATGTCGGCGGCGCTCTCTGGCAATAGCAGGGTTTGCTGTCGCTGGTCGAGCATGGTACTGAGTTCGTCATACGAGGGGAGAATGACATCTTCCAGCAGTTTTACATGTTGATAATTACCGGAAGAAAATGa > 2:811967/1‑150 (MQ=255) 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cccTGAACGGTGATGTCGGCGGCGCTCTCTGGCAATAGCAGGGTTTGCTGTCGCTGGTCGAGCATGGTACTGAGTTCGTCATACGAGGGGAGAATGACATCTTCCAGCAGTTTTACATGTTGATAATTACCGGAAGAAAATGACTGTCCg > 1:1581393/1‑150 (MQ=255) cTGAACGGTGATGTCGGCGGCGCGCTCTGGCAATAGCAGGGTTTGCGGTCGCTGGTCGAGCATGGTACTGAGTTCGTCATACGAGGGGAGAATGACATCTTCCAGCAGTTTTACATGTTGATAATTACCGGAAGAAAATGACTGTCCGGc < 2:782150/150‑1 (MQ=255) | CAATACCTGGTCCTTCATCTTCAACTGCCATGACCGCTCCGTCATCTTCTTGCAGCTTAATCATAATGTTGCTGCCTTGCGGGCTGTAACGATGGGCGTTTTCTACCAGGTTTCGCAATAACATCCGCAGCAGGGTTGCATCACCCTGAACGGTGATGTCGGCGGCGCTCTCTGGCAATAGCAGGGTTTGCTGTCGCTGGTCGAGCATGGTACTGAGTTCGTCATACGAGGGGAGAATGACATCTTCCAGCAGTTTTACATGTTGATAATTACCGGAAGAAAATGACTGTCCGGCAC > NC_000913/4332384‑4332680 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |